세금 · 행정
반도체 장비 제조 업체인 원고는 바이오 사업 진출을 위한 컨설팅 용역과 기존 사업의 중장기 성장 전략 컨설팅 용역을 제공받고 관련 매입세액 2억 3천7백5십만 원의 부가가치세 환급을 신고했습니다. 하지만 피고 세무서는 해당 컨설팅이 과세되지 않는 주식 투자와 관련된 것이거나 사업과 직접적인 관련이 없다고 판단하여 환급을 거부했고 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.
반도체 및 디스플레이 장비 제조 업체인 원고는 사업 다각화를 위해 바이오 산업 진출을 모색하고 기존 사업의 경쟁력 강화를 위한 경영 전략을 수립하고자 했습니다. 이를 위해 주식회사 C로부터 바이오 산업 인수 합병 컨설팅을 받았고 주식회사 D로부터 미래 시장 전망 및 경영 전략 컨설팅을 받았습니다. 원고는 이들 용역에 대한 세금계산서를 수취하고 매입세액 4억 3천5백만 원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급을 신고했습니다. 그러나 세무서는 현지 확인 결과 해당 컨설팅이 비과세 대상인 주식 투자에 해당하거나 사업과 직접적인 관련이 없다고 판단하여 2억 3천7백5십만 원의 환급을 거부하는 처분을 내렸습니다. 이에 원고는 해당 컨설팅이 사업 확장을 위한 정당한 지출이므로 매입세액 공제 대상이라고 주장하며 세무서의 처분에 불복하여 소송을 제기하게 되었습니다.
새로운 바이오 사업 진출 및 중장기 경영 전략 수립을 위한 컨설팅 용역에 대한 매입세액이 부가가치세법상 사업과 직접 관련된 지출로 인정되어 공제 또는 환급 대상이 되는지 여부입니다. 특히 주식 취득과 관련된 컨설팅이 단순한 투자 행위로 볼 것인지 아니면 실제 사업 확장을 위한 행위로 볼 것인지가 쟁점이 되었습니다.
법원은 피고 세무서장의 손을 들어주며 원고의 청구를 기각했습니다. 법원은 원고가 C로부터 받은 바이오 관련 컨설팅은 E 주식 취득 외에 사업 준비 활동이 전무하고 주식 매각으로 약 121억 원의 양도차익을 실현한 점 등에 비추어 실제 경영권 인수를 통한 사업 진출이라기보다는 유망 기업의 주식을 취득하여 투자 수익을 실현한 것으로 보았습니다. 또한 C가 원고가 100% 출자한 법인이고 컨설팅 전문성이 부족하며 용역 대금이 투자금 대비 지나치게 고액인 점 등도 지적했습니다. D로부터 받은 중장기 성장 전략 컨설팅 역시 구체적인 사업 방향 제시 없이 내용이 일반적이고 C와의 계약과 내용이 중복되며 계약서 작성일자 오류, D의 컨설팅 실적 부족 등을 근거로 사업 관련성이 없다고 판단했습니다. 결론적으로 이 사건 각 세금계산서가 원고의 사업에 관련되어 발행되었다고 보기 어려워 부가가치세법상 공제될 수 있는 매입세액에 해당하지 않는다고 판시했습니다.
법원은 원고 주식회사 A가 주장한 컨설팅 용역 관련 매입세액 2억 3천7백5십만 원에 대한 부가가치세 환급 거부 처분이 정당하다고 판단하여 원고의 청구를 기각하고 소송 비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
이 사건은 부가가치세법상 매입세액 공제 여부를 판단하는 핵심 법리를 다루고 있습니다.
새로운 사업 진출이나 경영 전략 수립을 위한 컨설팅 용역을 받을 때는 다음 사항들을 철저히 준비해야 합니다.
