행정
주식회사 A는 C기관장의 중소기업기술개발 지원사업에 참여하여 약 5천만 원의 정부출연금을 지원받아 유전자 치료제 개발 과제를 수행했습니다. C기관장은 과제 수행 과정이 불성실했다고 판단하여 주식회사 A에 정부출연금 49,979,658원을 환수하고 3년간 사업 참여를 제한하는 처분을, 대표이사 B에게도 3년간 사업 참여 제한 처분을 내렸습니다. 이에 원고들은 불복하여 소송을 제기했고, 법원은 주식회사 A와 B의 연구개발 과정이 불성실했다고 볼 수 없으므로, 피고 C기관장이 내린 처분들을 모두 취소하라는 원고 승소 판결을 내렸습니다.
주식회사 A는 C기관장이 주관하는 중소기업기술개발 지원사업에서 '암세포 표적 지향성 유전자 치료용 재조합 바이러스 개발' 과제를 수행하며 2015년 9월 15일부터 2016년 8월 31일까지 약 1년 동안 정부출연금 49,979,658원을 지원받았습니다. 과제 수행 후 C기관장 산하 성실성검증위원회는 연구노트 작성 미흡, 중간산출물 관리 미흡 등을 이유로 과제 수행이 불성실하다고 평가했고, C기관장은 2018년 8월 28일 주식회사 A에 정부출연금 환수 및 3년간 사업 참여 제한 처분을, 대표이사 B에게도 3년간 사업 참여 제한 처분을 내렸습니다. 원고들은 이 처분에 대해 이의신청과 행정심판을 제기했으나 모두 기각되자, 해당 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하기에 이르렀습니다.
이 사건의 핵심 쟁점은 중소기업기술개발 지원사업의 연구개발 과정이 '불성실하게' 수행되었는지 여부와 이에 따른 정부출연금 환수 및 사업 참여 제한 처분이 법적으로 정당한지에 대한 판단이었습니다. 특히, 성실성 검증 위원회의 평가 결과가 연구개발 과정의 불성실성을 단정하는 근거가 될 수 있는지, 연구노트의 작성 요건 준수 여부가 성실성 판단에 미치는 영향, 과제 종료 후 출원 및 등록된 특허 사실을 연구 성실성 판단에 고려할 수 있는지, 그리고 공인인증기관의 시험성적서 미제출에 대한 합리적인 이유가 있었는지 등이 주요하게 다루어졌습니다.
법원은 피고 C기관장이 원고 주식회사 A에 내린 49,979,658원의 정부출연금 환수 처분 및 3년의 사업 참여 제한 처분과 원고 B에게 내린 3년의 사업 참여 제한 처분을 모두 취소하라는 판결을 내렸습니다. 피고 C기관장의 항소는 기각되었으며, 이는 원고들의 손을 들어준 1심 판결이 정당하다고 인정한 것입니다.
이 판결은 정부 기술개발 지원사업의 성실성 여부를 판단할 때, 단순히 행정규칙이나 형식적 요건의 충족 여부만을 기준으로 불성실을 단정할 것이 아니라, 실제 연구개발의 진행 상황, 사업의 특성, 당시의 외부적 제약 등 여러 구체적인 사정을 종합적으로 고려해야 한다는 중요한 법적 기준을 제시합니다. 또한, 실질적인 연구 성과와 특수성을 폭넓게 인정하여 행정처분의 재량권을 신중하게 행사해야 함을 강조하는 사례로 볼 수 있습니다.
이 사건과 관련하여 다음과 같은 법령과 법리가 적용되었습니다.
중소기업기술개발 지원사업 운영요령 (2015. 2. 13. 중소기업청 고시 제2015-12호) 제25조 제2항, 제49조: 이 운영요령은 중소기업 기술개발 지원사업의 세부적인 기준과 절차를 규정하는 행정규칙입니다. 제25조 제2항은 개발 과제의 성공 또는 실패 여부 판단 자료가 최종 평가 시까지 제출된 보고서 및 증빙자료임을 명시하고, 제49조는 전문기관이 구체적 사항을 정하기 위해 중소기업청장의 승인을 받아 관리지침을 제정할 수 있도록 합니다. 이 사건에서는 이 운영요령에 따라 제정된 '중소기업기술개발 지원사업 관리지침'이 적용되었으나, 법원은 단순히 지침에 따른 결과만으로 불성실을 단정할 수 없다고 판단했습니다.
국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제29조 제1항 및 연구노트 지침 (2018. 10. 12. 과학기술정보통신부훈령 제44호): 이 규정과 지침은 국가연구개발사업 수행 시 연구노트의 작성, 관리 및 보관에 관한 사항을 정합니다. 연구노트는 연구의 과정과 결과를 객관적으로 기록하고 연구의 진정성 및 성실성을 입증하는 중요한 자료가 됩니다. 이 사건에서는 원고 회사의 연구노트가 지침의 일부 요건을 충족하지 못했으나, 그 내용이 실질적으로 충실하고 연구 재현 가능성이 인정되어 불성실 수행으로 단정할 수 없다는 판단의 근거 중 하나가 되었습니다.
대법원 판례 (연구개발과정의 불성실 수행 판단 기준): 대법원은 연구개발과정의 불성실 수행 여부를 판단할 때, 사업계획서의 내용, 사업 추진의 구체적 경과, 협약 위반 여부 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단해야 한다고 판시합니다 (대법원 2019. 4. 11. 선고 2018두52730 판결 등 참조). 이는 단순히 형식적인 요건 미충족만을 이유로 불성실을 단정할 수 없으며, 실질적인 연구 과정과 결과를 중시해야 함을 보여주는 중요한 법리입니다.
행정규칙의 대외적 효력에 관한 법리: 법원은 상급행정기관이 소속 공무원이나 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석·적용 기준을 정해 주는 '행정규칙'은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐, 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다고 보았습니다 (대법원 2019. 7. 11. 선고 2017두38874 판결, 대법원 2020. 8. 27. 선고 2019두60776 판결 등 참조). 따라서 처분의 적법성은 행정규칙 준수 여부가 아니라 헌법, 법률, 대외적으로 구속력 있는 법령의 규정과 입법 목적, 비례·평등 원칙과 같은 법의 일반원칙에 따라 판단해야 합니다. 이 법리가 성실성검증위원회의 평가 결과가 관리지침에 따른 것이라도 법원이 독립적으로 판단할 수 있는 근거가 되었습니다.
유사한 정부 지원 기술개발 사업을 수행하는 경우 다음 사항들을 참고하는 것이 좋습니다.
