세금 · 행정
원고인 AAABBB 주식회사는 2009년 특수관계자인 CC산업으로부터 CC터미널 주식 1,000만 주를 1주당 21,907원에 매입했습니다. 당시 EE회계법인은 CC터미널을 '사업개시 후 3년 미만의 법인'으로 보아 구 상속세 및 증여세법(이하 상증세법) 시행령에 따라 순자산가치로 주식을 평가했습니다. 이후 원고는 2011년 이 주식을 특수관계자인 DDD항공에 1주당 31,500원에 매도했습니다. 서울지방국세청은 세무조사를 통해 CC터미널이 '사업개시 후 3년 미만 법인'에 해당하지 않는다고 판단, 상증세법상 다른 보충적 평가방법(순손익가치와 순자산가치를 가중평균)으로 시가를 1주당 25,604원으로 재평가했습니다. 국세청은 원고가 특수관계자로부터 주식을 시가(25,604원)보다 높은 가격(21,907원)에 매입했다고 보아 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용, 2011 사업연도 법인세 OOOO원을 부과 처분했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.
이 사건은 한 회사가 동일 그룹 내 특수관계자로부터 다른 그룹 계열사 주식을 매입하는 과정에서, 해당 주식의 '시가'를 어떻게 평가해야 하는지에 대한 견해 차이로 인해 법인세 부과 처분이 내려지면서 시작되었습니다. 특히, 물적분할로 신설된 회사의 '사업개시 후 3년 미만' 여부를 판단하는 기준과 비상장주식 평가 방법, 그리고 부동산 비중이 높은 회사의 주식 가치 평가 방식이 핵심 쟁점이 되었습니다. 세무당국은 법인세법상 '부당행위계산 부인' 규정을 적용하여 법인세를 추가 부과했고, 이에 회사가 불복하여 법적 다툼으로 이어졌습니다.
특수관계자 간 주식 거래에서 '사업개시 후 3년 미만 법인'의 주식 평가 방법을 적용한 것이 적법한지 여부와 관련된 쟁점입니다. 법인세법상 '부당행위계산 부인' 규정 적용 요건인 '경제적 합리성'을 결여한 비정상적 거래로 볼 수 있는지 여부를 판단해야 했습니다. 물적분할로 신설된 법인의 '사업개시일'을 설립등기일로 볼 것인지 아니면 분할 전 동일 사업부문의 사업개시일로 볼 것인지에 대한 해석 차이도 중요했습니다. 피고가 제시한 주식 평가 시 순손익가치 산정 방법의 법적 근거 및 합리성 여부도 주요 쟁점이 되었습니다.
법원은 원고의 청구를 받아들여 피고(남대문세무서장)가 2013년 2월 8일 원고에게 부과한 2011 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분을 취소했습니다. 소송 비용은 피고가 부담하도록 했습니다.
법원은 원고가 CC산업으로부터 이 사건 주식을 1주당 21,907원에 매수한 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 단정하기 어렵다고 판단했습니다. 그 근거는 다음과 같습니다. 첫째, EE회계법인이 물적분할된 CC터미널을 '사업개시 후 3년 미만 법인'으로 판단하여 순자산가치로 주식을 평가한 것은 상증세법 시행령에 근거한 것이며, 물적분할 법인의 '사업개시 후 3년 미만 법인' 판단 기준에 대한 명확한 대법원 판례나 법리가 확립되지 않은 상황에서 이를 비정상적이라고 단정하기는 어렵습니다. 둘째, 상증세법 시행령 제54조는 비상장주식의 객관적 교환가치에 근접하는 평가방법을 찾기 위해 여러 차례 개정되었는데, 특히 2012년 개정으로 '총자산 중 토지·건물 등의 가액 합계액이 80% 이상인 법인'의 주식은 순자산가치로 평가하도록 규정되었습니다. CC터미널은 자산총액 중 토지와 건물 가액의 합계액이 85.70%를 차지하는 법인이므로, 이러한 개정 취지를 고려할 때 원고가 순자산가치로 평가된 가격에 주식을 매입한 것이 경제적 합리성을 결여했다고 단정하기 어렵습니다. 셋째, 피고가 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 평가하면서 물적분할 이전의 순손익액을 CC산업 전체의 순자산에서 CC터미널로 이전된 사업부문의 순자산이 차지하는 비율에 따라 산출한 방법은 아무런 법적 근거가 없으며 실질적인 합리성도 결여되어 위법합니다. 따라서 원고의 매입가액(21,907원)이 피고의 위와 같은 방법으로 산정된 시가(25,604원)보다 높다는 이유만으로 시가보다 고가로 매입했다고 단정하기 어렵다고 보았습니다.
이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다. 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인): 이 조항은 내국법인의 행위나 소득금액 계산이 특수관계자와의 거래로 인해 해당 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법으로 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 규정합니다. 이 사건에서는 원고가 특수관계자로부터 CC터미널 주식을 시가보다 높은 가격에 매입했다고 판단될 경우 이 규정이 적용될 수 있었습니다. 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호: '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'의 한 가지 예시로 '자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우'를 들고 있습니다. 세무당국은 원고의 주식 매입이 여기에 해당한다고 보았습니다. 법인세법 제52조 제2항 및 시행령 제89조 제1항, 제2항 제2호: 이 조항들은 '시가'의 기준과 시가가 불분명할 경우의 평가 방법을 규정합니다. '시가'는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용될 가격을 의미하며, 비상장주식의 경우 시가가 불분명할 때에는 상속세 및 증여세법(상증세법) 제61조부터 제64조까지 등의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 봅니다. 이 사건의 핵심은 상증세법 시행령 제54조에 따른 비상장주식 평가 방법의 해석에 있었습니다. 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조: 비상장주식의 평가 방법을 규정한 조항으로, 원칙적으로 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 평가하도록 되어 있습니다. 그러나 '사업개시 후 3년 미만 법인', '자산총액 중 토지·건물 등 가액 합계액이 80% 이상인 법인' 등 특정 경우에는 순자산가치로만 평가하도록 예외를 두고 있습니다. 이 사건에서는 CC터미널이 '사업개시 후 3년 미만 법인'에 해당하는지, 그리고 CC터미널의 자산 구성(토지·건물 85.70%)을 고려할 때 어떤 평가 방법이 적절한지가 중요한 쟁점이었습니다. 법원은 상증세법 시행령 제54조의 개정 취지를 고려하여 부동산 비중이 높은 법인의 주식은 순자산가치로 평가하는 것이 경제적 합리성을 결여했다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 대법원 판례의 '경제적 합리성' 판단 기준: 부당행위계산 부인 제도는 법인이 특수관계자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 않고 조세 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정될 때 적용됩니다. 경제적 합리성 유무는 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여, 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하며, 특수관계자가 아닌 자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려해야 합니다. 이 사건에서 법원은 원고의 주식 매입이 이러한 '경제적 합리성'을 결여한 것으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
특수관계자 간 주식 거래 시에는 '시가' 산정에 매우 신중해야 합니다. 비상장주식의 가치 평가는 여러 방법이 존재하며, 적용 법령과 당시 상황에 따라 평가 결과가 크게 달라질 수 있으므로 면밀한 검토가 필요합니다. 물적분할로 신설된 법인의 주식을 거래할 경우, '사업개시 후 3년 미만 법인' 여부 판단 기준이 명확하지 않을 수 있으니, 어떤 평가 방법을 적용할지 신중하게 결정하고 그 근거를 명확하게 문서화해야 합니다. 부동산 등 자산 비중이 높은 법인의 주식을 평가할 때는 순자산가치 평가의 비중이 커질 수 있음을 염두에 두고 관련 법령의 개정 추이도 반드시 확인해야 합니다. 세무당국이 적용하는 '부당행위계산 부인' 규정은 '경제적 합리성' 유무를 기준으로 하므로, 거래의 동기, 경위, 목적 등을 객관적으로 소명할 수 있는 충분한 자료를 사전에 준비하는 것이 중요합니다. 회계법인 등 전문가의 평가를 받았더라도 세무당국이 자체적인 기준과 해석으로 재평가할 수 있음을 인지하고, 평가 근거의 법률적 타당성을 이중으로 점검하는 것이 좋습니다. 비상장주식 평가는 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 등 관련 규정을 따르는데, 이 규정들은 지속적으로 개정되어 왔으므로 거래 시점에 유효한 최신 법령과 그 개정 취지를 정확히 파악해야 합니다.
