

“조세 전문 변호사”
서울행정법원 2024
N 주식회사가 건물을 신축하고 취득세를 신고·납부했으나, 서울특별시 금천구청장이 시행사 운영비 28억 5,000만 원을 취득세 과세표준에서 누락했다며 추가 세금을 부과했습니다. N 주식회사는 이 운영비가 건물의 취득과 무관하거나 일부만 관련되어 과세표준에 포함될 수 없다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했고, 법원은 과세관청이 시행사 운영비가 건물의 취득과 관련된 비용임을 충분히 증명하지 못했다는 이유로 N 주식회사의 손을 들어주며 부과처분을 취소했습니다. ### 관련 당사자 - N 주식회사 (원고): 신탁회사로서, E 주식회사로부터 토지를 신탁받아 공동주택, 오피스텔, 상업시설이 갖추어진 건물을 신축하고 분양하는 사업을 진행했습니다. - 서울특별시 금천구청장 (피고): N 주식회사에 대해 취득세 등 부과처분을 한 과세관청입니다. - E 주식회사: 부동산 개발 및 시행을 목적으로 하는 회사이자, N 주식회사에 토지를 신탁한 위탁자 및 이 사건 사업의 시행사입니다. ### 분쟁 상황 1. E 주식회사는 부동산 개발 사업을 위해 2016년 4월 28일 N 주식회사에 토지를 신탁하는 관리형 토지신탁계약을 체결했습니다. 이 계약에 따라 N 주식회사는 대외적으로 사업 주체가 되었고, E 주식회사는 인허가, 자금 조달, 민원 처리, 분양 업무 등 사업 관련 일체의 업무를 맡았습니다. 2. N 주식회사는 2019년 11월 28일 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았고, 같은 해 12월 9일 소유권보존등기를 마친 후 원시취득을 원인으로 취득세 등 168,516,850,727원을 신고·납부했습니다. 3. 이후 N 주식회사는 2021년 2월 15일 취득세 등이 과다 신고되었다며 신탁보수료 등 일부 비용을 과세표준에서 제외해달라고 감액 경정을 청구했고, 금천구청장은 이를 일부 인용하여 세금을 환급해 주었습니다. 4. 그러나 금천구청장은 2021년 6월 2일, N 주식회사가 E 주식회사에 2016년 4월부터 2019년 12월까지 운영비 명목으로 지급한 28억 5,000만 원이 취득세 과세표준에 포함되어야 하는데 누락되었다며, 이에 대한 취득세 등을 추가로 부과했습니다(이 사건 처분). 5. N 주식회사는 이 추가 부과 처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 신탁회사가 시행사에 지급한 '시행사 운영비'가 신축 건물의 취득세 과세표준에 포함되는지 여부와, 이에 대한 증명책임이 누구에게 있는지 여부입니다. ### 법원의 판단 서울특별시 금천구청장이 2021년 6월 2일 N 주식회사에 부과한 취득세 등 처분을 모두 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다. ### 결론 법원은 피고인 금천구청장이 제출한 증거만으로는 시행사 운영비 총액 28억 5,000만 원이 신축 건물의 취득세 과세표준에 포함된다고 단정하기 어렵다고 판단했습니다. 취득세 과세표준에 포함되는 비용은 해당 물건의 취득과 직접 또는 간접적으로 관련된 비용이어야 하는데, 시행사 운영비는 건물의 건축뿐 아니라 분양 등 다른 사업 활동에도 사용될 수 있으므로, 과세관청이 구체적인 사용내역을 통해 해당 비용이 건물의 취득과 관련되어 있음을 증명해야 한다고 보았습니다. 피고가 이를 충분히 증명하지 못했기에, 부과처분은 위법하다고 결론 내렸습니다. ### 연관 법령 및 법리 1. **취득세 과세표준 (구 지방세법 제10조 제5항 제3호 및 제7항, 구 지방세법 시행령 제18조 제1항)**​: 법인 장부에 의해 취득가격이 증명되는 경우 '사실상의 취득가액'에 따르며, 이는 취득시기를 기준으로 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방이나 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 '직접비용'과 '간접비용'의 합계액을 말합니다. 2. **취득가격의 범위**: 과세대상 물건 자체의 가격(직접비용)뿐만 아니라, 취득자금 이자, 설계비와 같이 해당 물건 자체의 가격으로 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차 비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로 포함됩니다. 그러나 취득 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 비용은 과세표준에 포함되지 않습니다. 예를 들어, 건축물 건축 비용은 취득가격에 포함되지만, 건축물의 분양 비용은 포함되지 않습니다. 건축물의 신축 인허가, 자금 대출 자문, 사업성 검토 등 신축에 필요불가결한 준비 행위의 대가로 지급된 컨설팅 용역비는 건축물의 취득가격에 포함될 수 있습니다. 3. **증명책임**: 과세처분의 위법을 이유로 취소를 구하는 행정소송에서, 과세원인이나 과세표준 등 과세요건이 되는 사실의 존재에 대해서는 원칙적으로 과세관청(세금 부과 주체)이 증명할 책임이 있습니다. 본 사건에서 금천구청장은 N 주식회사가 지급한 시행사 운영비가 건물 취득과 관련된 비용임을 구체적으로 증명하지 못했기 때문에, 법원은 과세관청의 증명책임을 다하지 못했다고 판단했습니다. ### 참고 사항 부동산 개발 사업에서 시행사에게 지급하는 운영비는 그 용도를 명확히 구분하여 기록해야 합니다. 건물의 취득과 관련된 비용과 분양 등 다른 사업 활동과 관련된 비용을 정확히 분류해야 취득세 과세표준 산정 시 불필요한 분쟁을 피할 수 있습니다. 과세관청은 납세의무자가 신고한 취득세 과세표준에 누락된 부분이 있다고 주장할 경우, 해당 비용이 과세대상 물건의 취득에 관련된 비용임을 구체적으로 증명할 책임이 있습니다. 납세자는 취득세 관련 비용 지출 시 상세한 증빙 자료(계약서, 지출 내역, 용역 보고서 등)를 철저히 보관하여, 향후 과세관청의 문제 제기에 대비해야 합니다. 특히 시행사 운영비와 같이 포괄적인 명목의 비용은 그 사용처를 구체적으로 입증할 수 있는 자료가 중요합니다.
서울중앙지방법원 2024
오피스텔 수분양자들이 분양계약 체결 당시 부가가치세 산정 방식에 착오가 있었음을 주장하며 중도금 및 잔금 채무액이 감소되어야 한다고 청구한 사건입니다. 법원은 당사자들이 부가가치세 산정 방식에 공통된 착오를 일으켰고 이는 계약의 중요한 부분에 해당한다고 판단했습니다. 이에 법원은 착오가 없었다면 당사자들이 약정했을 내용을 보충적으로 해석하여, 부가가치세 감액분만큼 오피스텔의 전체 공급대금도 감소해야 한다고 보아 원고들의 중도금 및 잔금 채무 중 일부가 존재하지 아니함을 확인했습니다. ### 관련 당사자 - 원고들: 비주거용 건물 임대업에 관하여 사업자등록을 한 오피스텔 수분양자들 (3명) - 피고 C 주식회사, 주식회사 E: 서울 주상복합건물 'K'의 신축 및 분양사업 시행사들 - 주식회사 G신탁: 피고 시행사들과 관리형토지신탁계약을 체결하고 공급계약 체결 및 소유권 이전 업무를 수탁받은 신탁회사 ### 분쟁 상황 오피스텔 신축 및 분양 사업의 시행사인 피고들과 신탁회사인 피고들이 수분양자인 원고들과 오피스텔 공급계약을 체결했습니다. 계약금 지급 후 피고들은 부가가치세법 규정에 따라 대지와 건물의 감정평가가액에 비례하여 공급가액을 안분해야 한다는 사실을 뒤늦게 인지하고, 2022년 2월 18일 수정세금계산서를 발행했습니다. 이 수정으로 건물가격이 감액되고 부가가치세액이 약 45% 감소하자, 원고들은 감소한 부가가치세액만큼 전체 공급대금도 줄어들어야 한다고 주장하며 중도금 및 잔금 채무의 부존재 확인을 청구했습니다. 피고들은 전체 공급대금에는 변함이 없고 단순히 대지/건물 가격 비율만 조정되는 것이므로 원고들의 주장을 반박했습니다. ### 핵심 쟁점 오피스텔 공급계약 체결 시 부가가치세 산정 방식에 대한 당사자들의 공통된 착오가 계약의 중요한 부분에 해당하는지 여부, 착오가 인정될 경우 부가가치세 감액분만큼 전체 공급대금을 감소시켜야 하는지 아니면 대지·건물 가격 조정을 통해 전체 공급대금을 유지해야 하는지 (계약의 보충적 해석 문제), 그리고 원고들의 중도금 및 잔금 채무 부존재확인 청구의 이익 존재 여부입니다. ### 법원의 판단 원고들의 오피스텔 공급계약에 기한 중도금 및 잔금 채무는 원고 <삭제>의 경우 1,375,745,500원을, 원고 <삭제>의 경우 1,449,931,000원을 각각 초과하여 존재하지 아니함을 확인하였습니다. 소송비용은 피고들이 부담하도록 판결했습니다. ### 결론 법원은 원고들과 피고들이 오피스텔 공급계약 체결 당시 부가가치세 산정 방식에 대해 공통된 착오가 있었다고 인정했습니다. 당사자들은 건물의 실지거래가액을 기준으로 부가가치세를 산정하였으나, 부가가치세법 제29조 제9항 및 동법 시행령 제64조에 따라 감정평가가액에 비례하여 안분 계산해야 하는 경우였습니다. 이러한 부가가치세 산정 방식의 착오는 계약의 전제나 기초가 되는 중요한 사항에 관한 것으로 판단되었습니다. 법원은 계약의 보충적 해석 원칙에 따라, 이 착오가 없었다면 당사자들이 약정하였을 것으로 보이는 내용을 객관적으로 추인하여 계약을 해석해야 한다고 보았습니다. 계약서에 부가가치세액을 별도로 명기하고 이를 포함하여 전체 공급대금을 약정한 점, 피고들이 부가가치세 환급 가능성을 홍보하여 원고들이 정당한 기대 이익을 가졌던 점, 그리고 부가가치세 감액분을 전체 공급대금 감소로 반영하는 것이 양 당사자의 이익을 원만하게 조정하는 방식이라는 점 등을 종합적으로 고려했습니다. 결과적으로 실제 납부할 세액보다 과다하게 산정된 부가가치세액의 감액분만큼 오피스텔의 전체 공급대금도 감소하는 것이 타당하다고 판단하여 원고들의 청구를 받아들였습니다. ### 연관 법령 및 법리 본 사건은 주로 계약 해석의 원칙과 부가가치세법 관련 규정, 그리고 착오로 인한 계약의 보충적 해석 법리가 적용되었습니다.nn1. **부가가치세법 제29조 제9항 및 동법 시행령 제64조**: 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준을 계산할 때, 공급가액에 포함되는 대가와 그 외의 금액을 구분하여 명시하며, 특히 대지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 감정평가가액 등에 비례하여 공급가액을 안분 계산하는 방법을 규정하고 있습니다. 이 사건에서는 대지와 건물의 실지거래가액이 감정평가가액과 30% 이상 차이가 나는 경우, 감정평가가액에 비례하여 안분 계산한 건물가액을 과세표준으로 해야 한다는 점이 중요하게 작용했습니다.nn2. **계약 해석의 원칙**: 계약 당사자 사이에 작성된 서면 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 그 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정해야 합니다. 문언의 객관적인 의미가 명확하지 않은 경우에는 문언의 내용과 계약이 이루어진 동기 및 경위, 당사자가 계약을 통해 달성하려는 목적과 진정한 의사, 거래 관행 등을 종합적으로 고려하여 사회정의와 형평의 이념에 맞게 합리적으로 해석해야 합니다.nn3. **공통된 동기의 착오에 대한 계약의 보충적 해석**: 계약 당사자 쌍방이 계약의 전제나 기초가 되는 사항에 관하여 같은 내용으로 착오를 하고 이로 인해 구체적인 약정을 하지 아니하였다면, 당사자들이 그러한 착오가 없었을 때 약정하였을 것으로 보이는 내용으로 당사자의 의사를 보충하여 계약을 해석할 수 있습니다. 이때 보충되는 당사자의 의사는 당사자의 실제 의사나 주관적 의사가 아니라, 계약의 목적, 거래 관행, 적용 법규, 신의칙 등에 비추어 객관적으로 추인되는 정당한 이익 조정 의사를 의미합니다.nn4. **부가가치세 거래징수의 통례**: 부가가치세 납세의무자인 사업자가 재화를 공급하는 경우 부가가치세가 과세대상이 되며, 사업자 간의 재화 공급 거래에서 공급계약서에 공급가액과 별도로 부가가치세를 구분·특정하고 세금계산서도 발행하며 공급대가를 일괄적으로 수수하였다면, 특별한 사정이 없는 한 공급가액의 수수와 별도로 그 부가가치세도 실제로 거래징수되었다고 보아야 합니다. 이 사건에서는 부가가치세액을 별도로 명기하고 이를 포함하여 전체 공급대금을 약정한 점이 중요한 판단 근거가 되었습니다.nn5. **확인의 이익**: 현재 존재하는 불안이나 위험을 제거하기 위해 확인판결을 받는 것이 가장 유효하고 적절한 수단일 때 확인의 이익이 인정됩니다. 본 사건에서 피고들이 중도금 및 잔금 지급 채무의 범위 전체에 대하여 다투고 있었으므로 원고들에게 확인의 이익이 있다고 판단되었습니다. ### 참고 사항 부동산 분양 계약, 특히 대지와 건물이 함께 공급되는 오피스텔 등의 경우 부가가치세 산정 방식이 공급대금에 중요한 영향을 미칠 수 있습니다. 계약 체결 시 공급가액과 부가가치세액이 명확히 구분되어 있고 부가가치세 환급이 가능하다는 설명을 들었다면, 해당 부가가치세 산정 방식이 관련 법규(부가가치세법 제29조 제9항 및 동법 시행령 제64조)에 따라 정확하게 계산되었는지 반드시 확인해야 합니다. 만약 계약 당시 잘못된 부가가치세 산정 방식에 합의했더라도, 당사자 쌍방에게 공통된 착오가 있었다고 인정되는 경우 해당 착오가 없었을 때의 합리적인 계약 내용으로 보충 해석하여 공급대금 조정을 요구할 수 있습니다. 계약 후 세금계산서가 수정 발행되면서 부가가치세액이 변경될 경우, 이 변경이 전체 계약 대금에 어떤 영향을 미치는지 명확히 확인하고, 불합리하다고 판단되면 시행사 측에 문제를 제기해야 합니다. 공급대금 채무의 범위에 대한 다툼이 발생하면, 법원에 채무 부존재 확인을 청구하는 것이 유효한 해결책이 될 수 있습니다. 특히 임대사업자 등 사업자등록을 하는 수분양자는 부가가치세 환급과 직접적으로 관련되므로, 계약서상 부가가치세 관련 조항을 면밀히 검토하고 전문가의 도움을 받는 것이 중요합니다.
의정부지방법원 2022
수도권 과밀억제권역에서 수도권 성장관리권역으로 본점과 공장시설을 이전한 중소기업이 있었습니다. 이 기업은 당시 시행되던 구 조세특례제한법에 따라 법인세 감면 혜택을 받고 있었는데, 당시 법인지방소득세는 법인세액에 부가되는 방식으로 산정되어 법인세 감면 시 지방소득세도 함께 감면되었습니다. 그러나 2014년 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세가 법인세와 별개로 과세되는 독립세 방식으로 전환되었고, 기업은 개정된 법에 따라 법인지방소득세를 납부했습니다. 이후 기업은 이전에 대한 신뢰를 바탕으로 개정 지방세법의 경과규정을 적용하여 이미 납부한 법인지방소득세에 대한 감면 혜택을 주장하며 환급을 요청하는 경정청구를 했으나 거부당했습니다. 법원은 개정된 지방세법이 납세자에게 불리한 변경이고, 기업의 사업장 이전 행위는 보호할 가치가 있는 신뢰에 기반한 것이므로, 경과규정을 적용하여 종전의 감면 규정을 따라야 한다고 판단하여 피고의 거부처분을 취소했습니다. ### 관련 당사자 - 원고 A 주식회사: 1997년에 설립되어 서적 출판, 정기간행물 발행 등을 주업으로 하는 내국 중소기업입니다. 2010년 수도권과밀억제권역에서 수도권 성장관리권역인 파주로 본점 및 공장시설을 이전하여 법인세 감면 혜택을 받아왔습니다. - 피고 파주시장: 원고 A 주식회사가 납부한 법인지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 행정기관의 장입니다. ### 분쟁 상황 원고 A 주식회사는 2010년 1월 1일 본점과 공장시설을 수도권과밀억제권역에서 파주의 성장관리권역으로 이전했습니다. 당시 구 조세특례제한법 제63조 제1항에 따라 2010년부터 2014년까지는 법인세 100% 감면, 2015년부터 2016년까지는 50% 감면 혜택을 받았습니다. 이때까지는 법인지방소득세가 법인세액의 10%를 과세표준으로 하는 부가세 방식이었으므로, 법인세 감면과 연동되어 법인지방소득세도 감면되는 효과가 있었습니다. 그러나 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세는 법인세와 별개로 과세되는 독립세 방식으로 전환되었습니다. 개정된 지방세특례제한법에는 구 조세특례제한법과 같은 공장 지방이전 감면 규정이 별도로 마련되지 않았습니다. 이에 원고는 2014년부터 2016년 사업연도까지 법인지방소득세를 감면 혜택 없이 전액 신고·납부했습니다. 2020년 4월 29일 원고는 피고 파주시장에게 이미 납부한 2014년부터 2016년까지의 법인지방소득세에 대해 경과규정을 적용한 세액 감면을 주장하며 환급을 요구하는 경정청구를 했습니다. 하지만 피고는 '지방세법 및 지방세특례제한법에 법인지방소득세에 대한 공장 지방이전 감면 규정이 없다'는 이유로 2020년 6월 22일 이를 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 2021년 3월 23일 기각되었고, 결국 이 사건 행정소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경된 것이 납세자인 원고에게 불리한 법령 개정에 해당하는지 여부입니다. 둘째, 개정 지방세법 부칙에 명시된 경과규정(부칙 제15조)을 적용하여 원고가 이전 당시 약속받았던 세금 감면 혜택을 법인지방소득세에도 지속적으로 적용할 수 있는지 여부입니다. 셋째, 경과규정에서 언급하는 '종전의 규정'에 구 조세특례제한법상 법인세 감면 조항이 포함되어 법인지방소득세 감면에도 영향을 미치는지 여부입니다. ### 법원의 판단 법원은 피고 파주시장(행정기관)이 원고 A 주식회사에게 2020년 6월 22일에 내린 법인지방소득세 환급을 구하는 경정청구 거부처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 이는 원고의 주장을 받아들여 법인지방소득세 감면을 인정해야 한다는 의미입니다. ### 결론 법원은 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 산정 방식이 변경된 것이 원고에게 불리한 법령 개정이며, 원고가 사업장을 이전한 것은 개정 전 법령에 따른 세금 감면을 신뢰한 행위로서 보호받을 가치가 충분하다고 판단했습니다. 이에 따라 개정 지방세법 부칙의 경과규정을 적용하여 구 조세특례제한법상 법인세 감면 조항이 법인지방소득세 감면에도 적용되어야 한다고 보았습니다. 따라서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 결론 내렸습니다. ### 연관 법령 및 법리 **1. 조세법률주의와 납세자 신뢰보호의 원칙** * **원칙**: 조세법은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 일반적입니다. 국가가 조세 및 재정 정책을 유연하게 운영할 필요가 있기 때문에, 납세자는 현재의 세법이 변함없이 유지될 것이라고 원칙적으로 기대하기 어렵습니다. * **예외**: 그러나 조세 법령이 납세자에게 불리하게 개정되었을 때, 개정 전 법령을 신뢰하여 사업장 이전과 같이 '과세요건 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위'를 함으로써 '일정한 법적 지위나 법률관계'를 형성한 경우, 납세자의 기득권과 신뢰를 보호하기 위해 예외적으로 개정 전 법령을 적용할 수 있습니다. 이는 '경과규정'을 통해 구현되며, 이 사건 개정 지방세법 부칙 제15조가 그 역할을 합니다. (대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등 참조) **2. 구 조세특례제한법 제63조 제1항 (이 사건 감면조항)**​ * **내용**: 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업하는 내국 중소기업이 수도권정비계획법상 성장관리권역으로 본점 및 공장시설을 전부 이전하는 경우, 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 전액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 50%를 감면한다고 규정했습니다. 원고는 2010년 이전 후 이 규정에 따라 법인세 감면을 받았습니다. **3. 구 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)**​ * **법인지방소득세 산정 방식**: 구 지방세법 제85조 제4호 및 제89조 제1항에 따라 법인지방소득세는 '법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액'을 과세표준으로 하는 부가세 방식(법인세액의 10%)이었습니다. 따라서 법인세가 감면되면 법인지방소득세도 연동되어 감면되었습니다. **4. 개정 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호)**​ * **법인지방소득세 산정 방식의 변화**: 개정 지방세법 제103조의19는 법인지방소득세의 과세표준을 '법인세법 제13조에 따라 계산한 금액'으로 정하고, 제103조의20은 독자적인 세율을 정하여 법인지방소득세를 독립세 방식으로 전환했습니다. 이로써 법인세 감면이 법인지방소득세에 직접적으로 연동되지 않게 되었습니다. * **지방소득세 세액공제·감면**: 개정 지방세법 제103조의22에 따라 지방소득세에 대한 세액공제·감면은 지방세특례제한법에서 별도로 정하도록 했으나, 구 조세특례제한법에 있던 법인세 세액공제 및 세액감면 규정들은 지방세특례제한법의 새로운 지방소득세 특례 항목에 규정되지 않아 그 적용이 배제되었습니다. * **부칙 제15조 (이 사건 경과규정)**​: ### 참고 사항 비슷한 문제 상황에 처하게 된다면 다음 사항들을 참고해 볼 수 있습니다. * **조세 법령 변경 시 경과규정 확인**: 세금 관련 법령이 개정될 경우, 개정된 법률의 부칙에 어떤 경과규정(시행일, 적용 대상, 종전 규정의 적용 여부 등)이 있는지 반드시 확인해야 합니다. 이는 기존에 받던 혜택이 사라지거나 새로운 의무가 생길 때 중요한 근거가 됩니다. * **신뢰보호의 가치**: 만약 법령 개정 이전에 유효했던 세금 감면 약속을 믿고 중요한 사업적 결정(예: 사업장 이전, 대규모 투자 등)을 했다면, 그 신뢰가 법적으로 보호받을 가치가 있는지 검토해야 합니다. 특히 장래의 일정 기간 동안의 감면을 명시적으로 정하고 있었던 경우에 더욱 강한 신뢰보호 주장을 할 수 있습니다. * **'종전의 규정'의 범위**: 경과규정에서 '종전의 규정'이 의미하는 바가 해당 법률에 국한되는지, 아니면 관련 다른 법률(예: 법인세 관련 법률 등)의 조항까지 포함하는지 여부는 사안에 따라 다르게 해석될 수 있습니다. 본 판례에서는 법인세 감면 규정이 법인지방소득세 감면까지 연결되는 것으로 보았습니다. * **세금 부과 방식의 변화**: 세금이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌는 경우, 기존의 감면 혜택이 자동으로 연동되지 않을 수 있습니다. 이러한 변화가 납세자에게 불리하게 작용한다면 경과규정을 통한 구제를 모색해야 합니다. * **단순한 기대 이익과 법률상 이익의 구분**: 세금 감면으로 인한 이익이 단순히 '기대하는 이익'에 불과한지, 아니면 법률에 의해 보장되던 '법률상 이익'에 해당하는지 구분하는 것이 중요합니다. 법원은 후자의 경우 신뢰보호의 필요성을 더 높게 봅니다.
서울행정법원 2024
N 주식회사가 건물을 신축하고 취득세를 신고·납부했으나, 서울특별시 금천구청장이 시행사 운영비 28억 5,000만 원을 취득세 과세표준에서 누락했다며 추가 세금을 부과했습니다. N 주식회사는 이 운영비가 건물의 취득과 무관하거나 일부만 관련되어 과세표준에 포함될 수 없다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했고, 법원은 과세관청이 시행사 운영비가 건물의 취득과 관련된 비용임을 충분히 증명하지 못했다는 이유로 N 주식회사의 손을 들어주며 부과처분을 취소했습니다. ### 관련 당사자 - N 주식회사 (원고): 신탁회사로서, E 주식회사로부터 토지를 신탁받아 공동주택, 오피스텔, 상업시설이 갖추어진 건물을 신축하고 분양하는 사업을 진행했습니다. - 서울특별시 금천구청장 (피고): N 주식회사에 대해 취득세 등 부과처분을 한 과세관청입니다. - E 주식회사: 부동산 개발 및 시행을 목적으로 하는 회사이자, N 주식회사에 토지를 신탁한 위탁자 및 이 사건 사업의 시행사입니다. ### 분쟁 상황 1. E 주식회사는 부동산 개발 사업을 위해 2016년 4월 28일 N 주식회사에 토지를 신탁하는 관리형 토지신탁계약을 체결했습니다. 이 계약에 따라 N 주식회사는 대외적으로 사업 주체가 되었고, E 주식회사는 인허가, 자금 조달, 민원 처리, 분양 업무 등 사업 관련 일체의 업무를 맡았습니다. 2. N 주식회사는 2019년 11월 28일 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았고, 같은 해 12월 9일 소유권보존등기를 마친 후 원시취득을 원인으로 취득세 등 168,516,850,727원을 신고·납부했습니다. 3. 이후 N 주식회사는 2021년 2월 15일 취득세 등이 과다 신고되었다며 신탁보수료 등 일부 비용을 과세표준에서 제외해달라고 감액 경정을 청구했고, 금천구청장은 이를 일부 인용하여 세금을 환급해 주었습니다. 4. 그러나 금천구청장은 2021년 6월 2일, N 주식회사가 E 주식회사에 2016년 4월부터 2019년 12월까지 운영비 명목으로 지급한 28억 5,000만 원이 취득세 과세표준에 포함되어야 하는데 누락되었다며, 이에 대한 취득세 등을 추가로 부과했습니다(이 사건 처분). 5. N 주식회사는 이 추가 부과 처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 신탁회사가 시행사에 지급한 '시행사 운영비'가 신축 건물의 취득세 과세표준에 포함되는지 여부와, 이에 대한 증명책임이 누구에게 있는지 여부입니다. ### 법원의 판단 서울특별시 금천구청장이 2021년 6월 2일 N 주식회사에 부과한 취득세 등 처분을 모두 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다. ### 결론 법원은 피고인 금천구청장이 제출한 증거만으로는 시행사 운영비 총액 28억 5,000만 원이 신축 건물의 취득세 과세표준에 포함된다고 단정하기 어렵다고 판단했습니다. 취득세 과세표준에 포함되는 비용은 해당 물건의 취득과 직접 또는 간접적으로 관련된 비용이어야 하는데, 시행사 운영비는 건물의 건축뿐 아니라 분양 등 다른 사업 활동에도 사용될 수 있으므로, 과세관청이 구체적인 사용내역을 통해 해당 비용이 건물의 취득과 관련되어 있음을 증명해야 한다고 보았습니다. 피고가 이를 충분히 증명하지 못했기에, 부과처분은 위법하다고 결론 내렸습니다. ### 연관 법령 및 법리 1. **취득세 과세표준 (구 지방세법 제10조 제5항 제3호 및 제7항, 구 지방세법 시행령 제18조 제1항)**​: 법인 장부에 의해 취득가격이 증명되는 경우 '사실상의 취득가액'에 따르며, 이는 취득시기를 기준으로 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방이나 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 '직접비용'과 '간접비용'의 합계액을 말합니다. 2. **취득가격의 범위**: 과세대상 물건 자체의 가격(직접비용)뿐만 아니라, 취득자금 이자, 설계비와 같이 해당 물건 자체의 가격으로 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차 비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로 포함됩니다. 그러나 취득 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 비용은 과세표준에 포함되지 않습니다. 예를 들어, 건축물 건축 비용은 취득가격에 포함되지만, 건축물의 분양 비용은 포함되지 않습니다. 건축물의 신축 인허가, 자금 대출 자문, 사업성 검토 등 신축에 필요불가결한 준비 행위의 대가로 지급된 컨설팅 용역비는 건축물의 취득가격에 포함될 수 있습니다. 3. **증명책임**: 과세처분의 위법을 이유로 취소를 구하는 행정소송에서, 과세원인이나 과세표준 등 과세요건이 되는 사실의 존재에 대해서는 원칙적으로 과세관청(세금 부과 주체)이 증명할 책임이 있습니다. 본 사건에서 금천구청장은 N 주식회사가 지급한 시행사 운영비가 건물 취득과 관련된 비용임을 구체적으로 증명하지 못했기 때문에, 법원은 과세관청의 증명책임을 다하지 못했다고 판단했습니다. ### 참고 사항 부동산 개발 사업에서 시행사에게 지급하는 운영비는 그 용도를 명확히 구분하여 기록해야 합니다. 건물의 취득과 관련된 비용과 분양 등 다른 사업 활동과 관련된 비용을 정확히 분류해야 취득세 과세표준 산정 시 불필요한 분쟁을 피할 수 있습니다. 과세관청은 납세의무자가 신고한 취득세 과세표준에 누락된 부분이 있다고 주장할 경우, 해당 비용이 과세대상 물건의 취득에 관련된 비용임을 구체적으로 증명할 책임이 있습니다. 납세자는 취득세 관련 비용 지출 시 상세한 증빙 자료(계약서, 지출 내역, 용역 보고서 등)를 철저히 보관하여, 향후 과세관청의 문제 제기에 대비해야 합니다. 특히 시행사 운영비와 같이 포괄적인 명목의 비용은 그 사용처를 구체적으로 입증할 수 있는 자료가 중요합니다.
서울중앙지방법원 2024
오피스텔 수분양자들이 분양계약 체결 당시 부가가치세 산정 방식에 착오가 있었음을 주장하며 중도금 및 잔금 채무액이 감소되어야 한다고 청구한 사건입니다. 법원은 당사자들이 부가가치세 산정 방식에 공통된 착오를 일으켰고 이는 계약의 중요한 부분에 해당한다고 판단했습니다. 이에 법원은 착오가 없었다면 당사자들이 약정했을 내용을 보충적으로 해석하여, 부가가치세 감액분만큼 오피스텔의 전체 공급대금도 감소해야 한다고 보아 원고들의 중도금 및 잔금 채무 중 일부가 존재하지 아니함을 확인했습니다. ### 관련 당사자 - 원고들: 비주거용 건물 임대업에 관하여 사업자등록을 한 오피스텔 수분양자들 (3명) - 피고 C 주식회사, 주식회사 E: 서울 주상복합건물 'K'의 신축 및 분양사업 시행사들 - 주식회사 G신탁: 피고 시행사들과 관리형토지신탁계약을 체결하고 공급계약 체결 및 소유권 이전 업무를 수탁받은 신탁회사 ### 분쟁 상황 오피스텔 신축 및 분양 사업의 시행사인 피고들과 신탁회사인 피고들이 수분양자인 원고들과 오피스텔 공급계약을 체결했습니다. 계약금 지급 후 피고들은 부가가치세법 규정에 따라 대지와 건물의 감정평가가액에 비례하여 공급가액을 안분해야 한다는 사실을 뒤늦게 인지하고, 2022년 2월 18일 수정세금계산서를 발행했습니다. 이 수정으로 건물가격이 감액되고 부가가치세액이 약 45% 감소하자, 원고들은 감소한 부가가치세액만큼 전체 공급대금도 줄어들어야 한다고 주장하며 중도금 및 잔금 채무의 부존재 확인을 청구했습니다. 피고들은 전체 공급대금에는 변함이 없고 단순히 대지/건물 가격 비율만 조정되는 것이므로 원고들의 주장을 반박했습니다. ### 핵심 쟁점 오피스텔 공급계약 체결 시 부가가치세 산정 방식에 대한 당사자들의 공통된 착오가 계약의 중요한 부분에 해당하는지 여부, 착오가 인정될 경우 부가가치세 감액분만큼 전체 공급대금을 감소시켜야 하는지 아니면 대지·건물 가격 조정을 통해 전체 공급대금을 유지해야 하는지 (계약의 보충적 해석 문제), 그리고 원고들의 중도금 및 잔금 채무 부존재확인 청구의 이익 존재 여부입니다. ### 법원의 판단 원고들의 오피스텔 공급계약에 기한 중도금 및 잔금 채무는 원고 <삭제>의 경우 1,375,745,500원을, 원고 <삭제>의 경우 1,449,931,000원을 각각 초과하여 존재하지 아니함을 확인하였습니다. 소송비용은 피고들이 부담하도록 판결했습니다. ### 결론 법원은 원고들과 피고들이 오피스텔 공급계약 체결 당시 부가가치세 산정 방식에 대해 공통된 착오가 있었다고 인정했습니다. 당사자들은 건물의 실지거래가액을 기준으로 부가가치세를 산정하였으나, 부가가치세법 제29조 제9항 및 동법 시행령 제64조에 따라 감정평가가액에 비례하여 안분 계산해야 하는 경우였습니다. 이러한 부가가치세 산정 방식의 착오는 계약의 전제나 기초가 되는 중요한 사항에 관한 것으로 판단되었습니다. 법원은 계약의 보충적 해석 원칙에 따라, 이 착오가 없었다면 당사자들이 약정하였을 것으로 보이는 내용을 객관적으로 추인하여 계약을 해석해야 한다고 보았습니다. 계약서에 부가가치세액을 별도로 명기하고 이를 포함하여 전체 공급대금을 약정한 점, 피고들이 부가가치세 환급 가능성을 홍보하여 원고들이 정당한 기대 이익을 가졌던 점, 그리고 부가가치세 감액분을 전체 공급대금 감소로 반영하는 것이 양 당사자의 이익을 원만하게 조정하는 방식이라는 점 등을 종합적으로 고려했습니다. 결과적으로 실제 납부할 세액보다 과다하게 산정된 부가가치세액의 감액분만큼 오피스텔의 전체 공급대금도 감소하는 것이 타당하다고 판단하여 원고들의 청구를 받아들였습니다. ### 연관 법령 및 법리 본 사건은 주로 계약 해석의 원칙과 부가가치세법 관련 규정, 그리고 착오로 인한 계약의 보충적 해석 법리가 적용되었습니다.nn1. **부가가치세법 제29조 제9항 및 동법 시행령 제64조**: 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준을 계산할 때, 공급가액에 포함되는 대가와 그 외의 금액을 구분하여 명시하며, 특히 대지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 감정평가가액 등에 비례하여 공급가액을 안분 계산하는 방법을 규정하고 있습니다. 이 사건에서는 대지와 건물의 실지거래가액이 감정평가가액과 30% 이상 차이가 나는 경우, 감정평가가액에 비례하여 안분 계산한 건물가액을 과세표준으로 해야 한다는 점이 중요하게 작용했습니다.nn2. **계약 해석의 원칙**: 계약 당사자 사이에 작성된 서면 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 그 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정해야 합니다. 문언의 객관적인 의미가 명확하지 않은 경우에는 문언의 내용과 계약이 이루어진 동기 및 경위, 당사자가 계약을 통해 달성하려는 목적과 진정한 의사, 거래 관행 등을 종합적으로 고려하여 사회정의와 형평의 이념에 맞게 합리적으로 해석해야 합니다.nn3. **공통된 동기의 착오에 대한 계약의 보충적 해석**: 계약 당사자 쌍방이 계약의 전제나 기초가 되는 사항에 관하여 같은 내용으로 착오를 하고 이로 인해 구체적인 약정을 하지 아니하였다면, 당사자들이 그러한 착오가 없었을 때 약정하였을 것으로 보이는 내용으로 당사자의 의사를 보충하여 계약을 해석할 수 있습니다. 이때 보충되는 당사자의 의사는 당사자의 실제 의사나 주관적 의사가 아니라, 계약의 목적, 거래 관행, 적용 법규, 신의칙 등에 비추어 객관적으로 추인되는 정당한 이익 조정 의사를 의미합니다.nn4. **부가가치세 거래징수의 통례**: 부가가치세 납세의무자인 사업자가 재화를 공급하는 경우 부가가치세가 과세대상이 되며, 사업자 간의 재화 공급 거래에서 공급계약서에 공급가액과 별도로 부가가치세를 구분·특정하고 세금계산서도 발행하며 공급대가를 일괄적으로 수수하였다면, 특별한 사정이 없는 한 공급가액의 수수와 별도로 그 부가가치세도 실제로 거래징수되었다고 보아야 합니다. 이 사건에서는 부가가치세액을 별도로 명기하고 이를 포함하여 전체 공급대금을 약정한 점이 중요한 판단 근거가 되었습니다.nn5. **확인의 이익**: 현재 존재하는 불안이나 위험을 제거하기 위해 확인판결을 받는 것이 가장 유효하고 적절한 수단일 때 확인의 이익이 인정됩니다. 본 사건에서 피고들이 중도금 및 잔금 지급 채무의 범위 전체에 대하여 다투고 있었으므로 원고들에게 확인의 이익이 있다고 판단되었습니다. ### 참고 사항 부동산 분양 계약, 특히 대지와 건물이 함께 공급되는 오피스텔 등의 경우 부가가치세 산정 방식이 공급대금에 중요한 영향을 미칠 수 있습니다. 계약 체결 시 공급가액과 부가가치세액이 명확히 구분되어 있고 부가가치세 환급이 가능하다는 설명을 들었다면, 해당 부가가치세 산정 방식이 관련 법규(부가가치세법 제29조 제9항 및 동법 시행령 제64조)에 따라 정확하게 계산되었는지 반드시 확인해야 합니다. 만약 계약 당시 잘못된 부가가치세 산정 방식에 합의했더라도, 당사자 쌍방에게 공통된 착오가 있었다고 인정되는 경우 해당 착오가 없었을 때의 합리적인 계약 내용으로 보충 해석하여 공급대금 조정을 요구할 수 있습니다. 계약 후 세금계산서가 수정 발행되면서 부가가치세액이 변경될 경우, 이 변경이 전체 계약 대금에 어떤 영향을 미치는지 명확히 확인하고, 불합리하다고 판단되면 시행사 측에 문제를 제기해야 합니다. 공급대금 채무의 범위에 대한 다툼이 발생하면, 법원에 채무 부존재 확인을 청구하는 것이 유효한 해결책이 될 수 있습니다. 특히 임대사업자 등 사업자등록을 하는 수분양자는 부가가치세 환급과 직접적으로 관련되므로, 계약서상 부가가치세 관련 조항을 면밀히 검토하고 전문가의 도움을 받는 것이 중요합니다.
의정부지방법원 2022
수도권 과밀억제권역에서 수도권 성장관리권역으로 본점과 공장시설을 이전한 중소기업이 있었습니다. 이 기업은 당시 시행되던 구 조세특례제한법에 따라 법인세 감면 혜택을 받고 있었는데, 당시 법인지방소득세는 법인세액에 부가되는 방식으로 산정되어 법인세 감면 시 지방소득세도 함께 감면되었습니다. 그러나 2014년 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세가 법인세와 별개로 과세되는 독립세 방식으로 전환되었고, 기업은 개정된 법에 따라 법인지방소득세를 납부했습니다. 이후 기업은 이전에 대한 신뢰를 바탕으로 개정 지방세법의 경과규정을 적용하여 이미 납부한 법인지방소득세에 대한 감면 혜택을 주장하며 환급을 요청하는 경정청구를 했으나 거부당했습니다. 법원은 개정된 지방세법이 납세자에게 불리한 변경이고, 기업의 사업장 이전 행위는 보호할 가치가 있는 신뢰에 기반한 것이므로, 경과규정을 적용하여 종전의 감면 규정을 따라야 한다고 판단하여 피고의 거부처분을 취소했습니다. ### 관련 당사자 - 원고 A 주식회사: 1997년에 설립되어 서적 출판, 정기간행물 발행 등을 주업으로 하는 내국 중소기업입니다. 2010년 수도권과밀억제권역에서 수도권 성장관리권역인 파주로 본점 및 공장시설을 이전하여 법인세 감면 혜택을 받아왔습니다. - 피고 파주시장: 원고 A 주식회사가 납부한 법인지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 행정기관의 장입니다. ### 분쟁 상황 원고 A 주식회사는 2010년 1월 1일 본점과 공장시설을 수도권과밀억제권역에서 파주의 성장관리권역으로 이전했습니다. 당시 구 조세특례제한법 제63조 제1항에 따라 2010년부터 2014년까지는 법인세 100% 감면, 2015년부터 2016년까지는 50% 감면 혜택을 받았습니다. 이때까지는 법인지방소득세가 법인세액의 10%를 과세표준으로 하는 부가세 방식이었으므로, 법인세 감면과 연동되어 법인지방소득세도 감면되는 효과가 있었습니다. 그러나 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세는 법인세와 별개로 과세되는 독립세 방식으로 전환되었습니다. 개정된 지방세특례제한법에는 구 조세특례제한법과 같은 공장 지방이전 감면 규정이 별도로 마련되지 않았습니다. 이에 원고는 2014년부터 2016년 사업연도까지 법인지방소득세를 감면 혜택 없이 전액 신고·납부했습니다. 2020년 4월 29일 원고는 피고 파주시장에게 이미 납부한 2014년부터 2016년까지의 법인지방소득세에 대해 경과규정을 적용한 세액 감면을 주장하며 환급을 요구하는 경정청구를 했습니다. 하지만 피고는 '지방세법 및 지방세특례제한법에 법인지방소득세에 대한 공장 지방이전 감면 규정이 없다'는 이유로 2020년 6월 22일 이를 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 2021년 3월 23일 기각되었고, 결국 이 사건 행정소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경된 것이 납세자인 원고에게 불리한 법령 개정에 해당하는지 여부입니다. 둘째, 개정 지방세법 부칙에 명시된 경과규정(부칙 제15조)을 적용하여 원고가 이전 당시 약속받았던 세금 감면 혜택을 법인지방소득세에도 지속적으로 적용할 수 있는지 여부입니다. 셋째, 경과규정에서 언급하는 '종전의 규정'에 구 조세특례제한법상 법인세 감면 조항이 포함되어 법인지방소득세 감면에도 영향을 미치는지 여부입니다. ### 법원의 판단 법원은 피고 파주시장(행정기관)이 원고 A 주식회사에게 2020년 6월 22일에 내린 법인지방소득세 환급을 구하는 경정청구 거부처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 이는 원고의 주장을 받아들여 법인지방소득세 감면을 인정해야 한다는 의미입니다. ### 결론 법원은 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 산정 방식이 변경된 것이 원고에게 불리한 법령 개정이며, 원고가 사업장을 이전한 것은 개정 전 법령에 따른 세금 감면을 신뢰한 행위로서 보호받을 가치가 충분하다고 판단했습니다. 이에 따라 개정 지방세법 부칙의 경과규정을 적용하여 구 조세특례제한법상 법인세 감면 조항이 법인지방소득세 감면에도 적용되어야 한다고 보았습니다. 따라서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 결론 내렸습니다. ### 연관 법령 및 법리 **1. 조세법률주의와 납세자 신뢰보호의 원칙** * **원칙**: 조세법은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 일반적입니다. 국가가 조세 및 재정 정책을 유연하게 운영할 필요가 있기 때문에, 납세자는 현재의 세법이 변함없이 유지될 것이라고 원칙적으로 기대하기 어렵습니다. * **예외**: 그러나 조세 법령이 납세자에게 불리하게 개정되었을 때, 개정 전 법령을 신뢰하여 사업장 이전과 같이 '과세요건 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위'를 함으로써 '일정한 법적 지위나 법률관계'를 형성한 경우, 납세자의 기득권과 신뢰를 보호하기 위해 예외적으로 개정 전 법령을 적용할 수 있습니다. 이는 '경과규정'을 통해 구현되며, 이 사건 개정 지방세법 부칙 제15조가 그 역할을 합니다. (대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등 참조) **2. 구 조세특례제한법 제63조 제1항 (이 사건 감면조항)**​ * **내용**: 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업하는 내국 중소기업이 수도권정비계획법상 성장관리권역으로 본점 및 공장시설을 전부 이전하는 경우, 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 전액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 50%를 감면한다고 규정했습니다. 원고는 2010년 이전 후 이 규정에 따라 법인세 감면을 받았습니다. **3. 구 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)**​ * **법인지방소득세 산정 방식**: 구 지방세법 제85조 제4호 및 제89조 제1항에 따라 법인지방소득세는 '법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액'을 과세표준으로 하는 부가세 방식(법인세액의 10%)이었습니다. 따라서 법인세가 감면되면 법인지방소득세도 연동되어 감면되었습니다. **4. 개정 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호)**​ * **법인지방소득세 산정 방식의 변화**: 개정 지방세법 제103조의19는 법인지방소득세의 과세표준을 '법인세법 제13조에 따라 계산한 금액'으로 정하고, 제103조의20은 독자적인 세율을 정하여 법인지방소득세를 독립세 방식으로 전환했습니다. 이로써 법인세 감면이 법인지방소득세에 직접적으로 연동되지 않게 되었습니다. * **지방소득세 세액공제·감면**: 개정 지방세법 제103조의22에 따라 지방소득세에 대한 세액공제·감면은 지방세특례제한법에서 별도로 정하도록 했으나, 구 조세특례제한법에 있던 법인세 세액공제 및 세액감면 규정들은 지방세특례제한법의 새로운 지방소득세 특례 항목에 규정되지 않아 그 적용이 배제되었습니다. * **부칙 제15조 (이 사건 경과규정)**​: ### 참고 사항 비슷한 문제 상황에 처하게 된다면 다음 사항들을 참고해 볼 수 있습니다. * **조세 법령 변경 시 경과규정 확인**: 세금 관련 법령이 개정될 경우, 개정된 법률의 부칙에 어떤 경과규정(시행일, 적용 대상, 종전 규정의 적용 여부 등)이 있는지 반드시 확인해야 합니다. 이는 기존에 받던 혜택이 사라지거나 새로운 의무가 생길 때 중요한 근거가 됩니다. * **신뢰보호의 가치**: 만약 법령 개정 이전에 유효했던 세금 감면 약속을 믿고 중요한 사업적 결정(예: 사업장 이전, 대규모 투자 등)을 했다면, 그 신뢰가 법적으로 보호받을 가치가 있는지 검토해야 합니다. 특히 장래의 일정 기간 동안의 감면을 명시적으로 정하고 있었던 경우에 더욱 강한 신뢰보호 주장을 할 수 있습니다. * **'종전의 규정'의 범위**: 경과규정에서 '종전의 규정'이 의미하는 바가 해당 법률에 국한되는지, 아니면 관련 다른 법률(예: 법인세 관련 법률 등)의 조항까지 포함하는지 여부는 사안에 따라 다르게 해석될 수 있습니다. 본 판례에서는 법인세 감면 규정이 법인지방소득세 감면까지 연결되는 것으로 보았습니다. * **세금 부과 방식의 변화**: 세금이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌는 경우, 기존의 감면 혜택이 자동으로 연동되지 않을 수 있습니다. 이러한 변화가 납세자에게 불리하게 작용한다면 경과규정을 통한 구제를 모색해야 합니다. * **단순한 기대 이익과 법률상 이익의 구분**: 세금 감면으로 인한 이익이 단순히 '기대하는 이익'에 불과한지, 아니면 법률에 의해 보장되던 '법률상 이익'에 해당하는지 구분하는 것이 중요합니다. 법원은 후자의 경우 신뢰보호의 필요성을 더 높게 봅니다.