자회사 저금리 대출에 대한 법인세 부과처분 취소 판결

A 주식회사가 관계회사인 B에 시장 이율보다 낮은 이율로 자금을 대여하자, 종로세무서장은 이를 경제적 합리성이 없는 부당행위계산 부인 대상으로 보아 법인세 및 농어촌특별세를 부과했습니다. A 주식회사는 이에 불복하여 소송을 제기했으며, 법원은 A 주식회사의 대여 행위가 비록 낮은 이율이었으나 B 회사의 설립 목적, 대여금의 용도 등을 고려할 때 경제적 합리성이 있다고 판단하여 세무서의 부과처분을 취소했습니다. 항소심에서도 이 판결이 유지되어 세무서의 항소가 기각되었습니다.

관련 당사자

• A 주식회사 (원고, 피항소인): B 회사에 낮은 이율로 금원을 대여하여 법인세 및 농어촌특별세 부과처분을 받은 회사
• 종로세무서장 (피고, 항소인): A 주식회사의 낮은 이율 대여를 부당행위계산으로 보고 세금을 부과한 과세관청
• B (회사): A 주식회사로부터 낮은 이율로 금원을 대여받은 관계 회사

분쟁 상황

A 주식회사는 공사와 공동으로 특정 사업에 대한 완공보증을 제공하기 위해 B 회사를 설립하고, B 회사에 특정 목적의 자금을 시가보다 낮은 이율로 대여했습니다. 이에 대해 과세당국인 종로세무서장은 A 주식회사의 이러한 행위가 특수관계인과의 거래에서 법인의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 '부당행위계산'에 해당한다고 판단하여 법인세와 농어촌특별세를 부과했습니다. A 주식회사는 이러한 과세처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

관계회사에 시장 이율보다 낮은 이율로 자금을 대여한 행위가 법인세법상 '부당행위계산부인' 대상에 해당하는지, 즉 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 볼 수 있는지 여부

법원의 판단

법원은 종로세무서장의 항소를 기각하고, 원심의 판결을 인용하여 A 주식회사에 대한 법인세 및 농어촌특별세 부과처분 중 B 관련 세액 부분을 모두 취소하는 것이 정당하다고 판단했습니다. 이는 A 주식회사의 B에 대한 낮은 이율 대여 행위가 경제적 합리성을 갖춘 것으로 보아 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다고 본 것입니다.

결론

A 주식회사가 B 회사에 낮은 이율로 대여한 금원에 대한 세무서의 법인세 등 부과처분은 경제적 합리성이 인정되어 최종적으로 취소되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 '법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)'와 '실질과세의 원칙' 그리고 '경제적 합리성' 판단에 관한 내용을 다루고 있습니다.

법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)​는 법인이 특수관계인(예: 자회사)과의 거래에서 정상적인 거래와 비교하여 법인의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 과세당국이 그 행위나 소득 금액 계산에 관계없이 정상적인 방법으로 계산한 금액에 따라 법인의 소득 금액을 다시 계산할 수 있도록 하는 조항입니다. 즉, 외형상 정상적인 거래처럼 보여도 그 내용이 조세 회피 목적이거나 경제적 합리성이 결여되었다면 세법상으로 이를 부인하고 다시 계산하여 과세할 수 있다는 의미입니다.

실질과세의 원칙은 조세법의 기본 원칙 중 하나로, 명목상의 법적 형식이나 외관보다는 거래의 실질적인 내용에 따라 과세해야 한다는 것입니다. 그러나 이 원칙은 '조세법률주의'에 따라 제한적으로 적용되어야 하며, 독립된 법인을 하나의 회사처럼 취급하여 과세할 수는 없습니다. 이 사건에서 법원은 A 주식회사와 B 회사를 별개의 독립된 법인으로 전제하고 거래의 실질을 판단했습니다.

경제적 합리성은 부당행위계산부인 적용 여부를 판단하는 핵심 기준입니다. 특정 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적으로 합리적인지 여부를 판단합니다. 이 사건에서 법원은 B 회사의 설립 경위 및 주된 목적(공동 완공보증 제공), 대여금의 용도(일반 운영자금과 구분되는 특정 목적), 원고의 권리·의무 변동 여부, 투자 관행 등을 종합적으로 고려하여 낮은 이율의 대여 행위에도 불구하고 경제적 합리성이 존재한다고 보았습니다. 즉, 비록 이율이 낮았지만 조세 회피 목적이 아닌 타당한 사업적 이유가 있었다는 점이 인정된 것입니다.

증명책임과 관련하여, 과세당국은 낮은 금리로 대여가 이루어졌다는 사실을 증명해야 하고, 납세자는 비록 낮은 금리이지만 해당 거래가 경제적 합리성을 갖추고 있다는 반대 사실을 증명해야 합니다. 이 사건에서 법원은 원고(A 주식회사)가 낮은 금리에도 불구하고 경제적 합리성이 있음을 충분히 증명했다고 판단했습니다.

참고 사항

관계회사 간 낮은 이율의 자금 대여 시에는 해당 거래의 경제적 합리성을 충분히 소명할 수 있는 근거를 미리 준비하는 것이 중요합니다. 단순히 이율이 낮다는 이유만으로 부당행위로 단정되지 않을 수 있으나, 대여 목적, 자금의 용도, 관계사의 설립 경위, 투자 관행 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 해당 거래가 비정상적인 조세 회피 목적이 아닌 합리적인 경영 판단의 결과임을 입증해야 합니다. 특히 일반 운영자금 대여와 구분되는 특별한 목적의 대여인 경우, 그 특수성을 명확히 하여 합리성을 주장할 수 있습니다. 거래의 실질이 조세 회피 수단이 아닌지 여부를 판단하는 것이 핵심이므로 관련 증거를 충분히 확보해야 합니다.