세금 · 행정
주식회사 A는 냉각탑 제조업체로서 2017년 1월 6일 공동대표이사 B에게 직무발명보상금 2,017,000,000원을 지급하고 이를 2016년 사업연도 법인세 신고 시 손금으로 처리했습니다. 그러나 인천세무서장은 이 직무발명보상금이 절차적, 실체적 정당성을 결여했다고 보아 전액을 손금불산입하고 주식회사 A에 대해 2016년 사업연도 법인세 651,170,670원(가산세 포함)을 부과했습니다. 이에 주식회사 A는 해당 법인세 부과처분을 취소해달라는 소송을 제기했지만, 법원은 대표이사 B가 단독으로 발명했다고 보기 어렵고 보상금 지급 절차도 정당하지 않다는 이유로 주식회사 A의 청구를 기각했습니다.
주식회사 A는 냉각탑 관련 기술 개발에 성공하여 특허권을 등록했고, 공동대표이사 B를 해당 특허의 발명자로 하여 직무발명보상금 2,017,000,000원을 지급했습니다. 회사는 이 보상금을 법인세 산정 시 손금(비용)으로 처리하여 법인세 부담을 줄이려 했습니다. 그러나 세무 당국은 이 보상금 지급이 합리적인 절차나 근거 없이 특수관계인에게 지급되어 회사의 세금 부담을 부당하게 줄이려는 목적이 있다고 판단했습니다. 이에 세무 당국은 보상금 전액을 손금으로 인정하지 않고 주식회사 A에게 651,170,670원의 법인세를 추가로 부과했으며, 주식회사 A는 이에 불복하여 소송을 제기하게 되었습니다.
이 사건의 핵심 쟁점은 주식회사 A가 공동대표이사 B에게 지급한 직무발명보상금이 법인세법상 손금으로 인정될 수 있는지 여부입니다. 이는 대표이사 B가 해당 발명의 실질적인 발명자인지, 그리고 보상금 산정 및 지급 절차가 발명진흥법 등 관련 법규에 따라 정당하게 이루어졌는지에 달려있습니다.
법원은 주식회사 A의 청구를 기각하며 인천세무서장의 법인세 부과처분이 적법하다고 판단했습니다. 법원은 첫째, 이 사건 발명이 대표이사 B가 단독으로 직무발명한 것이 아니라 주식회사 A 소속 기업부설연구소 또는 연구원들이 한 발명이라고 보는 것이 타당하다고 보았습니다. B은 대표이사로서 기본적인 방향 제시나 자금, 설비 지원을 했을 뿐, 기술적 사상의 창작 행위에 실질적으로 기여했다는 증거가 부족하다고 판단했습니다. 특히, 복잡한 냉각탑 관련 발명은 단순한 구상만으로는 어렵고 시제품 제작 및 실험 등 상당한 인적, 물적 자원이 필요하며, 주식회사 A에는 이미 전담 연구소와 연구원이 있었음을 지적했습니다. B이 작성했다는 연구개발노트도 내용이 부실하고 작성 시점도 불분명하며, 과거 문답서에서는 연구노트가 없었다는 내용이 확인되었습니다. 둘째, 설령 B이 공동으로 기여했을 가능성을 상정하더라도, 주식회사 A가 B에게 지급한 직무발명보상금은 발명진흥법상의 절차 규정(보상 규정, 통지 방법 등)을 준수하지 않았고, 다른 연구원들의 기여도를 전혀 고려하지 않은 채 B이 단독 발명했음을 전제로 산정, 지급되었으므로 '정당한 보상금'의 요건을 갖추지 못했다고 보았습니다. 따라서 특수관계인인 B에 대한 보상금 지급은 경제적 합리성이 결여된 부당행위에 해당하여 법인세 손금으로 인정될 수 없다고 판결했습니다.
법원은 주식회사 A의 청구를 받아들이지 않아, 인천세무서장이 주식회사 A에 대해 부과한 법인세 처분은 정당하다고 확정되었습니다. 이에 따라 주식회사 A는 직무발명보상금을 손금으로 인정받지 못하고 부과된 법인세를 납부해야 하게 되었습니다.
이 판례에서 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인): 법인이 특수관계인(예: 대표이사)과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법이 아닌 방식으로 조세 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 판단될 때, 과세 당국이 이를 부인하고 법령에 정한 객관적 기준에 따라 소득을 재계산하는 제도입니다. 이 사건에서 법원은 대표이사 B에게 지급된 직무발명보상금이 경제적 합리성을 결여하여 부당행위계산 부인 대상이 된다고 판단했습니다.
법인세법 시행령 제88조 제1항: 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산 부인의 구체적인 거래 유형들을 열거하고 있습니다.
특허법 제2조 제1호 (발명의 정의) 및 제33조 제1항 (특허를 받을 수 있는 자): 특허법은 '발명'을 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것이라고 정의하며, '발명을 한 자'만이 특허를 받을 수 있다고 명시합니다. 이때 '발명을 한 자'는 단순히 아이디어를 제공하거나 자금, 설비 등을 지원한 정도를 넘어, 기술적 사상의 창작 행위에 실질적으로 기여한 사람을 의미합니다. 법원은 이 사건에서 대표이사 B가 특허법상 실질적인 발명자에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했습니다.
발명진흥법 (직무발명 관련): 비록 판결문의 '관계 법령'에는 직접 명시되지 않았으나, 판례 내용에서 직무발명보상금의 정당성 판단 기준으로 인용되었습니다. 발명진흥법은 직무발명에 대한 보상 규정의 작성 및 개정 절차, 보상에 관한 통지 방법 등을 구체적으로 정하고 있으며, 보상액은 직무발명으로 사용자 등이 얻을 이익과 발명 완성에 기여한 정도를 고려하여 '정당한 보상'을 해야 한다고 규정합니다. 이 사건에서는 이 법률이 정하는 절차와 보상 요건을 주식회사 A가 준수하지 못했다고 판단되었습니다.
회사가 대표이사나 임원 등 특수관계인에게 직무발명보상금을 지급할 때는 다음과 같은 점들을 유의해야 합니다.
실질적인 발명 기여도 입증: 발명자로 등재된 대표이사가 실제로 발명의 기술적 사상 창작에 얼마나 구체적이고 실질적으로 기여했는지 명확한 증거를 확보해야 합니다. 단순한 아이디어 제공, 관리, 자금 지원을 넘어선 구체적인 기술적 착상, 실험 참여, 조언 등을 입증할 수 있는 자료가 중요합니다.
연구 개발 과정의 체계적 기록: 연구노트, 실험 기록, 회의록 등 연구 개발 과정을 상세히 기록하고 보관해야 합니다. 이러한 기록은 발명자, 발명의 경위, 과정에서의 시행착오와 수정 등을 증명하는 중요한 자료가 됩니다.
직무발명보상금 규정의 준수: 발명진흥법 등 관련 법규에서 정한 보상 규정의 작성 및 개정 절차, 보상에 관한 통지 방법 등을 철저히 준수해야 합니다. 보상금 산정 시 회사가 얻을 이익과 발명자의 기여도를 객관적으로 평가하고, 공동 발명자가 있다면 그들의 공헌도도 정당하게 고려해야 합니다.
특수관계인과의 거래 합리성 확보: 특수관계인에게 지급하는 보상금은 비특수관계인 간의 거래와 비교하여 경제적 합리성을 갖추었는지 더욱 엄격하게 심사될 수 있습니다. 조세 회피 목적이 아닌 순수한 경제적 목적임을 입증할 수 있는 객관적인 자료를 충분히 마련해야 합니다.
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