수도권 밖 이전 중소기업의 지방소득세 감면 거부 취소 판결

수도권 과밀억제권역에서 수도권 성장관리권역으로 본점과 공장시설을 이전한 중소기업이 있었습니다. 이 기업은 당시 시행되던 구 조세특례제한법에 따라 법인세 감면 혜택을 받고 있었는데, 당시 법인지방소득세는 법인세액에 부가되는 방식으로 산정되어 법인세 감면 시 지방소득세도 함께 감면되었습니다. 그러나 2014년 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세가 법인세와 별개로 과세되는 독립세 방식으로 전환되었고, 기업은 개정된 법에 따라 법인지방소득세를 납부했습니다. 이후 기업은 이전에 대한 신뢰를 바탕으로 개정 지방세법의 경과규정을 적용하여 이미 납부한 법인지방소득세에 대한 감면 혜택을 주장하며 환급을 요청하는 경정청구를 했으나 거부당했습니다. 법원은 개정된 지방세법이 납세자에게 불리한 변경이고, 기업의 사업장 이전 행위는 보호할 가치가 있는 신뢰에 기반한 것이므로, 경과규정을 적용하여 종전의 감면 규정을 따라야 한다고 판단하여 피고의 거부처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 1997년에 설립되어 서적 출판, 정기간행물 발행 등을 주업으로 하는 내국 중소기업입니다. 2010년 수도권과밀억제권역에서 수도권 성장관리권역인 파주로 본점 및 공장시설을 이전하여 법인세 감면 혜택을 받아왔습니다.
• 피고 파주시장: 원고 A 주식회사가 납부한 법인지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 행정기관의 장입니다.

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 2010년 1월 1일 본점과 공장시설을 수도권과밀억제권역에서 파주의 성장관리권역으로 이전했습니다. 당시 구 조세특례제한법 제63조 제1항에 따라 2010년부터 2014년까지는 법인세 100% 감면, 2015년부터 2016년까지는 50% 감면 혜택을 받았습니다. 이때까지는 법인지방소득세가 법인세액의 10%를 과세표준으로 하는 부가세 방식이었으므로, 법인세 감면과 연동되어 법인지방소득세도 감면되는 효과가 있었습니다. 그러나 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세는 법인세와 별개로 과세되는 독립세 방식으로 전환되었습니다. 개정된 지방세특례제한법에는 구 조세특례제한법과 같은 공장 지방이전 감면 규정이 별도로 마련되지 않았습니다. 이에 원고는 2014년부터 2016년 사업연도까지 법인지방소득세를 감면 혜택 없이 전액 신고·납부했습니다. 2020년 4월 29일 원고는 피고 파주시장에게 이미 납부한 2014년부터 2016년까지의 법인지방소득세에 대해 경과규정을 적용한 세액 감면을 주장하며 환급을 요구하는 경정청구를 했습니다. 하지만 피고는 '지방세법 및 지방세특례제한법에 법인지방소득세에 대한 공장 지방이전 감면 규정이 없다'는 이유로 2020년 6월 22일 이를 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 2021년 3월 23일 기각되었고, 결국 이 사건 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경된 것이 납세자인 원고에게 불리한 법령 개정에 해당하는지 여부입니다. 둘째, 개정 지방세법 부칙에 명시된 경과규정(부칙 제15조)을 적용하여 원고가 이전 당시 약속받았던 세금 감면 혜택을 법인지방소득세에도 지속적으로 적용할 수 있는지 여부입니다. 셋째, 경과규정에서 언급하는 '종전의 규정'에 구 조세특례제한법상 법인세 감면 조항이 포함되어 법인지방소득세 감면에도 영향을 미치는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 피고 파주시장(행정기관)이 원고 A 주식회사에게 2020년 6월 22일에 내린 법인지방소득세 환급을 구하는 경정청구 거부처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 이는 원고의 주장을 받아들여 법인지방소득세 감면을 인정해야 한다는 의미입니다.

결론

법원은 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 산정 방식이 변경된 것이 원고에게 불리한 법령 개정이며, 원고가 사업장을 이전한 것은 개정 전 법령에 따른 세금 감면을 신뢰한 행위로서 보호받을 가치가 충분하다고 판단했습니다. 이에 따라 개정 지방세법 부칙의 경과규정을 적용하여 구 조세특례제한법상 법인세 감면 조항이 법인지방소득세 감면에도 적용되어야 한다고 보았습니다. 따라서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

1. 조세법률주의와 납세자 신뢰보호의 원칙

• 원칙: 조세법은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 일반적입니다. 국가가 조세 및 재정 정책을 유연하게 운영할 필요가 있기 때문에, 납세자는 현재의 세법이 변함없이 유지될 것이라고 원칙적으로 기대하기 어렵습니다.
• 예외: 그러나 조세 법령이 납세자에게 불리하게 개정되었을 때, 개정 전 법령을 신뢰하여 사업장 이전과 같이 '과세요건 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위'를 함으로써 '일정한 법적 지위나 법률관계'를 형성한 경우, 납세자의 기득권과 신뢰를 보호하기 위해 예외적으로 개정 전 법령을 적용할 수 있습니다. 이는 '경과규정'을 통해 구현되며, 이 사건 개정 지방세법 부칙 제15조가 그 역할을 합니다. (대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등 참조)

2. 구 조세특례제한법 제63조 제1항 (이 사건 감면조항)​

• 내용: 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업하는 내국 중소기업이 수도권정비계획법상 성장관리권역으로 본점 및 공장시설을 전부 이전하는 경우, 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 전액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 50%를 감면한다고 규정했습니다. 원고는 2010년 이전 후 이 규정에 따라 법인세 감면을 받았습니다.

3. 구 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)​

• 법인지방소득세 산정 방식: 구 지방세법 제85조 제4호 및 제89조 제1항에 따라 법인지방소득세는 '법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액'을 과세표준으로 하는 부가세 방식(법인세액의 10%)이었습니다. 따라서 법인세가 감면되면 법인지방소득세도 연동되어 감면되었습니다.

4. 개정 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호)​

• 법인지방소득세 산정 방식의 변화: 개정 지방세법 제103조의19는 법인지방소득세의 과세표준을 '법인세법 제13조에 따라 계산한 금액'으로 정하고, 제103조의20은 독자적인 세율을 정하여 법인지방소득세를 독립세 방식으로 전환했습니다. 이로써 법인세 감면이 법인지방소득세에 직접적으로 연동되지 않게 되었습니다.
• 지방소득세 세액공제·감면: 개정 지방세법 제103조의22에 따라 지방소득세에 대한 세액공제·감면은 지방세특례제한법에서 별도로 정하도록 했으나, 구 조세특례제한법에 있던 법인세 세액공제 및 세액감면 규정들은 지방세특례제한법의 새로운 지방소득세 특례 항목에 규정되지 않아 그 적용이 배제되었습니다.
• 부칙 제15조 (이 사건 경과규정)​:

참고 사항

비슷한 문제 상황에 처하게 된다면 다음 사항들을 참고해 볼 수 있습니다.

• 조세 법령 변경 시 경과규정 확인: 세금 관련 법령이 개정될 경우, 개정된 법률의 부칙에 어떤 경과규정(시행일, 적용 대상, 종전 규정의 적용 여부 등)이 있는지 반드시 확인해야 합니다. 이는 기존에 받던 혜택이 사라지거나 새로운 의무가 생길 때 중요한 근거가 됩니다.
• 신뢰보호의 가치: 만약 법령 개정 이전에 유효했던 세금 감면 약속을 믿고 중요한 사업적 결정(예: 사업장 이전, 대규모 투자 등)을 했다면, 그 신뢰가 법적으로 보호받을 가치가 있는지 검토해야 합니다. 특히 장래의 일정 기간 동안의 감면을 명시적으로 정하고 있었던 경우에 더욱 강한 신뢰보호 주장을 할 수 있습니다.
• '종전의 규정'의 범위: 경과규정에서 '종전의 규정'이 의미하는 바가 해당 법률에 국한되는지, 아니면 관련 다른 법률(예: 법인세 관련 법률 등)의 조항까지 포함하는지 여부는 사안에 따라 다르게 해석될 수 있습니다. 본 판례에서는 법인세 감면 규정이 법인지방소득세 감면까지 연결되는 것으로 보았습니다.
• 세금 부과 방식의 변화: 세금이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌는 경우, 기존의 감면 혜택이 자동으로 연동되지 않을 수 있습니다. 이러한 변화가 납세자에게 불리하게 작용한다면 경과규정을 통한 구제를 모색해야 합니다.
• 단순한 기대 이익과 법률상 이익의 구분: 세금 감면으로 인한 이익이 단순히 '기대하는 이익'에 불과한지, 아니면 법률에 의해 보장되던 '법률상 이익'에 해당하는지 구분하는 것이 중요합니다. 법원은 후자의 경우 신뢰보호의 필요성을 더 높게 봅니다.