농지 양도소득세 비사업용 토지 적용 불복 사건

원고 A는 안성시의 토지들을 매도한 후 양도소득세를 신고 납부했습니다. 해당 토지들이 '비사업용 토지'에 해당한다고 판단하여 중과세율(52%)을 적용받아 4억 2천만 원이 넘는 세금을 냈습니다. 그러나 원고는 이 토지들이 법령에 따라 사용이 제한된 '사업용 토지'이므로 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하며, 8천 8백만 원 가량을 환급해달라는 경정청구를 했습니다. 피고 평택세무서장은 이를 거부했고, 원고는 이 거부처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 안성시 토지의 소유자이자 매도인
• 피고 평택세무서장: 원고의 양도소득세 경정청구를 거부한 세무서
• 주식회사 D: 원고로부터 토지를 매수한 회사
• 안성시: 원고 토지 일대에 도시개발구역 지정 및 개발계획을 고시한 지방자치단체
• 중부지방국세청장, 조세심판원: 원고의 이의신청 및 심판청구를 기각한 기관

분쟁 상황

원고 A는 안성시 소재 답(논)을 2004년에 취득하여 보유하다가 2020년 9월 주식회사 D에 약 16억 1천만 원에 매도했습니다. 안성시는 2019년 9월 이 토지 일대를 도시개발구역으로 지정하고 개발계획을 고시했습니다. 원고는 양도소득세 예정신고 시 토지를 비사업용 토지로 보아 중과세율 52%를 적용, 약 4억 2천 4백만 원을 신고·납부했습니다. 그러나 원고는 이후 2021년 3월 토지가 사업용 토지에 해당하므로 일반세율을 적용하여 약 8천 8백만 원을 환급해달라는 경정청구를 했습니다. 원고는 주식회사 D의 문화재 발굴조사 통보(2018년 11월)와 안성시의 도시개발구역 지정·고시(2019년 9월)로 인해 토지 사용이 법령에 따라 제한되었다고 주장했습니다. 평택세무서장은 2021년 6월 원고의 경정청구를 거부했고, 이에 원고는 이의신청 및 조세심판원 심판청구까지 거쳤으나 모두 기각되자 최종적으로 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건 토지들이 양도소득세법상 '비사업용 토지'에 해당하는지, 특히 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'로 보아 중과세율 적용을 피할 수 있는지 여부가 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각했습니다. 이 사건 토지들이 비사업용 토지에 대한 중과세율이 아닌 일반세율을 적용해야 한다는 원고의 주장은 받아들여지지 않았습니다.

결론

재판부는 D의 문화재 발굴조사 통보나 안성시의 도시개발구역 지정·고시가 토지의 본래 용도인 농업적 사용을 법령에 따라 금지하거나 제한하는 효력이 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 토지들이 비사업용 토지 예외 규정에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 따라서 피고의 양도소득세 경정 거부처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

양도소득세법은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 소유자가 해당 농지 소재지에 거주하지 않거나 직접 경작하지 않는 농지를 '비사업용 토지'로 규정하여 일반 세율보다 높은 세율로 양도소득세를 중과하고 있습니다(소득세법 제104조의3 제1항, 제104조 제1항).

다만, 토지 취득 후 법률에 따라 사용이 금지되거나 그 밖의 부득이한 사유가 있는 경우에는 비사업용 토지로 보지 않을 수 있습니다(소득세법 제104조의3 제2항). 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호는 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 대해 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용 토지로 보지 않는다고 정하고 있습니다.

이때 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'는 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 '특별히 사용이 제한된 토지'를 의미하며, 법령 규정 자체뿐 아니라 행정청이 행정작용으로 건축허가 등을 일률적으로 통제함에 따라 현실적으로 사용이 금지 또는 제한되는 토지도 포함됩니다(대법원 2013. 10. 24. 선고 2010두18543 판결 참조).

법원은 본 판결에서 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 제13조 제4항에 따라 실제 문화재 발굴이 진행된 기간(2020. 8. 28. ~ 2020. 12. 2.)은 법령에 따른 사용 제한으로 보았으나, 단순한 발굴 조사 '예정 통보'(2018. 11. 21.)는 실질적인 사용 불가능 상태로 보지 않았습니다. 또한, 구 도시개발법 제9조 제6항 제2호 및 구 도시개발법 시행령 제16조 제3항에 따라 도시개발구역으로 지정되더라도 농림수산물의 생산을 위한 경작 등은 허가 없이 가능하므로, 본래 용도인 농업적 사용이 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없다고 판단했습니다.

참고 사항

농지 등 토지 양도 시 양도소득세 중과 여부는 토지의 실제 사용 현황과 법령에 따른 사용 제한 여부가 중요하게 작용합니다.

단순히 개발사업 진행 예정 통보, 문화재 발굴조사 예고, 또는 도시개발구역 지정 고시만으로는 토지의 본래 용도(예: 농지의 경작)에 따른 사용이 법령에 따라 금지되거나 제한되었다고 보기 어렵습니다.

토지 용도에 따른 통상적인 제한을 넘어 '특별히' 사용이 제한된 경우에만 비사업용 토지 예외가 적용됩니다. 이는 법령 규정 자체로 직접 사용이 제한되는 경우는 물론, 행정청의 행정작용으로 현실적 사용이 통제되는 경우를 포함하지만, 그 판단은 개별적이고 엄격하게 이루어집니다.

기획재정부 예규 등은 행정기관 내부 지침으로 법원이나 국민을 직접 구속하는 법규적 효력이 없으므로, 법원의 최종 판단과 다를 수 있음을 인지해야 합니다.

토지 취득 목적, 실제 이용 현황, 본래 용도 변경 가능성 등 다양한 요소를 종합적으로 고려하여 토지 사용 제한 여부를 판단하므로, 유사한 상황에 처한다면 자신의 토지가 어떤 상태에 있었는지 구체적으로 입증할 자료를 확보하는 것이 중요합니다.