조합원입주권과 임대주택 동시 소유 시 양도소득세 비과세 여부

원고는 아파트를 취득한 후 주택재건축사업 관리처분계획 인가로 조합원입주권을 얻었습니다. 이 조합원입주권을 양도하고 양도소득세를 신고 납부했으나 이후 자신이 보유한 다른 장기임대주택으로 인해 비과세 특례를 적용받아야 한다며 세금 환급을 요청했습니다. 그러나 피고는 원고가 양도 당시 다른 장기임대주택을 소유하고 있었으므로 비과세 특례를 적용할 수 없다고 보아 환급 청구를 거부하였고 이에 원고가 소송을 제기한 사건입니다.

관련 당사자

• 원고 A: 서울 강동구 아파트를 취득 후 조합원입주권을 양도하고 양도소득세를 신고 납부하였으나, 장기임대주택 보유를 이유로 비과세 특례를 주장하며 세금 환급을 요청한 개인
• 피고 동작세무서장: 원고의 양도소득세 경정청구를 거부한 세무 당국

분쟁 상황

원고는 1996년 서울 강동구 B아파트 C호를 취득했고 2017년 5월 재건축 관리처분계획 인가로 조합원입주권을 취득했습니다. 같은 해 8월 이 조합원입주권을 11억 3천만 원에 양도하고 양도소득세 2억 4천2백3만 5천3백6십7원을 신고·납부했습니다. 2018년 4월, 원고는 자신이 보유한 다른 5채의 주택이 장기임대주택이므로 입주권 양도에 대한 비과세 특례가 적용되어야 한다며 2억 3천5십7만 8천9백5십 원의 환급을 요구하는 경정청구를 했습니다. 그러나 동작세무서장은 원고가 양도 당시 조합원입주권 외에 장기임대주택 5채를 소유하고 있었으므로 비과세 특례 규정을 적용할 수 없다고 판단하여 2018년 6월 원고의 경정청구를 거부했습니다. 이에 원고는 이 처분이 부당하다며 이의신청과 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

장기임대주택을 보유한 세대가 조합원입주권을 양도하는 경우, 구 소득세법상 조합원입주권 비과세 특례 규정(제89조 제1항 제4호)을 적용받을 수 있는지 여부가 쟁점입니다. 특히, 장기임대주택이 주택 수 계산에서 제외되는 특례가 조합원입주권 양도에도 유추 적용될 수 있는지가 핵심입니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하였습니다. 즉, 장기임대주택을 보유한 세대가 조합원입주권을 양도하더라도 소득세법상 조합원입주권 비과세 특례를 적용받을 수 없다고 판단했습니다.

결론

법원은 조합원입주권 비과세 특례 규정과 임대주택 비과세 특례 규정 모두 특혜 규정이므로 엄격하게 해석해야 한다고 보았습니다. 소득세법은 '주택'과 '조합원입주권'을 명확히 구분하고 있으며, 장기임대주택 비과세 특례는 거주주택 양도에 한정된 규정이므로 이를 조합원입주권 양도에 유추 적용하는 것은 입법자의 의도, 법령 취지, 조세법률주의, 조세평등주의 원칙에 반한다고 판단했습니다. 따라서 원고의 주장은 받아들여지지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

구 소득세법 제89조 제1항 제4호(조합원입주권 비과세 특례규정): 1개의 조합원입주권을 보유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 않거나, 1주택 외에 다른 1주택을 소유한 경우 3년 이내에 조합원입주권을 양도하면 비과세 혜택을 받을 수 있습니다. 여기서 '다른 주택'에 장기임대주택이 포함되는지가 쟁점입니다. 구 소득세법 시행령 제155조 제20항(임대주택 비과세 특례규정): 장기임대주택과 그 외 1주택(거주주택)을 소유한 1세대가 일정 요건(거주주택 2년 이상 거주 등)을 충족하여 거주주택을 양도할 경우, 장기임대주택을 주택 수 계산에서 제외하여 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있도록 한 규정입니다. 이 규정은 '거주주택'의 양도에 한정되며 조합원입주권의 양도에는 직접적으로 적용되지 않는다고 법원은 판단했습니다. 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙: 과세 요건, 비과세 요건, 조세 감면 요건 등 조세 법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다. 특히 세금 감면과 같은 특혜 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합합니다. 주택과 조합원입주권의 구분: 소득세법은 '주택'과 '부동산에 관한 권리'로서의 '조합원입주권'을 엄격히 구분하고 있으며 각각에 대해 다른 비과세 규정을 두고 있습니다. 국세기본법 제18조 제1항(조세평등주의): 세법 해석 및 적용 시 과세의 형평과 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 해야 합니다. 그러나 조세 감면 혜택 부여 범위는 입법자의 광범위한 재량에 속하며 그 재량 범위를 뚜렷하게 벗어나지 않는 한 위헌으로 단정하기 어렵다는 원칙이 적용됩니다.

참고 사항

주택과 조합원입주권은 세법상 명확히 구분되므로 각 자산의 양도소득세 비과세 요건을 별도로 확인해야 합니다. 다주택자가 장기임대주택을 보유하고 있는 경우에도 주택과 조합원입주권에 대한 비과세 특례 적용 여부는 다를 수 있음을 인지해야 합니다. 장기임대주택 특례는 거주주택 양도에 한정되는 경우가 많습니다. 조세 감면 혜택은 특혜 규정으로 분류되어 법령을 엄격하게 해석하므로 관련 법규의 문언을 정확히 이해하고 적용 가능한지 철저히 검토해야 합니다. 재건축 등으로 인해 '주택'이 '조합원입주권'으로 전환되는 경우 세법 적용 방식이 달라질 수 있으므로 관리처분계획 인가 시점 전후의 자산 상태 변화에 따른 세금 효과를 미리 예측해야 합니다.