세금 · 행정
서울특별시 OOOO공사가 노후화된 시장을 현대화하는 사업을 진행하며 발생한 공통매입세액에 대해 부가가치세 환급을 신청했으나 거부되자, 그 취소를 구하는 소송을 제기한 사건입니다. 법원은 1단계 사업이 기존 사업과 독립된 별개의 사업으로 보기 어렵다고 판단하여, 시장 전체 사업장에서 발생한 총공급가액 비율에 따라 매입세액을 안분 계산해야 한다고 보았고, 결국 원고인 공사의 청구를 기각했습니다.
서울특별시OOOOO공사는 노후화된 AA시장의 시설을 현대화하기 위한 사업을 3단계에 걸쳐 진행했습니다. 이 과정에서 기존 상인들의 영업을 일시에 중단시키지 않고 계속 유지하기 위해 단계별 순환 개발 방식을 채택했습니다. 공사는 현대화 사업 과정에서 발생한 매입세액에 대해 부가가치세 환급을 신청했으나, ○○세무서장은 이를 거부했습니다. 이에 공사는 세무서의 거부 처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다. 특히 공사는 1단계 사업이 기존 사업과 분리된 독립적인 사업에 해당하므로, 부가가치세법상 공통매입세액 안분 계산 방식을 다르게 적용해야 한다고 주장했으나, 세무서는 이를 인정하지 않았습니다.
과세사업과 면세사업을 함께 운영하는 사업자가 공통매입세액을 계산할 때, 특정 사업의 한 단계가 기존 사업과 독립된 별개의 사업으로 인정될 수 있는지 여부 및 이에 따라 부가가치세법상 공통매입세액 안분 계산 방식을 어떻게 적용해야 하는지에 대한 다툼입니다.
법원은 서울특별시OOOOO공사의 AA시장 현대화 1단계 사업이 해당 기간 동안 시장 사업장 내에서 운영되던 기존 사업과 구분되는 독립적인 사업 부분으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
이는 공사가 기존 상인들의 영업이 중단되지 않도록 단계별 순환 개발 방식을 택했고, 이 사건 사업이 기존 사업의 영업 여건을 개선하기 위한 목적이 컸기 때문입니다.
따라서 법원은 공통매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 AA시장 사업장 전체에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산하는 것이 타당하다고 보았습니다.
결론적으로 원고의 부가가치세 감액경정 신청 거부 처분 취소 청구는 이유 없다고 하여 기각되었습니다.
구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제7항 및 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 본문에 따르면, 과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자가 공통매입세액을 계산할 때는 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 나누어(안분하여)야 합니다.
이때, 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분합니다. 하지만 이러한 안분 방식은 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 때에만 적용됩니다.
만약 각 사업 부분이 서로 분리되어 독립적으로 운영된다면, 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 수는 없습니다. 사업 부분이 서로 관련성이 있는지 여부는 재화를 공급받은 경위와 목적, 사업운영 형태, 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하게 됩니다.
또한, 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있거나, 해당 과세기간 중 공급가액이 없거나, 어느 한 사업의 공급가액이 없을 때에는 시행령 제61조 제4항에 따라 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하게 됩니다.
특히 건물을 새로 짓거나 취득하여 과세사업과 면세사업에 함께 사용하는 경우, 예정 면적을 구분할 수 있다면 총 예정 사용 면적에 대한 면세사업 관련 예정 사용 면적의 비율에 따라 안분합니다.
본 판결에서는 서울특별시OOOOO공사의 AA시장 현대화 사업 1단계가 기존 사업의 영업 여건을 개선하고, 기존 상인들의 영업을 유지하기 위한 순환 개발 방식으로 진행되었다는 점 등을 종합적으로 고려하여, 1단계 사업이 기존 사업과 독립된 별개의 사업 부분으로 보기 어렵다고 판단했습니다.
이에 따라 시행령 제61조 제1항에 따라 AA시장 사업장 전체에서 발생한 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율을 기준으로 공통매입세액을 안분 계산해야 한다고 판시하였습니다.
과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자는 공통매입세액 계산 시 해당 사업의 성격을 명확히 해야 합니다. 특히, 기존 사업의 확장이나 현대화 사업처럼 단계적으로 진행되는 경우, 각 단계가 독립된 사업으로 볼 수 있는지 아니면 기존 사업의 연속으로 보아야 하는지가 중요합니다. 사업 부지를 단계별로 나누어 사용하더라도, 전체 사업의 목적이 기존 사업의 개선이나 영업 여건 향상에 있다면, 각 단계가 법적으로 독립적인 사업으로 인정받기 어려울 수 있습니다. 공통매입세액은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분 계산합니다. 그러나 사업 부분이 명백히 분리 독립되어 있거나, 공급가액 산정이 어려운 특별한 경우에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 신축 건물의 예정 사용 면적 비율 등 다른 기준을 적용할 수 있으니, 각 상황에 맞는 세법 규정을 정확히 파악해야 합니다. 따라서 사업 초기 계획 단계부터 세법상 공통매입세액 안분 기준을 고려하여 사업 구분과 운영 방식을 명확히 설정하는 것이 세금 관련 분쟁을 예방하는 데 도움이 됩니다.
