교회 건물 용도 변경 거부와 세금 부과 관련 손해배상 소송 사건

종교단체인 원고 A협회는 2015년 여수시 아파트 단지 내 운동시설 건물을 매수하여 종교시설로 용도변경을 신청했습니다. 그러나 여수시는 두 차례에 걸쳐 용도변경 신청을 거부했고, 이에 따라 원고가 건물을 종교행위에 직접 사용하지 못하자 이전에 면제받았던 취득세와 지방세 등을 부과했습니다. 원고는 용도변경 거부처분이 위법하다고 보아 소송을 제기했고, 2차 용도변경 거부처분은 최종적으로 취소 확정되었습니다. 이후 원고는 위법한 거부처분으로 인한 손해배상과 부과된 세금에 대한 부당이득 반환을 청구했지만, 법원은 피고인 여수시의 용도변경 거부처분이 위법하기는 하나 공무원의 고의나 과실로 인한 객관적 정당성을 상실할 정도는 아니므로 국가배상책임이 없다고 판단했습니다. 또한 세금 부과 처분 및 경정청구 불수용 처분의 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 볼 수도 없으므로 부당이득 반환 청구도 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: A협회 (건물을 매수한 종교단체, 여수시의 용도변경 거부 및 세금 부과 처분으로 손해를 입었다고 주장)
• 피고: 여수시 (원고의 용도변경 신청을 거부하고 세금을 부과한 행정기관)

분쟁 상황

원고 A협회는 2015년 여수시의 아파트 단지 내 운동시설 건물을 매수하고 종교시설로 용도변경을 신청했습니다. 피고 여수시는 2015년 10월 8일 '입주자 등의 생활복리를 위한 시설이 아니다'라는 이유로 1차 용도변경 불가 처분을 내렸고, 이 행정심판은 2016년 1월 28일 기각되었습니다. 원고가 이 사건 건물을 종교행위 목적으로 사용하지 못하자, 여수시는 2018년 8월 8일 종교행위 미사용을 이유로 면제되었던 취득세 등 1억 2,849만 3,240원을 부과했습니다. 또한 2018년 7월 9일부터 2020년 9월 7일까지 12차례에 걸쳐 재산세 등 총 5,728만 2,690원을 추가로 부과했습니다. 이에 대한 조세심판도 2019년 4월 22일 기각되었습니다. 2019년 9월 18일, 원고는 다시 용도변경 행위신고를 했으나, 여수시는 2019년 10월 2일 같은 사유로 2차 용도변경 거부처분을 했습니다. 원고는 이 2차 거부처분에 대해 취소 소송을 제기하여 2021년 4월 30일 대법원에서 취소 판결이 확정되었습니다. 이후 원고는 취소판결 확정을 근거로 2021년 7월 26일 이미 부과된 세금에 대한 경정청구를 했으나, 여수시는 2021년 9월 17일 이를 불수용했습니다. 원고는 불수용 처분 취소 소송을 제기했지만, 전심절차 미이행으로 2024년 2월 29일 소 각하 판결이 확정되었습니다. 최종적으로 원고는 여수시를 상대로 위법한 용도변경 거부처분으로 인한 손해배상과 부과된 세금에 대한 부당이득 반환을 청구하는 이 사건 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

여수시의 용도변경 거부처분이 공무원의 직무상 불법행위에 해당하여 국가배상책임을 인정할 수 있는지 여부와 세금 부과 처분 및 경정청구 불수용 처분이 하자가 중대하고 명백하여 무효이므로 부당이득 반환 대상에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

원고의 주위적 청구(손해배상) 및 예비적 청구(부당이득 반환)를 모두 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

결론

법원은 여수시의 용도변경 거부처분이 위법하다고는 인정했으나, 이는 단순한 법리 해석상의 오류에 해당할 뿐 공무원이 객관적 주의의무를 결하여 행정처분의 객관적 정당성을 상실했다고 보기 어렵다고 판단하여 국가배상책임을 인정하지 않았습니다. 또한 세금 부과 처분과 경정청구 불수용 처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효라고 볼 수 없으므로 부당이득 반환 책임도 없다고 결론지었습니다.

연관 법령 및 법리

1. 국가배상법 제2조 (배상책임)​: 공무원이 직무를 수행하면서 고의 또는 과실로 법령을 위반하여 다른 사람에게 손해를 입힌 경우 국가 또는 지방자치단체가 손해를 배상할 책임이 있습니다. 법원은 이 사건에서 용도변경 거부처분이 위법하다고 보았지만, 담당 공무원이 보통의 공무원에게 기대되는 객관적 주의의무를 현저히 결하여 처분의 객관적 정당성을 상실했다고 인정하기는 부족하다고 판단했습니다.
2. 지방세특례제한법 제50조 (종교단체에 대한 감면)​: 종교단체가 종교행위 목적으로 부동산을 취득하는 경우 취득세 등의 세금이 면제될 수 있습니다. 다만, 정당한 사유 없이 3년 이내에 직접 해당 용도로 사용하지 않거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 세금이 추징될 수 있습니다. 이 사건에서는 용도변경 거부로 인해 종교행위 목적으로 사용하지 못한 것이 '정당한 사유'에 해당하는지가 쟁점이 되었습니다.
3. 지방세기본법 제50조 및 동법 시행령 제30조 (경정 등의 청구 및 후발적 경정사유)​: 세금 부과 처분에 중대한 하자가 있거나 후발적인 사유(예: 행정처분 취소 등)가 발생한 경우 납세자가 세금의 경정을 청구할 수 있습니다. 그러나 법원은 이 사건에서 세금 부과 처분이나 경정청구 불수용 처분이 무효가 되려면 그 하자가 중대하고 명백해야 한다고 강조하며, 단순히 과세 대상 오인이나 조사 방법 오류는 취소 사유일 뿐 무효 사유는 아니라고 보아 원고의 부당이득 반환 청구를 기각했습니다.
4. 공동주택관리법 제35조 제1항, 주택법 제2조, 주택법 시행령 제7조, 건축법 시행령 [별표 1] 제6호 (복리시설 용도변경)​: 공동주택 내 시설의 용도변경은 관련 법령에 따라 행위신고 대상이며, 종교시설 또한 주택건설기준 등에 관한 규정에 적합하면 복리시설에 해당할 수 있습니다. 법원은 여수시의 용도변경 거부처분이 이러한 법령의 해석을 잘못하여 위법하다고 인정했지만, 이는 공무원의 객관적 주의의무를 결여한 정도는 아니라고 판단했습니다.

참고 사항

1. 행정기관의 처분이 위법하다고 해서 곧바로 공무원의 고의 또는 과실이 인정되어 국가(지방자치단체)가 손해배상책임을 지는 것은 아닙니다. 손해배상을 청구하려면 해당 공무원이 보통의 공무원이라면 마땅히 지켜야 할 주의의무를 현저히 위반하여 객관적 정당성을 상실했다고 볼 수 있는 특별한 사정이 입증되어야 합니다.
2. 세금 부과 처분에 대해 무효를 주장하여 납부한 세금을 돌려받으려면, 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반하여 객관적으로 명백해야 합니다. 단순히 세법 해석을 잘못했거나 과세 대상을 오인한 정도는 취소 사유에 해당할 뿐 당연 무효 사유로 보기는 어렵습니다.
3. 세금 관련 처분(과세처분, 경정청구 불수용 등)에 불복할 때에는 반드시 조세심판이나 행정심판과 같은 필수적인 전심절차를 거쳐야 합니다. 이러한 전심절차를 거치지 않으면 법원에 소송을 제기하더라도 각하될 수 있습니다.
4. 아파트 단지 내 복리시설의 용도변경을 신청할 때는 해당 시설이 '입주자 등의 생활 복리'에 기여하는지 여부가 중요하게 고려될 수 있습니다. 비록 행정청의 판단이 법리적으로 잘못되었더라도, 입주민의 공익적 측면을 고려한 처분이라면 공무원의 객관적 주의의무 위반까지는 아니라고 판단될 수 있습니다.