어업용 면세유 관리 부실로 인한 세금 부과에 불복한 조합들의 소송

수산업협동조합들이 어민들에게 어업용 면세유를 공급하는 과정에서 발생한 관리 부실로 인해 가산세 부과 처분을 받고 이를 취소해달라는 소송을 제기했습니다. 피고인 세무서장들은 조합들이 해외 출국 중이거나 사망한 어민, 폐선, 계선 또는 선박 안전 검사를 받지 않은 선박에 대해 면세유 구입카드나 출고지시서를 잘못 발급했다고 판단하여 교통·에너지·환경세, 교육세, 부가가치세 감면액의 20%에 해당하는 가산세를 부과했습니다. 원고인 조합들은 유류가 실제로 어업용으로 사용되었고, 자신들에게는 관리 부실을 탓할 정당한 사유가 있었다고 주장하며 가산세 부과 처분의 취소를 요구했으나, 법원은 이러한 주장을 모두 기각하고 피고 세무서장들의 처분이 정당하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고들: A조합 등 12개 수산업협동조합 (수산업협동조합법에 의해 설립된 비영리법인으로, 어업용 면세유 관리기관으로서 어민들에게 면세유를 공급해왔습니다)
• 피고들: 광주세무서장 등 6개 세무서장 (원고 조합들에 대해 면세유 관리 부실을 이유로 가산세를 부과한 행정기관의 장입니다)

분쟁 상황

세무 당국은 2013년에 어업용 면세유의 부정 유통 여부를 점검했습니다. 점검 결과, 원고인 수산업협동조합들이 2008년부터 2012년까지 면세유 관리기관으로서 어민들에게 면세유 구입카드나 출고지시서를 발급하는 과정에서 다음과 같은 관리상의 문제점들이 발견되었습니다. ① 해외 출국 중인 어민에게 발급된 경우, ② 사망한 어민에게 발급된 경우, ③ 폐선된 선박에 발급된 경우, ④ 계선(조업을 중단하고 묶어 둔)된 선박에 발급된 경우, ⑤ 선박 안전 검사를 받지 않은 선박에 발급된 경우였습니다. 이에 세무서장들은 관련 법규에 따라 조합들에 대해 감면받은 세액의 20%를 가산세로 부과했고, 조합들은 이 처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

어업용 면세유 관리기관인 수산업협동조합들이 면세유 구입카드 또는 출고지시서를 발급하는 과정에서 관련 증거 서류를 제대로 확인하지 않는 등 ‘관리 부실’이 있었는지 여부와, 이러한 관리 부실이 인정될 경우 가산세 부과가 적법한지 여부가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

원고인 조합들이 제기한 피고 세무서장들에 대한 가산세 부과처분 취소 청구를 모두 기각했습니다. 즉, 세무서장들이 조합들에게 부과한 가산세 처분이 적법하다고 판단했습니다.

결론

법원은 면세유 제도의 입법 취지가 어민 지원에 있지만, 부정 유통을 막기 위한 관리기관의 철저한 감독이 중요하다고 보았습니다. 특히 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호의 가산세 규정은 유류가 실제 어업에 사용되었는지 여부와 관계없이 구입카드 등의 잘못된 발급 그 자체에 대해 제재를 가하는 것이라고 해석했습니다. 법원은 조합들이 ① 해외출국 중인 어민에게 위임 관계를 명확히 하지 않은 채 발급하거나, ② 사망한 어민의 가족관계증명서 등을 확인하지 않고 발급했으며, ③ 폐선된 선박에 유류가 공급되는 것을 막지 못하고, ④ 계선 중인 어선이나 ⑤ 선박안전검사 미검사 선박에 대해 선박 상태를 제대로 확인하지 않은 채 유류 구입카드 등을 발급하여 '관리 부실'이 있었다고 판단했습니다. 또한 조합들에게 의무 해태를 탓할 수 없는 '정당한 사유'도 없다고 보아 가산세 부과 처분이 정당하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 어업용 면세유 관리기관의 '관리 부실'로 인한 가산세 부과와 관련된 사례입니다.

• 구 조세특례제한법 제106조의2 (어업용 석유류에 대한 간접세 등의 면제)​: 이 법은 대통령령으로 정하는 어민이 어업 등에 사용하기 위한 석유류에 대해 교통·에너지·환경세, 교육세, 부가가치세 등의 세금을 감면해 주는 제도를 규정하고 있습니다. 이는 어민의 소득을 증대시키고 어업 생산성을 높이기 위한 정책적 목적이 있습니다.
• 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호 (가산세 부과)​: 이 조항은 면세유 관리기관인 조합이 '관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리 부실로 인하여 농어민 등에게 유류 구입카드 등을 잘못 발급'하거나 '농어민 등 이외의 자에게 유류 구입카드 등을 발급하는 경우'에 감면받은 세액의 20%에 해당하는 가산세를 부과하도록 규정하고 있습니다. 법원은 이 규정이 면세유의 부정 유통 가능성이 높은 점을 고려하여, 유류가 실제로 어업에 사용되었는지 여부와 관계없이 구입카드 등의 발급 자체에 대한 관리·감독을 강화하고 잘못 발급하는 행위 그 자체에 대해 가산세를 부과하려는 취지라고 보았습니다.
• 세법상 가산세 및 '정당한 사유'의 법리: 세법상 가산세는 납세의무자가 법에 정해진 의무를 정당한 이유 없이 위반했을 때 부과되는 행정상의 제재입니다. 납세자의 고의나 과실을 직접적으로 따지지는 않지만, 그 의무 해태를 탓할 수 없는 '정당한 사유'가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다는 대법원 판례(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결 참조)가 있습니다. 이 사건에서 법원은 조합들이 주장하는 여러 사유들이 가산세 부과를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
• 어선법 제13조 (어선 등록)​: 어선이 폐선된 경우 대체 선박이 어선법에 따라 정식 등록되기 전에는 어선으로 사용될 수 없으므로, 이러한 선박에 대한 면세유 공급은 부적절합니다.
• 선박안전법 제17조 제1항 (선박 검사)​: 선박안전법은 선박검사증서가 없거나 효력이 정지된 선박을 항해에 사용할 수 없도록 규정하고 있어, 안전 검사를 받지 않은 선박 또한 면세유 공급 대상에서 제외될 여지가 있습니다.
• 유류공급사업요령 (조합 내부 규정)​: 조합 스스로 정한 내부 업무 처리 지침으로, 유류 구입카드 발급 시 발급 상대방의 본인 여부, 실제 조업 사실, 선박 검사 증서 유효 기간 등을 철저히 확인하도록 규정하고 있으며, 급유소 직원은 출고지시서의 선명과 실제 급유받는 어선이 동일한지 확인해야 한다고 명시하고 있습니다. 법원은 조합이 이러한 자체 규정을 제대로 준수하지 않은 점을 '관리 부실'의 근거로 보았습니다.

참고 사항

어업용 면세유와 같이 세금 감면 혜택이 주어지는 특정 목적의 물품을 관리하는 기관은 다음과 같은 사항들을 철저히 이행해야 합니다.

• 발급 대상 및 자격 철저 확인: 유류 구입카드나 출고지시서를 발급할 때 어민의 실제 어업 경영 여부, 신분(생존 여부, 해외 체류 여부 등), 선박의 운항 가능 상태(폐선, 계선 여부, 안전 검사 통과 여부) 등을 관련 증빙 서류와 행정 기관 자료 조회 등을 통해 면밀하게 확인해야 합니다.
• 내부 관리 규정 준수: 기관의 내부 유류 공급 사업 요령 등 업무 처리 지침을 엄격히 따르고, 특히 대리인 위임 발급 시에는 위임 관계와 수임인 자격을 명확히 확인해야 합니다.
• 정보 조회 권한 적극 활용: 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항과 같이 법령으로 부여된 행정 기관 자료 조회 권한을 적극적으로 활용하여 어민의 사망, 선박의 폐선·계선, 선박 검사 미필 여부 등의 정보를 주기적으로 확인해야 합니다.
• '관리 부실'의 범위 인지: 가산세 부과는 유류의 실제 사용처와 별개로, 유류 구입카드 등의 발급 과정에서의 관리 소홀 그 자체로도 부과될 수 있음을 명심해야 합니다.
• 정당한 사유 입증의 어려움: 단순히 어민이 제출한 서류를 신뢰했거나, 어민의 신고 의무 불이행으로 인해 알지 못했다는 주장만으로는 '의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유'로 인정받기 어려울 수 있습니다. 관리 기관으로서 선제적 확인 의무를 다해야 합니다.