중소기업 연구비 부정 수령 및 참여 제한 처분 판결

주식회사 A와 그 대표이사 B, 직원 C는 국토교통부 국가연구개발사업 'E' 과제의 주관연구기관으로 선정되어 1차 협약을 체결했습니다. 하지만 1차 협약 기간 중 원고 회사의 기업 유형이 중소기업에서 중견기업으로 변경되었음에도 불구하고, 원고들은 2차년도 협약(쟁점 협약) 체결 시 '중소기업'으로 허위 기재된 연구개발계획서 및 연차실적·계획서를 제출하여 약 4억 원의 정부출연금을 수령했습니다. 이 사실이 3차년도 협약 과정에서 밝혀지자, 피고는 원고 회사에 대해 3년간 국가연구개발사업 참여 제한 및 사업비 환수 처분을, 원고 B, C에게는 각 3년간 참여 제한 처분을 내렸습니다. 원고들은 이러한 처분이 부당하다며 취소 소송을 제기했으나, 법원은 연차협약 대상 과제는 각 연차별 협약 시점에도 중소기업 자격 유지가 필수적이며, 원고들이 기업 유형 변경 사실을 고지하지 않고 허위 서류를 제출한 것은 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법'에 해당한다고 보아 처분이 적법하다고 판단하여 원고들의 청구를 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고들 (주식회사 A, B, C): 전자제어기기 개발 및 제조업을 영위하는 주식회사 A와 그 대표이사 B, 직원 C로, 국가연구개발사업의 주관연구기관 및 참여자로서 정부 지원금을 수령했으나 중소기업 자격 상실 후에도 이를 숨기고 사업을 계속하려다가 제재를 받았습니다.
• 피고 (국토교통부장관 및 국토교통과학기술진흥원): 국가연구개발사업을 기획·관리·평가하고 지원금을 지급하는 주체로, 원고들의 부정행위를 적발하고 참여 제한 및 사업비 환수 처분을 내렸습니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 국토교통부의 연구개발사업 주관연구기관으로 선정되어 1차 협약을 체결했습니다. 하지만 협약 기간 중 중소기업에서 중견기업으로 기업 유형이 변경되었습니다. 그럼에도 불구하고 원고 회사와 그 대표, 직원은 변경된 사실을 숨기고 2차년도 협약 서류에 여전히 '중소기업'으로 기재하여 정부출연금 약 4억 원을 수령했습니다. 이후 3차년도 협약 준비 과정에서 이러한 사실이 피고에게 알려졌고, 피고는 원고들이 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법'으로 협약을 수행했다고 판단하여 참여 제한 및 사업비 환수 처분을 내렸습니다. 원고들은 중소기업 자격 유지가 계속 요구되는 것이 아니며, 피고에게 고지했음에도 명확한 답변을 받지 못했고, 피고의 조치에 신뢰보호의 원칙 위반과 재량권 남용이 있다고 주장하며 처분 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

국가연구개발사업의 주관연구기관이 연구과제 수행 기간 동안 중소기업 자격을 계속 유지해야 하는지 여부, 원고들이 중소기업 자격 상실 후에도 허위 서류를 제출하여 협약을 체결한 것이 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법'에 해당하는지 여부, 피고의 제재 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부, 피고의 제재 처분이 재량권을 일탈·남용한 것으로 비례의 원칙에 위배되는지 여부

법원의 판단

법원은 다음의 이유로 원고들의 청구를 모두 기각했습니다.

• 연차협약 대상 연구과제의 주관연구기관은 연구과제 신청 당시뿐만 아니라 각 연차별 협약 체결 시점에도 중소기업 자격을 계속 유지해야 합니다. 중소기업이 중견기업으로 변경된 경우에도 국가연구개발사업을 계속 수행할 수 있다고 해석하는 것은 사업 목적에 배치됩니다.
• 원고들이 중견기업으로 변경된 사실을 고지하지 않고 허위 사실이 기재된 연구개발계획서 및 연차실적·계획서를 제출하여 협약을 체결한 것은 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법'에 해당합니다. 원고들은 기업 유형 변경 사실을 알고 있었고, 피고의 직원이 문의를 받은 사실이 없다고 진술한 점 등을 고려할 때 원고들의 주장은 받아들여지지 않았습니다.
• 피고가 중소기업 증빙서류를 요구하지 않았거나 1차 협약에 대해 제재를 가하지 않았다고 해서, 중견기업 지위의 원고 회사에 쟁점 협약을 체결할 자격이 있다는 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없으며, 원고들의 거짓 행위를 적발하지 못한 것은 신뢰보호의 대상이 아닙니다.
• 원고들의 행위는 비난 가능성이 크고, 이 사건 처분은 관련 법령 및 규정(구 과학기술기본법, 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정, 국토교통부소관 연구개발사업 운영규정)에 따른 제재 기준 범위 내에 있으며, 투명한 국가연구개발사업 추진과 국가 재원 낭비 방지라는 공익이 원고들의 불이익보다 작지 않으므로, 재량권 일탈·남용 또는 비례의 원칙 위반에 해당하지 않습니다.

결론

원고들의 국가연구개발사업 참여제한 및 사업비 환수처분 취소 청구는 모두 이유 없어 기각되었으며, 소송비용은 원고들이 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

• 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 (거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 연구개발을 수행한 경우 제재)​: 이 조항은 연구개발사업을 수행하는 기관이나 연구자가 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법'으로 연구개발을 수행했을 때 국가연구개발사업 참여를 제한하거나 사업비를 환수할 수 있도록 규정하고 있습니다. 본 사례에서 원고 회사가 중견기업으로 변경되었음에도 중소기업으로 허위 기재된 서류를 제출한 것이 이 조항에 해당하는 '부정한 방법'으로 인정되었습니다.
• 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조 및 관련 [별표] (참여 제한 및 사업비 환수 기준)​: 이 규정은 구 과학기술기본법에 근거하여 참여 제한 및 사업비 환수의 구체적인 기준을 제시합니다. 본 판례에서는 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 1회 연구개발을 수행'한 경우 3년 이하의 참여 제한에 처하고, '거짓 또는 부정한 방법으로 선정'된 경우 총 수행 기간 동안 지급된 출연금 전액 이내에서 환수하도록 규정된 기준이 적용되어, 원고들에게 3년의 참여 제한과 4억 원의 사업비 환수 처분이 내려진 것이 정당하다고 판단되었습니다.
• 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 제2조 (중견기업의 정의)​: 이 법은 중견기업의 개념을 정의하고 있습니다. 본 판례에서는 원고 회사가 이 법에 따른 중견기업에 해당하게 된 사실이 중요한 배경이 됩니다. 중소기업 확인 보고서와 중견기업 확인서를 통해 원고 회사의 기업 유형 변경 사실이 명백히 인정되었습니다.
• 신뢰보호의 원칙 (행정청의 공적인 견해표명과 국민의 정당한 신뢰 보호)​: 행정청이 개인에게 어떤 행정처분에 대한 신뢰를 줄 만한 공적인 견해를 표명했고, 개인이 그를 신뢰하여 어떤 행위를 했는데, 행정청이 그에 반하는 처분을 할 경우 국민의 이익을 보호해야 한다는 원칙입니다. 그러나 본 판례에서는 피고가 중소기업 증빙서류를 요구하지 않았다는 사실만으로는 원고 회사가 중견기업임에도 불구하고 사업 자격이 있다는 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없으며, 원고들의 거짓 행위를 적발하지 못한 것은 신뢰보호의 대상이 되지 않는다고 판단하여 이 원칙의 적용을 배제했습니다.
• 재량권 일탈·남용 금지 및 비례의 원칙 (행정처분의 적정성)​: 행정청의 처분이 법률에서 부여한 재량권의 범위를 넘어서거나(일탈), 재량권을 잘못 행사하여(남용) 그 내용이 비례의 원칙(공익과 사익의 균형)에 어긋나는지 여부를 판단하는 원칙입니다. 본 판례에서는 원고들의 행위가 비난 가능성이 크고, 국가연구개발사업의 투명성 및 재원 낭비 방지라는 공익이 크며, 처분 기준 범위 내에서 이루어진 점 등을 고려하여 피고의 처분이 재량권을 일탈·남용하지 않았다고 판단했습니다.

참고 사항

• 사업 참여 자격 요건 상시 확인: 국가연구개발사업은 신청 당시뿐만 아니라 사업 수행 중에도 자격 요건을 계속 유지해야 하는 경우가 많습니다. 특히 연차별 협약이 이루어지는 사업은 매년 자격 요건을 다시 검토해야 합니다.
• 기업 유형 변경 시 즉시 고지: 기업 유형(예: 중소기업에서 중견기업으로)이 변경되면 즉시 해당 사업 관리 기관에 고지하고, 변경된 자격으로 사업을 계속 수행할 수 있는지 확인해야 합니다. 임의로 판단하여 허위 서류를 제출하는 것은 중대한 제재 사유가 됩니다.
• 문서화된 소통 중요성: 관리 기관 직원과의 구두 소통만으로는 면책 사유가 되지 않을 수 있습니다. 중요한 문의나 고지는 반드시 서면(이메일, 공문 등)으로 남겨 증거를 확보해야 합니다.
• 사업 목적 이해: 국가연구개발사업은 특정 목적(예: 중소기업 육성)을 가지고 시행되므로, 기업 유형 변경이 사업 목적에 부합하는지 스스로 판단하는 것도 중요합니다.
• 허위 서류 제출의 위험성: 연구개발계획서나 실적 보고서 등에 허위 사실을 기재하는 행위는 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법'으로 간주되어 사업 참여 제한, 사업비 환수 등 무거운 처분을 받을 수 있습니다.
• 제재 기준 확인: 국가연구개발사업 관련 법령 및 운영 규정에 명시된 제재 기준은 매우 엄격하며, 위반 시 상당한 불이익을 받을 수 있습니다. 관련 규정을 충분히 숙지해야 합니다.