민간투자사업 취득세 부과처분 취소 사건

A 주식회사가 사회기반시설에 대한 민간투자사업(BTO 방식)을 수행하면서 건설한 시설물에 대해 창원시 마산합포구청장이 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 부과하자, 이에 불복하여 취소 소송을 제기한 사건입니다. 법원은 BTO 방식의 기부채납은 재화의 이전보다는 용역 제공의 성격이 강하며, 시설물은 국가 또는 지방자치단체가 원시취득하는 것으로 보아야 하므로, 민간사업자에게 취득세를 부과하는 것은 부당하다고 판단하여 A 주식회사의 청구를 받아들였습니다.

관련 당사자

• A 주식회사 (민간투자사업을 수행하고 취득세 등 부과처분 취소를 청구한 회사)
• 창원시 마산합포구청장 (A 주식회사에 취득세 등을 부과한 행정기관)
• 재단법인 B (민간투자사업과 관련하여 피고 창원시의 주장을 보조한 재단법인)

분쟁 상황

A 주식회사는 사회기반시설을 건설한 후 이를 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 관리운영권을 부여받는 BTO 방식의 민간투자사업을 진행했습니다. 사업 완료 후, 창원시 마산합포구청장은 A 주식회사에 총 20억 4천만 원이 넘는 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 등의 세금을 부과했습니다. A 주식회사는 BTO 사업의 특성상 기부채납은 용역 제공의 대가이며 국가 등이 원시취득하는 것이므로, 이러한 세금 부과는 부당하다고 주장하며 해당 부과처분을 취소해달라는 행정소송을 제기하게 되었습니다. 이 과정에서 A 주식회사가 2020년 2월 12일 실시협약 해지를 원인으로 경상남도 등과 재단법인 B를 상대로 1,100억 원의 해지 시 지급금을 청구하는 소송을 제기하여 승소한 사실도 있었습니다.

핵심 쟁점

사회기반시설에 대한 민간투자사업(BTO 방식)에서 민간사업자가 건설한 시설물을 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하는 경우, 해당 시설물에 대해 민간사업자에게 취득세 등의 세금을 부과하는 것이 정당한지 여부입니다.

법원의 판단

항소심 법원은 피고 창원시 마산합포구청장의 항소를 기각하고, 제1심 판결을 유지하여 원고 A 주식회사에게 부과된 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 부과처분을 모두 취소하라는 결정을 내렸습니다.

결론

법원은 BTO 방식의 민간투자사업에서 시설물 건설 후 이루어지는 기부채납을 재화 이전보다는 용역 제공의 성격으로 보았습니다. 이는 사회기반시설에 대한 민간투자법의 취지 및 지방세법 제9조 제2항이 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해 취득세를 부과하지 않도록 한 입법 취지에 부합하며, 실질과세원칙에도 타당하다고 판단했습니다. 즉, 해당 시설은 완공과 동시에 국가 또는 지방자치단체가 원시취득하는 것으로 보아야 하므로, 민간사업자에게 취득세를 부과할 수 없다고 보아 피고의 항소를 기각하였습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 사회기반시설에 대한 민간투자사업에서 발생하는 세금 문제에 대한 중요한 판례입니다.

사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 (사회기반시설의 민간투자방식)​: 이 조항은 민간이 사회기반시설을 건설하고 소유권을 국가 또는 지방자치단체에 이전(기부채납)하는 동시에 일정 기간 시설의 관리운영권을 부여받아 투자비를 회수하는 BTO 방식을 규정하고 있습니다. 법원은 이 사건에서 BTO 방식에 따른 기부채납의 실질이 '재화 이전'이라기보다는 '용역 제공'에 해당한다고 보았습니다. 이는 민간사업자가 시설을 건설하고 국가 등에 제공하는 서비스의 대가로 운영권을 얻는 것이므로, 단순한 재화의 취득으로 볼 수 없다는 법리적 해석의 근거가 됩니다.

지방세법 제9조 제2항 (취득세 비과세)​: 이 조항은 국가나 지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 않는다고 명시하고 있습니다. 본 사건에서 법원은 BTO 사업의 경우, 민간사업자가 시설을 완공하는 동시에 해당 시설은 국가나 지방자치단체가 원시적으로 취득하는 것으로 보아야 한다고 판단했습니다. 따라서 민간사업자가 기부채납을 하였다고 하더라도, 이는 취득세를 부과할 수 없는 비과세 대상에 해당한다고 해석하였습니다. 이는 1994년 지방세법 개정 당시 국가 등에 귀속될 부동산에 대한 취득세 부과를 면제한 입법 취지에도 부합하는 것입니다.

실질과세원칙: 세법을 적용할 때 형식적인 명칭이나 법률관계에 얽매이지 않고 경제적 실질에 따라 세금을 부과해야 한다는 원칙입니다. 법원은 BTO 방식의 기부채납이 외형상으로는 재화의 이전이지만, 그 경제적 실질은 민간사업자가 시설 건설이라는 용역을 제공하고 그 대가로 운영권을 확보하는 것이므로, 이를 민간사업자의 부동산 취득으로 보아 취득세를 부과하는 것은 실질과세원칙에 어긋난다고 보았습니다. 즉, 민간사업자는 시설을 '취득'한 것이 아니라 '제공'한 것이라는 해석입니다.

참고 사항

민간투자사업, 특히 BTO(Build-Transfer-Operate) 방식으로 사회기반시설을 건설하고 국가나 지방자치단체에 기부채납하는 기업은 취득세 등 세금 문제에 유의해야 합니다. 기부채납은 형식적으로 재화의 이전으로 보일 수 있지만, 실질적으로는 시설물 건설 및 운영이라는 용역 제공의 대가로 인정될 수 있습니다. 지방세법 제9조 제2항에 따라 국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 취득세가 비과세되므로, BTO 사업의 경우 해당 시설물의 원시취득자가 누구인지에 대한 법리적 해석이 중요합니다. 사업 협약 시 기부채납의 경제적 실질과 대가 관계를 명확히 문서화하고, 시설물의 소유권 귀속 시점과 주체를 명확히 하여 추후 발생할 수 있는 세금 분쟁에 대비하는 것이 좋습니다. 과세당국의 세금 부과에 이의가 있을 경우, 행정심판이나 행정소송을 통해 권리를 구제받을 수 있습니다.