기업 계열사 주식 저가 양도 및 임대보증금 평가에 대한 법인세 부과처분 취소 분쟁

원고 A 주식회사가 특수관계인인 F에 B그룹 계열사 H의 주식을 저가로 양도했다고 보아 강서세무서장이 부과한 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 처분에 대해, 원고가 소송을 제기한 사건입니다. 주요 쟁점은 H 주식의 시가 평가 방법, H이 보유한 J백화점 건물 임대보증금 반환채무의 현재가치 할인 평가의 적법성, 그리고 부정과소신고 가산세 부과의 적절성이었습니다. 법원은 H 주식의 실제 양도가액은 시가로 인정되지 않고 상증세법상 보충적 평가액이 시가에 해당하며, 임대보증금 반환채무는 현재가치 할인 평가 대상이 된다고 판단했습니다. 다만, 원고의 행위가 조세 부과를 불가능하게 할 정도의 적극적인 부정행위는 아니라고 보아 부정과소신고 가산세는 위법하다고 판단, 당초 부과된 법인세 중 76,689,700,542원을 초과하는 부분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: B그룹의 계열사이자 D의 자회사로 여객 및 화물운송업 등을 영위하는 사업자입니다.
• 피고 강서세무서장: 원고에 대한 법인세 부과처분을 한 과세관청입니다.
• E: D 및 원고 A 주식회사의 대표이사로, B그룹 지배권 재건 계획을 수립하고 실행한 핵심 인물입니다.
• D(C): B그룹의 사실상 지주회사로 건물 건설업 등을 영위합니다.
• H: 원고 A 주식회사의 완전 자회사로, J에 J백화점 건물의 일부를 임대하고 있었습니다.
• F: E가 100% 지분을 소유한 특수목적법인(SPC)으로, E의 그룹 재건 계획에 따라 D 주식 및 H 주식을 인수했습니다.
• J: H로부터 J백화점 건물을 임차하여 운영하는 회사입니다.

분쟁 상황

B그룹은 2006년 무리한 차입으로 유동성 위기를 겪고 주요 계열사들이 워크아웃을 거치면서 그룹 지배권을 상실했습니다. 이에 D의 대표이사였던 E는 B그룹의 지배권을 되찾기 위해 '그룹 재건 계획'을 수립하고 실행했습니다. 이 계획의 일환으로 E는 자신이 100% 지분을 소유한 특수목적법인 F을 설립하여 D 주식을 인수했고, 원고가 보유하던 B그룹 계열사 H의 주식 100%를 F에 2,700억 원에 양도하도록 했습니다. 한편 H은 J백화점 건물의 일부를 J에 임대하고 있었는데, 2013년 임대차 계약을 갱신하면서 임대보증금을 270억 원에서 5,270억 원으로 크게 증액하고 월 임대료는 받지 않기로 했습니다. E 등은 H 주식의 인수금액을 2,700억 원으로 사전에 정하고, 이 금액에 부합하도록 회계법인에 가치평가를 의뢰했으며, 다른 회계법인의 높은 평가액은 의도적으로 발행하지 않았습니다. 이에 서울지방국세청은 원고의 2015~2017 사업연도 법인세 통합조사를 실시하여, 원고가 H 주식을 특수관계인인 F에 저가 양도했다고 판단했습니다. 피고 강서세무서장은 구 상속세 및 증여세법상 평가방법에 따라 H 주식 가치를 581,600,949,490원으로 산정하고, 양도가액 2,700억 원과의 차액인 311,600,949,490원을 익금산입하여 2016 사업연도 법인세 81,478,047,540원을 부과했습니다. 이후 주식 가액을 578,770,799,869원으로 경정하고, 부정과소신고 가산세 15,136,256,390원을 추가로 부과했습니다. 여러 차례의 감액경정을 거쳐 최종적으로 91,354,525,200원의 법인세(가산세 포함)가 남게 되자, 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

1. 원고가 특수관계인 F에 H 주식을 2,700억 원에 양도한 것이 시가에 해당하는지 여부.
2. H이 보유한 J백화점 건물의 임대보증금 5,270억 원 반환채무를 상속세 및 증여세법령에 따라 현재가치로 할인 평가하여 순자산가액을 산정하는 것이 적법한지 여부.
3. 원고에게 '사기나 그 밖의 부정한 행위'를 이유로 부정과소신고 가산세를 부과한 처분이 적법한지 여부.

법원의 판단

1. H 주식 양도가액의 시가 인정 여부: 법원은 원고와 F 간의 H 주식 양도(2,700억 원)는 E의 그룹 재건 계획의 일환으로 사전 결정되었으며, 회계법인의 가치평가 보고서 또한 이 가격에 맞춰 작성된 것이므로, 일반적이고 정상적인 거래에 의해 형성된 객관적 교환가격으로 볼 수 없어 시가에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
2. 이 사건 평가액(상증세법상 보충적 평가액)의 시가 인정 여부: 법원은 H이 보유한 J백화점 건물의 가치를 임대보증금 5,270억 원을 기준으로 평가하는 것이 타당하며, 이 임대보증금 반환채무는 상속세 및 증여세법령에 따라 원본의 회수기간이 5년을 초과하므로 현재가치로 할인 평가하여 부채에 산입하는 것이 적법하다고 판단했습니다. 따라서 피고가 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 H 주식 가액 578,770,799,869원은 시가에 해당한다고 보았습니다. 관련 형사사건에서 E가 배임 혐의에 대해 무죄를 선고받았더라도, 이는 형사재판의 증명 정도와 행정소송의 판단 기준이 다르므로 이 사건 처분의 적법성을 부정할 수 없다고 보았습니다.
3. 부정과소신고 가산세 처분 적법 여부: 법원은 원고가 E의 지시에 따라 특정 가치평가 보고서를 만들거나 불리한 보고서를 발행하지 않은 사실은 인정되나, 원고가 법인세 산정의 기초가 되는 회계자료, 계약서류, 영수증 등을 허위로 작성하거나 위조한 사정이 없고, 회계법인 보고서가 과세의 근거 서류에 해당한다고 보기 어렵다는 점 등을 종합할 때, 조세 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위를 하였다고 보기 어렵다고 판단하여, 부정과소신고 가산세 부과는 위법하다고 보았습니다.
4. 최종 취소 범위: 피고가 부과한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 76,689,700,542원(일반과소신고 가산세 포함한 정당세액)을 초과하는 부분을 취소하고, 원고의 나머지 청구는 기각했습니다.

결론

원고 A 주식회사는 특수관계인과의 주식 저가 양도에 따른 법인세 부과처분 중 과다하게 책정된 세액과 부정과소신고 가산세 부분을 취소받아 총 91,354,525,200원의 부과세액 중 76,689,700,542원의 납부 의무가 인정되었습니다. 이는 피고의 H 주식 평가 방법과 임대보증금 현재가치 할인 적용은 적법하다고 인정된 결과입니다. 이 판결은 특수관계인 간 거래의 시가 인정 여부 판단 기준과 장기 임대보증금 채무의 세법상 평가 방법을 명확히 함과 동시에, 가산세 부과에 있어 '적극적인 부정행위'의 범위를 엄격하게 해석했음을 보여줍니다.

연관 법령 및 법리

본 사건은 주로 법인세법상 '부당행위계산의 부인' 규정과 상속세 및 증여세법상 '비상장주식 및 채무의 평가' 규정, 그리고 국세기본법상 '부정행위'의 해석이 쟁점이 되었습니다.

1. 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)​ 및 법인세법 시행령 제89조 제1항: 이 규정은 법인이 특수관계인과의 거래로 인해 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 해당 거래를 법인의 소득금액 계산에서 부인하고 다시 계산할 수 있도록 합니다. 이때 '시가'는 특수관계인이 아닌 불특정 다수인 간의 정상적인 거래에서 형성된 객관적 교환가격을 의미하며, 특수관계인과의 거래라도 정상적인 거래로 판단되면 그 가격이 시가로 인정될 수 있습니다.
2. 상속세 및 증여세법 제60조(평가원칙 등) 및 제63조 제1항 제1호 다목: 증여재산의 가액은 증여일 현재의 '시가'에 따르는 것이 원칙이나, 시가 산정이 어려운 경우에는 '보충적 평가방법'을 적용합니다. 비상장주식은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가하며, 이는 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3대 2로 가중평균한 가액으로 합니다.
3. 상속세 및 증여세법 제66조(담보 등으로 제공된 재산의 평가특례) 및 상증세법 시행령 제63조 제1항 제5호: 전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산 포함)의 가액은 등기된 전세금(임대보증금)을 기준으로 평가한 가액과 시가 중 큰 금액을 재산가액으로 합니다. 이는 시가에 좀 더 근접한 가액을 산정하기 위한 취지입니다.
4. 상속세 및 증여세법 시행령 제58조 제2항(채권 및 채무의 평가) 및 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항(현재가치 할인평가)​: 입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간, 약정이자율, 금융시장의 평균이자율 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가합니다. 특히 원본 회수기간이 5년을 초과하는 경우, 각 연도에 회수할 금액을 적정 할인율에 의해 현재가치로 할인한 금액의 합계액으로 평가하도록 규정하고 있습니다. 이는 채무가액이 과도하게 산정되는 것을 방지하기 위함입니다.
5. 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제47조의3 제2항 제1호(부정행위)​: '사기나 그 밖의 부정한 행위' 또는 '부정행위'란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말합니다. 단순히 세법상 신고를 하지 않거나 허위 신고를 하는 것만으로는 이에 해당하지 않으며, 조세포탈 목적의 명의위장 등과 같은 적극적인 행위가 부가되어야 부정행위로 인정됩니다.

참고 사항

1. 특수관계인 간의 자산 거래 시에는 거래가액이 객관적인 시가로 인정받기 어렵습니다. 특히 거래 가격이 사전 합의되거나, 거래 당사자가 의도적으로 유리한 가치평가 보고서만 선별하여 활용한 경우, 과세당국은 이를 부당행위계산 부인 대상으로 간주할 가능성이 높습니다.
2. 비상장주식의 가치 평가는 시장에서 형성된 시가가 불분명한 경우, 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법이 우선적으로 적용됩니다. 이때, 법인이 보유한 부동산에 대한 임대보증금 채무와 같이 원본 회수기간이 장기인 채무는 현재가치 할인평가를 적용하여 순자산가액을 계산해야 합니다. 이는 법인의 재산가치를 정확히 반영하기 위한 세법의 원칙입니다.
3. 가산세, 특히 부정과소신고 가산세는 단순한 신고 누락이나 허위 신고를 넘어 조세의 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 '적극적인 부정행위'가 있었을 때만 부과됩니다. 과세관청이 법인세 산정의 기초가 되는 회계자료나 계약서류 등을 허위로 작성하거나 위조했다는 명확한 증거를 제시하지 못하는 한, 특정 평가보고서를 선택하거나 불리한 보고서를 발행하지 않은 것만으로는 적극적인 부정행위로 인정되지 않을 수 있습니다.
4. 형사재판에서 특정 혐의에 대해 무죄가 선고되었다 하더라도, 이는 해당 행정소송에서 부과된 세금의 적법성을 무조건 부정하는 근거가 되지는 않습니다. 형사재판과 세법상 처분은 적용되는 법리, 증명책임, 증명의 정도 등이 다르기 때문입니다.