세금 · 행정
농업회사법인A 주식회사는 약용나무와 약용식물을 재배하고 수확하여 판매하는 회사로, 2018년부터 2021년까지 대표이사와 배우자가 운영하는 다른 회사들에 약용재화를 공급하고 전자계산서를 발급했습니다. 이후 부천세무서장은 세무조사를 통해 이 거래에서 발생한 약초 및 한약재 분말의 혼합·배합 판매액 약 24억 7,900만원이 부가가치세 과세 대상이라고 판단하고 원고에게 총 3억 1,530만 8,220원 상당의 부가가치세를 부과했습니다. 원고는 자신이 직접 경작·재배한 약용재화를 건조·절단·분쇄하여 판매했으며, 매입처들이 원고의 특허 사용 권한을 갖고 직접 약용재화를 혼합한 것이므로, 이는 농산물 또는 임산물의 원생산물이거나 1차 가공에 해당하는 면세 대상이라고 주장하며 부과 처분 취소 소송을 제기했습니다. 그러나 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고 청구를 기각했습니다.
농업회사법인A는 약용나무 및 약용식물을 재배, 판매하며, 2018년부터 2021년까지 원고의 대표이사 및 배우자가 운영하는 회사들에 약용재화를 공급했습니다. 부천세무서장은 이 거래가 단순한 농산물·임산물 판매가 아닌 약초·한약재 분말의 혼합·배합 및 황토 판매로서 부가가치세 과세 대상에 해당한다고 판단하여 총 3억 1,530만 8,220원(가산세 포함)의 부가가치세를 부과했습니다. 원고는 자신이 공급한 약용재화가 부가가치세법상 면세되는 미가공 농산물 또는 1차 가공품이라고 주장하며 이 부과처분에 불복하여 조세심판을 거쳐 법원에 소송을 제기했습니다.
원고가 판매한 약용재화 혼합물이 부가가치세 면세 대상인 미가공 농산물 또는 임산물에 해당하는지, 아니면 과세 대상인 가공된 제품에 해당하는지 여부입니다. 특히 약용재화의 건조, 절단, 분쇄를 넘어선 '혼합' 행위가 부가가치세법상 1차 가공의 범위를 넘어서는 것인지, 그리고 혼합된 제품의 판매 가격이 개별 재료 가격에 비해 현저히 높아진 것이 과세의 근거가 될 수 있는지가 주요 쟁점이었습니다.
법원은 원고의 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 원고가 매입처에 공급한 약용재화가 농산물 또는 임산물의 원생산물이거나 원시가공에 해당하는 물품이라고 보기 어렵다고 판단했습니다. 특히 원고가 발행한 전자계산서상 혼합된 약용재화의 가격이 개별 품목의 합산액보다 훨씬 높았고, 이는 재료의 비율 조정만으로는 합리적인 가격 증가 사유로 보기 어렵다고 보았습니다. 또한 매입처들의 사업 목적상 완제품 구매가 더 간편할 것이라는 점, 원고 소유 토지에 황토 혼합물 더미가 보관되어 있었음에도 매입처에 대여했다는 증거가 없는 점, 원고와 매입처 사이에 거래명세서나 판매 장부 등 관련 자료가 없다는 점 등을 근거로 원고의 면세 주장을 배척했습니다.
법원은 원고가 판매한 약용재화 혼합물이 부가가치세법상 면세 대상인 미가공 농산물 또는 임산물에 해당한다는 주장을 뒷받침할 충분한 증거가 부족하다고 결론 내렸습니다. 특히 혼합물의 판매 가격이 개별 재료 가격보다 현저히 높았고, 매입처들의 사업 목적과 혼합물 구매의 합리성, 그리고 거래 증빙 자료의 부재 등이 원고에게 불리하게 작용했습니다. 이에 따라 원고에 대한 부가가치세 부과 처분은 정당하다고 판단되어 원고의 청구는 최종적으로 기각되었습니다.
이 사건과 관련하여 중요한 법령은 다음과 같습니다.
부가가치세법 제26조 제1항 제1호: 이 조항은 가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 및 임산물을 포함)과 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물, 임산물로서 대통령령으로 정하는 것의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정합니다. 원고는 자신이 공급한 약용재화가 면세 대상에 해당한다고 주장했습니다.
부가가치세법 시행령 제34조 제1항, 제2항: 이 시행령은 '미가공식료품'의 범위를 구체적으로 정의하는데, 이는 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공(탈곡, 정미, 건조, 냉동, 염장, 포장 등)을 거친 식료품을 포함하며, 기획재정부령으로 정하는 단순 가공식료품도 포함합니다. 이 사건에서는 원고가 약용재화를 건조, 절단, 분쇄하는 것을 1차 가공으로 주장했으나, 여러 약용재화를 '혼합'하여 판매하고 그 가격이 현저히 높아진 부분이 1차 가공의 범위를 넘어선 것으로 판단되었습니다.
부가가치세법 시행령 제34조 제3항: 식용이 아닌 농산물, 축산물, 수산물, 임산물 중 면세되는 대상을 '원생산물', '원생산물 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것', '원시가공 과정에서 필수적으로 발생하는 부산물'로 규정합니다. 원고는 약용재화 혼합물이 이 면세 범위에 포함된다고 주장했으나 법원은 이를 받아들이지 않았습니다.
조세법률주의 원칙: 세금을 부과하거나 면제하는 것은 법률에 따라야 하며, 법문 그대로 해석해야 합니다. 합리적인 이유 없이 법률을 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다.
입증 책임: 비과세 또는 감면 사유는 일반적으로 과세 대상 중에서 특별히 제외되는 예외적인 사항이므로, 비과세나 감면을 주장하는 납세의무자에게 그 사실을 입증할 책임이 있습니다. 이 사건에서 원고는 자신이 판매한 약용재화 혼합물이 부가가치세 면세 대상임을 입증해야 했으나 충분한 증거를 제시하지 못했습니다.
농산물, 임산물 등을 재배, 판매하는 사업자는 가공의 정도에 따라 부가가치세 면세 여부가 달라질 수 있음을 명확히 인지해야 합니다. 단순히 건조, 절단, 분쇄를 넘어 여러 재료를 '혼합'하거나 '배합'하여 판매하는 경우, 이는 1차 가공의 범위를 넘어 부가가치가 창출된 것으로 보아 과세 대상으로 분류될 가능성이 큽니다. 특히 혼합된 제품의 판매 가격이 개별 재료의 단순 합산 가격보다 현저히 높게 책정될 때는 과세 당국의 조사가 이루어질 수 있습니다. 특허 사용 계약이 있더라도 실제 가공 행위가 누구에 의해 이루어졌는지, 그리고 그 가공이 1차 가공 범위 내에 속하는지 명확히 입증할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다. 또한, 가족 등 특수관계인 회사와의 거래에서는 사업장의 실제 사용 관계, 거래 내용, 재고 보관 등 모든 거래 관련 사실을 명확하게 입증할 수 있는 계약서, 거래명세서, 판매 장부 등을 철저히 작성하고 보관하는 것이 중요합니다. 매입처의 사업 목적과 구매하는 제품의 종류가 합리적으로 연결되는지, 즉 제3자가 보기에 타당한 거래 관계임을 증명할 수 있어야 합니다.
