학교법인 수익사업 자산 고유목적사업 전환 법인세 부과 취소 사건

학교법인이 수익사업에 사용하던 부동산을 대학원 운영 시설인 고유목적사업으로 전환했을 때, 과세당국이 해당 부동산의 평가이익에 대해 법인세를 부과하고 고유목적사업준비금 상계 방식에 이의를 제기하였으나, 법원은 이를 취소한 사건입니다.

관련 당사자

• 원고/피항소인: 학교법인 용문학원 (수익사업 자산을 고유목적사업으로 전환한 주체)
• 피고/항소인: 성북세무서장 (학교법인에 법인세를 부과한 과세당국)

분쟁 상황

학교법인 용문학원은 수익사업으로 부동산 임대업을 영위하다가, 해당 부동산을 용문상담심리대학원대학교 운영 시설로 사용하기 위해 고유목적사업에 전입했습니다. 이 과정에서 발생한 부동산의 평가이익(약 129억 8천만원)에 대해 성북세무서장은 이를 익금에 산입해야 한다며 법인세 약 51억 9천만원을 부과했습니다. 또한, 세무서는 고유목적사업준비금 상계 시 자산가액을 장부가액(약 24억 3천만원)으로 보아야 한다고 주장하며, 미사용 잔액 약 11억 3천만원을 익금에 산입해야 한다고 예비적으로 주장했습니다. 이에 대해 학교법인은 고유목적사업 전입은 수익사업이 아니며, 준비금 상계는 시가에 따라야 한다고 맞섰습니다.

핵심 쟁점

비영리법인이 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우 발생하는 평가이익이 법인세 과세소득에 해당하는지 여부, 그리고 고유목적사업준비금 상계 시 자산가액을 장부가액으로 보아야 하는지 시가로 보아야 하는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 학교법인의 주장을 받아들여, 성북세무서장이 부과한 2007 사업연도 법인세 약 51억 9천만원(가산세 포함) 부과처분을 취소했습니다. 비영리법인이 수익사업용 자산을 고유목적사업으로 전입하는 행위는 그 자체로 수익성이 있거나 수익을 목적으로 한 것이 아니므로, 이로 인해 발생한 평가이익은 법인세 과세소득의 범위에 포함되지 않는다고 판단했습니다. 또한 고유목적사업준비금과 상계하는 자산가액은 시가에 의해야 한다고 보았습니다.

결론

학교법인이 수익사업용 부동산을 고유목적사업으로 전환한 것은 법인세법상 수익사업에서 발생한 소득으로 볼 수 없으므로, 이에 대한 법인세 부과처분은 부당하며 취소되어야 합니다.

연관 법령 및 법리

본 판례는 다음 법령과 법리에 기초합니다.

• 법인세법 제3조 제2항: 비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 '수익사업에서 생기는 소득'으로 한정합니다. 이는 소득이 발생하더라도 그것이 수익사업으로 인한 것이 아니라면 법인세가 부과될 수 없다는 원칙을 명확히 합니다. 법원은 수익사업 여부를 판단할 때 해당 사업의 수익성이나 수익 목적 여부를 고려하며, 자산을 고유목적사업에 전입하는 행위는 그 자체로 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 한 것이 아니라고 보았습니다.

• 법인세법 제29조 제3항: 고유목적사업준비금의 손금 산입 및 익금 산입에 관한 규정입니다. 비영리법인은 고유목적사업 등에 사용하기 위해 '고유목적사업준비금'을 설정하여 손금으로 처리할 수 있으나, 일정 기간 내 사용하지 않으면 익금에 산입됩니다. 이 사건에서는 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우 고유목적사업준비금과 상계하는 자산가액은 시가에 의해야 한다는 법리가 적용되었습니다.

• 대법원 판례: 대법원은 비영리법인에 대한 법인세 과세소득의 범위를 엄격하게 해석하여, 수익사업에서 발생한 소득에 한하여 과세한다는 입장을 일관되게 유지하고 있습니다 (예: 대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 등).

이러한 법령과 법리에 따라 법원은 비영리법인의 고유목적사업으로의 자산 전입은 과세 대상 소득 발생으로 볼 수 없으며, 고유목적사업준비금 처리 시 자산의 시가를 기준으로 해야 한다고 판단했습니다.

참고 사항

비영리법인이 수익사업용 자산을 고유목적사업으로 전환할 경우, 단순한 내부 자산 이동으로서 해당 자산의 평가이익은 일반적으로 법인세 과세 대상 소득으로 보지 않습니다. 이는 전환 자체가 수익성을 목적으로 하는 사업 활동이 아니기 때문입니다. 또한, 고유목적사업준비금과 상계 처리할 때에는 자산의 시가(시장 가치)를 기준으로 적용해야 합니다. 과세당국의 해석이 변경되거나 법령에 대한 유권해석이 바뀔 수 있으므로, 유사한 상황 발생 시 해당 시점의 최신 법령과 예규를 확인하는 것이 중요합니다.