모회사의 자회사 신주 고가 인수에 대한 법인세 부과 취소 판결

한일시멘트 주식회사는 자회사인 한일정보통신과 케이에프텍 주식회사의 유상증자에 참여하여 시가보다 높은 가격으로 신주를 인수했습니다. 이에 역삼세무서장은 이 거래를 구 법인세법상 특수관계자와의 부당행위계산으로 보아 한일시멘트에 법인세를 부과했습니다. 그러나 대법원은 구 법인세법 시행령에서 정의하는 '특수관계자'의 범위에 대한 해석이 잘못되었다고 판단하여 세무서장의 법인세 부과 처분이 위법하다고 보았고, 사건을 다시 심리하도록 원심법원에 환송했습니다.

관련 당사자

• 한일시멘트 주식회사 (원고, 상고인겸피상고인): 자회사들의 신주를 인수하여 법인세를 부과받은 모회사
• 역삼세무서장 (피고, 피상고인겸상고인): 한일시멘트 주식회사에 법인세를 부과한 세무 당국
• 주식회사 한일정보통신: 한일시멘트가 100% 주식을 보유하고 있던 자회사로, 한일시멘트가 이 회사의 유상증자에 단독 참여함
• 케이에프텍 주식회사: 한일시멘트가 98.87% 주식을 보유하고 있던 자회사로, 한일시멘트가 이 회사의 유상증자에 단독 참여함

분쟁 상황

원고인 한일시멘트 주식회사는 2001년 6월 21일 100% 자회사인 한일정보통신 유상증자에 참여하여 신주 190만 주를 95억 원에 인수했으며, 같은 해 10월 8일 98.87% 자회사인 케이에프텍 주식회사의 유상증자에 참여하여 신주 560만 주를 280억 원에 인수했습니다. 피고인 역삼세무서장은 이 신주 인수 당시 자회사들이 한일시멘트의 특수관계자에 해당하며, 한일시멘트가 시가보다 높은 가격으로 신주를 인수하여 자회사들에게 이익을 분여했다고 판단했습니다. 세무서는 이를 부당행위계산으로 보아 한일시멘트의 2001 사업연도 소득금액에 해당 차액을 익금산입하고, 2002 사업연도에 한일시멘트가 투자주식 감액손실로 손금산입한 부분을 부인하여 법인세를 부과했습니다. 이에 한일시멘트가 불복하여 소송을 제기한 상황입니다.

핵심 쟁점

구 법인세법상 '특수관계자'의 범위에 대한 해석, 특히 납세의무자인 법인이 다른 법인의 주주인 경우 그 다른 법인을 납세의무자 법인의 특수관계자로 볼 수 있는지 여부가 쟁점입니다.

법원의 판단

대법원은 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송했습니다. 이는 법인세 부과 처분 전체가 위법하다는 취지입니다.

결론

대법원은 구 법인세법 제52조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제87조 제1항에 따른 '특수관계자'의 범위를 해석함에 있어, 특수관계 여부는 납세의무자인 법인(이 사건에서는 한일시멘트)을 기준으로 하여 그 법인과 일정한 관계에 있는 자만을 특수관계자로 보아야 한다고 판단했습니다. 즉, 거래 상대방(자회사들)을 기준으로 하여 납세의무자 법인(한일시멘트)이 그 상대방의 주주라는 이유만으로는 상대방이 특수관계자에 해당한다고 볼 수 없다고 보았습니다. 따라서 한일정보통신과 케이에프텍이 한일시멘트의 주주에 해당한다는 증명이 없는 이상, 한일시멘트가 이들 자회사의 주주였다는 사실만으로는 자회사들을 특수관계자로 볼 수 없으며, 이에 근거한 법인세 부과 처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령은 다음과 같습니다.

• 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 (부당행위계산의 부인): 이 조항은 내국법인의 행위나 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 '특수관계자'와의 거래로 인해 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 세무서장이 해당 법인의 소득금액을 재계산할 수 있도록 규정하고 있습니다. 이는 법인이 특수관계자와의 거래를 통해 부당하게 세금을 회피하는 것을 방지하기 위한 제도입니다.

• 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항 (특수관계자의 범위): 이 조항은 법 제52조 제1항에서 언급하는 '특수관계자'의 구체적인 범위를 정의하고 있습니다. 해당 시행령은 법인과 특정 관계에 있는 자들을 특수관계자로 열거하고 있으며, 그중 제2호에서는 '주주 등(소액주주를 제외한다)과 그 친족'을 특수관계자로 포함합니다.

대법원의 판결은 위 법령들을 해석함에 있어 중요한 법리를 제시했습니다. 대법원은 시행령 제87조 제1항의 문언상 '특수관계자'는 납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그 법인과 각 호의 1의 관계에 있는 자만을 의미한다고 보았습니다. 즉, 납세의무자인 법인(이 사건의 한일시멘트)이 거래 상대방(자회사들)의 주주였다는 사실만으로는 거래 상대방이 납세의무자 법인의 '특수관계자'에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 특수관계자 여부는 납세의무자인 법인 입장에서 상대방이 자신의 주주이거나 기타 해당 조항에서 정하는 관계에 있어야 한다는 것입니다. 이 사건에서 자회사들은 한일시멘트의 주주가 아니었으므로, 시행령 제87조 제1항 제2호에 따라 한일시멘트의 특수관계자로 볼 수 없다는 법리를 명확히 했습니다.

참고 사항

법인세법상 '특수관계자' 여부는 매우 중요한 판단 기준이므로, 법령의 문언과 대법원 판례의 해석을 면밀히 검토해야 합니다. 특히, 법인세법 시행령 제87조 제1항의 특수관계자 규정은 납세의무자인 법인을 기준으로 판단해야 한다는 점을 유념해야 합니다. 즉, 납세의무자인 법인이 다른 법인에 출자하여 주주 관계에 있다고 하더라도, 단순히 그 사실만으로 다른 법인이 납세의무자 법인의 '특수관계자'에 해당한다고 보기는 어렵습니다. 거래의 상대방이 납세의무자 법인의 주주이거나 다른 법령에서 정하는 특수관계에 해당할 때만 특수관계자로 인정됩니다. 자회사와 모회사 간의 거래, 특히 유상증자나 자산 양수도와 같이 가격 결정이 중요한 거래에서는 이러한 특수관계자 여부 판단과 시가 평가에 신중을 기해야 합니다. 세금 부과 처분에 대한 다툼이 발생할 경우, 법령의 정확한 해석과 법적 근거를 명확히 제시하는 것이 중요합니다.