기타 금전문제 · 행정
정보통신서비스업을 영위하는 A 주식회사는 2012년 전 사내이사 B로부터 회사 주식 24,000주를 7억 149만 6천 원에 매입했습니다. 이에 대해 서울지방국세청장은 해당 거래가 특수관계인 간의 부당한 거래로 보아 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용했습니다. 국세청은 주식의 시가를 약 2억 8천만 원으로 재산정하고, 매매가액과의 차액인 4억 2천 91만 2천 원을 B에게 지급된 '상여금'으로 보아 A 회사에 2012년 귀속 소득금액변동통지를 내렸습니다. 이후 서초세무서장은 이 통지에 근거하여 A 회사에 2012년 법인세 가산세 841만 8,240원과 2013년 원천징수분 근로소득세 1억 4,334만 5,280원을 부과했습니다. A 회사는 총 1억 5,176만 3,520원을 납부한 뒤 이 처분들이 무효라고 주장하며 소송을 제기했습니다. 법원은 세무 당국이 소득금액변동통지를 내리기 전, 세액이 100만 원 이상인 경우 필수적으로 해야 하는 '과세예고 통지'를 누락한 절차상 하자가 중대하고 명백하다고 판단했습니다. 이에 따라 소득금액변동통지와 이를 근거로 한 법인세 및 근로소득세 부과 처분 모두 무효라고 판결하고, 대한민국은 A 회사에 납부한 세금과 이자를 반환하도록 명령했습니다.
원고 A 주식회사는 2003년 설립된 정보통신서비스업체로, 2012년 4월 30일 당시 사내이사(전무)였던 B으로부터 회사 주식 24,000주(회사 지분 40%)를 7억 149만 6천 원에 매입했습니다. 이 매매가액은 회사의 전년도 순자산가액을 기준으로 산정되었습니다. B은 해당 주식 양도에 대한 양도소득세 2,877만 4,426원을 신고 납부했습니다. 그러나 2016년, 서울지방국세청장은 A 회사에 대한 주식변동조사를 실시한 후, 이 주식 매매가 특수관계인인 임원과의 거래이므로 '부당행위계산 부인' 대상에 해당한다고 판단했습니다. 국세청은 상속세 및 증여세법에 따라 주식 1주당 시가를 11,691원으로 재계산하여, 총 시가를 2억 8천 58만 4천 원으로 산정했습니다. 이에 따라 매매가액과의 차액인 4억 2천 91만 2천 원을 A 회사가 B에게 지급한 '상여금'으로 보아 2012년 귀속 소득금액변동통지를 A 회사에 내렸습니다. 이 통보를 바탕으로 서초세무서장은 2018년 1월 8일에 2012 사업연도 법인세 가산세 841만 8,240원을, 2018년 1월 10일에는 2013년 귀속 원천징수분 근로소득세 1억 4,334만 5,280원을 A 회사에 부과했습니다. A 회사는 2018년 1월 29일 총 1억 5,176만 3,520원을 납부했지만, 이 처분들에 불복하여 조세심판을 청구했고, 기각되자 소송을 제기하기에 이르렀습니다.
세무 당국이 법인에 대해 소득금액변동통지를 할 때, 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 필수적인 '과세예고 통지'를 누락한 것이 해당 통지 및 그에 따른 과세처분을 무효로 만들 만큼 중대하고 명백한 절차상 하자인지 여부가 주요 쟁점입니다.
법원은 다음과 같이 판결했습니다.
법원은 세무 당국이 소득금액변동통지를 하기 전에 '과세예고 통지'를 누락한 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 중대하고 명백한 하자라고 보았습니다. 이에 따라 해당 소득금액변동통지뿐만 아니라 이를 근거로 이루어진 모든 법인세 및 근로소득세 부과 처분 역시 무효라고 판단했습니다. 결과적으로, 국가는 원고 A 주식회사에 부당하게 징수했던 세금 1억 5,176만 3,520원과 이에 대한 이자를 반환해야 하게 되었습니다. 이 판결은 세무 행정 절차의 적법성과 납세자의 절차적 권리 보호의 중요성을 다시 한번 확인시켜주는 사례입니다.
