박창수 변호사

한국환경공단의 부가가치세 및 법인세 관련 세금 분쟁 사건

한국환경공단은 환경오염방지사업을 수행하는 비영리법인으로, 2004년부터 2009년까지 정부대행사업 등을 수행하며 공급한 재화나 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급'에 해당한다고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 또한 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세를 신고·납부해왔습니다. 그러나 세무서장들은 공단이 공급한 재화나 용역이 실비 공급이 아니어서 부가가치세 면세 대상이 아니라고 판단했고, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속자 및 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 산입 여부에 대해서도 이견을 보이며 공단에 부가가치세와 법인세를 경정·고지했습니다. 이에 공단은 세금 부과처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. ### 관련 당사자 - 한국환경공단 (원고): 환경오염방지사업을 수행하기 위해 설립된 비영리법인으로, 기존 환경관리공단의 모든 권리·의무를 승계한 기관입니다. - 서인천세무서장 외 5인 (피고): 한국환경공단에 부가가치세 및 법인세를 경정·고지한 세무당국입니다. ### 분쟁 상황 한국환경공단은 환경오염방지사업을 수행하는 비영리법인으로서 정부의 여러 대행·위탁 사업을 맡아왔습니다. 공단은 이 사업들에서 발생하는 재화 또는 용역의 공급을 부가가치세법상 면세 대상인 '고유의 사업목적을 위한 실비 또는 무상 공급'으로 판단하여 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 또한 수익사업에서 발생한 소득에 대해서만 법인세를 신고·납부했습니다. 그러나 세무서장들은 공단의 사업이 실비 공급이 아니므로 부가가치세가 과세되어야 한다고 보았고, 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속 문제나 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 산입 여부에 대해서도 이견을 제기하며 2004년부터 2010년 사업연도까지의 부가가치세 및 법인세를 경정·고지했습니다. 이에 공단이 세금 부과처분이 위법하다고 주장하며 취소 소송을 제기하면서 분쟁이 시작되었습니다. ### 핵심 쟁점 이 사건의 주요 쟁점은 세 가지입니다. 첫째, 한국환경공단이 수행한 사업과 관련하여 공급한 재화 또는 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급'에 해당하는지 여부입니다. 둘째, '실비 공급' 여부를 판단할 때 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 할 것인지, 아니면 여러 사업을 묶은 사업 분야 전체를 기준으로 할 것인지에 대한 판단 기준입니다. 셋째, 공단이 정부 또는 지방자치단체로부터 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자가 공단인지 아니면 정부 또는 지방자치단체인지 여부와 공단의 수익사업에 사용된 정부출연금이 수익사업의 익금에 해당하는지 여부입니다. ### 법원의 판단 대법원은 부가가치세 부과처분과 관련하여 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송했습니다. '실비 공급' 여부는 원칙적으로 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 판단해야 하며, 원심이 각 사업 분야 전체를 기준으로 판단한 것은 법리를 오해한 잘못이라고 보았습니다. 반면 법인세 부과처분과 관련해서는 원고와 피고 서인천세무서장의 나머지 상고를 모두 기각했습니다. 즉, 수익사업에 사용된 정부출연금은 수익사업의 익금에 해당하고, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자는 한국환경공단으로 보아야 한다는 원심의 판단은 옳다고 보았습니다. ### 결론 대법원은 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급' 여부 판단 시 개별 재화 또는 용역 단위로 검토해야 한다는 중요한 기준을 제시하며, 이 부분에 대한 원심 판결을 파기하고 다시 심리하도록 결정했습니다. 그러나 법인세 관련하여 비영리법인이 수익사업에 사용한 정부출연금은 수익사업의 익금에 포함되며, 정부 업무대행 사업비에서 발생한 이자소득은 그 실질적 귀속자가 해당 법인이라고 판단한 원심의 결론은 유지했습니다. ### 연관 법령 및 법리 이 사건은 부가가치세 면세 기준인 '실비 공급'의 해석과 적용에 대한 중요한 법리를 다루고 있습니다. 1. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항: 이 조항들은 종교, 자선, 학술, 구호 등 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있습니다. 여기서 핵심 쟁점은 '실비'의 의미와 그 판단 단위였습니다. 대법원은 '실비' 여부는 원칙적으로 '개별적인 재화 또는 용역의 공급'을 기준으로 판단해야 한다고 명확히 했습니다. 이는 재화나 용역을 공급할 때 이루어지는 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수 의무가 면세 여부에 따라 달라진다는 점 등을 고려한 것입니다. 즉, 여러 사업을 하나의 사업 분야로 묶어서 실비 여부를 판단하는 것은 적절하지 않다는 법리를 제시했습니다. 2. 구 부가가치세법 제1조 제1항: 이 조항은 부가가치세의 과세 대상을 '재화 또는 용역의 공급'으로 규정하고 있어, 면세 대상 규정 또한 개별 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 적용되어야 함을 뒷받침합니다. 3. 법인세법 관련 법리: 비영리법인의 경우에도 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세가 부과될 수 있으며, 수익사업에 사용된 정부출연금은 해당 수익사업의 익금(수입)으로 간주됩니다. 또한, 법인 명의의 계좌에 예치된 사업비에서 발생한 이자소득은 그 사업비를 처분할 권한이 법인에 있다면, 비록 후에 정산 의무가 있더라도 이자소득의 실질적 귀속자는 해당 법인으로 보아야 한다는 원칙이 적용됩니다. ### 참고 사항 비영리법인이나 공익법인이 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세 면세를 적용받으려면 '고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 경우'에 해당해야 합니다. 이때 '실비' 여부는 개별적인 재화 또는 용역의 공급 건별로 판단하는 것이 원칙입니다. 여러 사업을 묶어서 하나의 단위로 판단하는 것은 적절하지 않을 수 있습니다. 정부나 지방자치단체로부터 받은 출연금(지원금)이 해당 법인의 수익사업에 사용된 경우, 해당 출연금은 법인세법상 수익사업의 익금(수입)으로 간주되어 과세 대상이 될 수 있습니다. 이는 비영리법인이라 할지라도 수익사업을 운영하는 경우 해당 수익에 대해서는 법인세가 부과될 수 있음을 의미합니다. 정부나 지방자치단체로부터 업무대행을 위해 받은 사업비를 법인 명의의 계좌에 예치하여 발생한 이자소득은, 특별한 사정이 없는 한 해당 법인의 소유로 귀속되며 처분권한도 법인에 있다고 보아 이자소득의 실질적 귀속자가 법인으로 판단될 수 있습니다. 비록 정산 후 일부를 반환할 의무가 있더라도 이는 이자소득 귀속 판단에 영향을 주지 않을 수 있습니다. 세법 해석의 문제로 세금 분쟁이 발생할 경우, 면세 기준이나 소득 귀속 주체 등에 대한 판단은 법률 전문가의 도움을 받아 명확히 하는 것이 중요합니다. 특히 부가가치세의 '실비' 판단 기준은 개별 공급 건마다 다를 수 있으므로 신중한 접근이 필요합니다.

종합부동산세 환급금 이자 계산 분쟁

농업협동조합중앙회(원고)가 대한민국(피고)을 상대로 종합부동산세 환급가산금의 기산일 계산 방식에 대해 이의를 제기한 사건입니다. 원고는 당초의 부과처분과 증액경정처분에 따른 세금 납부를 각각의 개별 납부로 보아 환급가산금 기산일을 각 납부일의 다음 날로 주장했습니다. 그러나 피고는 마지막 납부일의 다음 날을 기산일로 보아 환급가산금을 지급했습니다. 대법원은 원심의 판단이 국세환급가산금 기산일에 관한 법리를 오해한 것이라고 보아 원심판결을 파기하고 사건을 환송했습니다. ### 관련 당사자 - 농업협동조합중앙회(원고): 종합부동산세를 납부하고 이후 환급받으면서 부족하게 지급된 환급가산금의 지급을 요구한 당사자입니다. - 대한민국(피고): 국세를 부과하고 환급가산금을 지급했으나 계산 방식에 이견이 있었던 당사자입니다. ### 분쟁 상황 농업협동조합중앙회는 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세를 최초 납부한 뒤, 과세물건 추가 및 면적 변동 등을 이유로 한 두 차례의 증액경정처분에 따라 추가 세금을 납부했습니다. 이후 종합부동산세 부과처분 취소소송 판결이 확정되어 초과 납부한 세액을 환급받게 되었습니다. 이때 피고인 대한민국은 국세환급가산금을 마지막 납부일 다음 날부터 순차적으로 계산하여 지급했습니다. 이에 원고는 최초 납부와 증액경정처분에 따른 납부를 별개의 납부로 보아, 각 납부일 다음 날부터 가산금을 계산해야 한다고 주장하며 부당이득금 반환 소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 동일한 과세기간 및 세목의 국세에 대하여 최초 신고 납부 이후 증액경정처분이 이루어져 세금을 추가 납부한 경우, 이후 발생한 국세 환급금에 대한 환급가산금의 기산일을 어떻게 보아야 하는지가 쟁점입니다. 구체적으로는 각 납부일의 다음 날을 기산일로 보아야 하는지 아니면 마지막 납부일의 다음 날을 기산일로 보아야 하는지에 대한 판단이 필요했습니다. ### 법원의 판단 대법원은 원심판결을 파기하고 사건을 서울중앙지방법원에 환송했습니다. 대법원은 증액경정처분에 따른 납부를 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 규정된 '분할납부'로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 국세환급가산금의 기산일은 같은 호 본문에 따라 '각 국세 납부일의 다음 날'로 보아야 한다고 판시했습니다. 원심법원은 이러한 법리 오해를 바로잡아 원고가 주장하는 환급가산금의 액수를 다시 심리하여야 합니다. ### 결론 대법원은 최초의 부과처분 및 신고 납부, 그리고 제1차와 제2차 증액경정처분에 따른 납부를 각각의 독립적인 납부로 간주했습니다. 이에 따라 각각의 납부일 다음 날부터 국세환급가산금을 계산해야 한다고 판단했습니다. 이 판결은 국세환급가산금의 정확한 산정 기준을 명확히 함으로써 납세자의 권익 보호를 강화하는 의미가 있습니다. ### 연관 법령 및 법리 이 사건은 국세환급가산금의 기산일을 정하는 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제52조 및 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항과 관련된 해석 문제입니다. * **구 국세기본법 제52조**: 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산해야 한다고 규정합니다. 이는 납세자가 잘못 납부했거나 과세처분이 취소되어 돌려받는 세금에 대해 국가가 일정 기간 보유한 것에 대한 법정 이자를 지급함으로써 납세자의 권익을 보호하기 위함입니다. * **국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문**: 착오 납부, 이중 납부, 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과가 경정되거나 취소됨에 따라 발생한 국세환급금의 경우, 원칙적으로 '국세 납부일의 다음 날'을 국세환급가산금의 기산일로 정하고 있습니다. 이는 세금을 납부한 시점부터 환급금이 발생했다고 보아 이자를 계산하려는 일반적인 원칙을 반영합니다. * **국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서**: 예외적으로 '그 국세가 2회 이상 분할납부된 경우'에는 '그 마지막 납부일의 다음 날'을 기산일로 하되, 환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 각 납부일의 다음 날을 기산일로 정합니다. 이 사건의 핵심 쟁점은 증액경정처분에 따른 추가 납부가 이 '분할납부'에 해당하는지 여부였습니다. 대법원은 최초의 신고 또는 부과에 따른 납부와 증액경정처분에 따른 추가 납부를 별개의 납부로 보아 '분할납부'에 해당하지 않는다고 해석했습니다. * **과세처분 취소의 소급효**: 과세처분이 판결이나 직권에 의해 취소되면 그 효력은 해당 부과처분이 있었던 때로 소급하여 발생합니다. 이는 증액경정처분 이후 전체 세액 중 일부가 취소되어 환급금이 발생한 경우, 그 환급세액이 각 납부일에 소급하여 발생한 것으로 보아야 한다는 근거가 됩니다. * **증액경정처분의 성격**: 증액경정처분은 기존 과세표준과 세액에 탈루된 부분을 추가하는 것이 아니라, 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 처분입니다. 그러나 이러한 증액경정처분이 당초 신고나 결정에 따라 이미 이루어진 납부 등의 실체적 법률관계까지 무효로 만드는 것은 아니라는 점이 중요한 법리적 고려 사항이었습니다. ### 참고 사항 세금 환급 시 가산금의 기산일은 국세기본법 시행령에 따라 결정되므로 해당 규정을 주의 깊게 살펴보아야 합니다. 특히 여러 차례에 걸쳐 세금을 납부한 경우(최초 납부, 증액경정처분 등에 따른 추가 납부 등) 각 납부의 성격이 '분할납부'에 해당하는지 여부에 따라 가산금 기산일이 달라질 수 있음에 유의해야 합니다. 만약 세무서가 여러 차례 납부된 세금에 대한 환급가산금을 마지막 납부일을 기준으로만 계산하여 지급했다면, 실제로는 각 납부일 다음 날부터 가산금을 계산해야 할 여지가 있는지 관련 법규를 확인하고 자신의 상황에 맞는 정확한 계산을 요구할 필요가 있습니다. 과세처분 취소 등으로 세금 환급이 발생할 경우, 납부한 날짜와 금액을 정확히 기록해두는 것이 중요합니다. 이는 환급가산금 산정의 기준이 되기 때문입니다.

복지포인트 근로소득세 환급 거부 사건

A 주식회사가 소속 임직원들에게 지급한 복지포인트가 근로소득에 해당하는지를 두고 벌어진 소송입니다. 회사는 복지포인트가 근로소득이 아니라고 주장하며 2016년 귀속 근로소득세 원천징수분 32,268,311원의 환급을 청구했으나, 세무서는 이를 거부했고 법원은 세무서의 손을 들어주며 회사의 청구를 기각했습니다. ### 관련 당사자 - 원고 A 주식회사: 임직원들에게 선택적 복지제도를 통해 복지포인트를 배정하고 운영하며 세금 환급을 청구한 회사 - 피고 울산세무서장: A 주식회사의 복지포인트에 대한 근로소득세 경정청구를 거부한 기관 ### 분쟁 상황 A 주식회사는 임직원들에게 선택적 복지제도를 통해 복지포인트를 제공했습니다. 회사는 이 복지포인트를 근로소득으로 보아 2016년 귀속 근로소득세를 원천징수하여 신고 납부했습니다. 그러나 2022년 3월 8일, 회사는 복지포인트가 근로소득에 해당하지 않는다고 주장하며 이미 납부한 원천징수세액과의 차액인 32,268,311원을 환급해달라는 경정청구를 울산세무서장에게 제출했습니다. 울산세무서장은 2022년 4월 21일 이 청구를 거부했고, 이에 회사는 세무서의 처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 임직원들에게 제공된 선택적 복지제도의 복지포인트가 소득세법상 과세대상인 근로소득에 해당하는지 여부입니다. ### 법원의 판단 법원은 A 주식회사의 복지포인트가 임직원들이 제공한 근로의 대가 또는 근로와 밀접히 관련된 급여로서 근로소득에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 복지포인트를 근로소득세 과세대상에서 제외해달라는 회사의 청구를 기각하고 울산세무서장의 경정거부처분이 적법하다고 판결했습니다. 이 결정은 이미 대법원에서 확정된 유사 판결에 근거를 두었습니다. ### 결론 법원은 복지포인트가 근로소득에 해당한다는 기존 대법원 판례를 재확인하며, 원고 A 주식회사의 근로소득세 환급 청구를 최종적으로 기각했습니다. ### 연관 법령 및 법리 소득세법상 근로소득의 범위: 소득세법 제20조 제1항은 근로소득을 '근로를 제공함으로써 받는 봉급, 급료, 보수, 세비, 임금, 상여, 수당과 이와 유사한 성질의 급여'로 규정합니다. 이 사건에서는 복지포인트가 임직원들이 근로를 제공하고 그 대가로 받은 경제적 이익에 해당하는지, 즉 근로와의 대가관계 또는 밀접한 관련성이 있는 급여로 볼 수 있는지가 핵심 쟁점입니다. 법원은 복지포인트를 근로 제공에 대한 대가 또는 근로와 밀접히 관련된 급여로 보아 근로소득에 해당한다고 판단했습니다. 원천징수 의무: 소득세법 제134조 등은 소득을 지급하는 자(회사)가 근로소득세를 원천징수하여 납부할 의무를 규정하고 있습니다. 경정청구: 국세기본법 제45조의2는 납세자가 과세표준 또는 세액의 계산이 잘못되었을 때 관할 세무서장에게 경정을 청구하여 과오납된 세금을 환급받을 수 있도록 규정하고 있습니다. 대법원 판례의 구속력: 하급심 법원은 대법원의 판례에 반하는 판단을 할 수 없습니다. 이 사건에서는 이미 유사한 2015년 귀속 복지포인트에 대한 대법원 판결이 있었고, 해당 판결에서 복지포인트가 근로소득에 해당한다고 판단했기 때문에 이 사건 재판부도 동일한 결론을 내렸습니다. ### 참고 사항 회사가 임직원에게 제공하는 복지포인트는 일반적으로 근로의 대가로 인정되어 근로소득으로 과세될 수 있습니다. 유사한 복지제도를 운영하는 기업은 복지포인트의 성격과 과세 여부에 대해 미리 면밀히 검토하고 세무 전문가와 상의하여 예상치 못한 세금 분쟁을 예방하는 것이 중요합니다. 이미 대법원에서 복지포인트의 근로소득 해당 여부에 대한 판단이 있었으므로, 기존 판례를 잘 숙지하는 것이 유사 분쟁 해결에 도움이 됩니다. 세금 관련 경정청구는 기한과 절차를 정확히 지켜야 하며, 관련 법령 및 판례의 변경 사항을 지속적으로 확인해야 합니다.

한국환경공단의 부가가치세 및 법인세 관련 세금 분쟁 사건

한국환경공단은 환경오염방지사업을 수행하는 비영리법인으로, 2004년부터 2009년까지 정부대행사업 등을 수행하며 공급한 재화나 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급'에 해당한다고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 또한 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세를 신고·납부해왔습니다. 그러나 세무서장들은 공단이 공급한 재화나 용역이 실비 공급이 아니어서 부가가치세 면세 대상이 아니라고 판단했고, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속자 및 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 산입 여부에 대해서도 이견을 보이며 공단에 부가가치세와 법인세를 경정·고지했습니다. 이에 공단은 세금 부과처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. ### 관련 당사자 - 한국환경공단 (원고): 환경오염방지사업을 수행하기 위해 설립된 비영리법인으로, 기존 환경관리공단의 모든 권리·의무를 승계한 기관입니다. - 서인천세무서장 외 5인 (피고): 한국환경공단에 부가가치세 및 법인세를 경정·고지한 세무당국입니다. ### 분쟁 상황 한국환경공단은 환경오염방지사업을 수행하는 비영리법인으로서 정부의 여러 대행·위탁 사업을 맡아왔습니다. 공단은 이 사업들에서 발생하는 재화 또는 용역의 공급을 부가가치세법상 면세 대상인 '고유의 사업목적을 위한 실비 또는 무상 공급'으로 판단하여 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 또한 수익사업에서 발생한 소득에 대해서만 법인세를 신고·납부했습니다. 그러나 세무서장들은 공단의 사업이 실비 공급이 아니므로 부가가치세가 과세되어야 한다고 보았고, 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속 문제나 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 산입 여부에 대해서도 이견을 제기하며 2004년부터 2010년 사업연도까지의 부가가치세 및 법인세를 경정·고지했습니다. 이에 공단이 세금 부과처분이 위법하다고 주장하며 취소 소송을 제기하면서 분쟁이 시작되었습니다. ### 핵심 쟁점 이 사건의 주요 쟁점은 세 가지입니다. 첫째, 한국환경공단이 수행한 사업과 관련하여 공급한 재화 또는 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급'에 해당하는지 여부입니다. 둘째, '실비 공급' 여부를 판단할 때 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 할 것인지, 아니면 여러 사업을 묶은 사업 분야 전체를 기준으로 할 것인지에 대한 판단 기준입니다. 셋째, 공단이 정부 또는 지방자치단체로부터 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자가 공단인지 아니면 정부 또는 지방자치단체인지 여부와 공단의 수익사업에 사용된 정부출연금이 수익사업의 익금에 해당하는지 여부입니다. ### 법원의 판단 대법원은 부가가치세 부과처분과 관련하여 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송했습니다. '실비 공급' 여부는 원칙적으로 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 판단해야 하며, 원심이 각 사업 분야 전체를 기준으로 판단한 것은 법리를 오해한 잘못이라고 보았습니다. 반면 법인세 부과처분과 관련해서는 원고와 피고 서인천세무서장의 나머지 상고를 모두 기각했습니다. 즉, 수익사업에 사용된 정부출연금은 수익사업의 익금에 해당하고, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자는 한국환경공단으로 보아야 한다는 원심의 판단은 옳다고 보았습니다. ### 결론 대법원은 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급' 여부 판단 시 개별 재화 또는 용역 단위로 검토해야 한다는 중요한 기준을 제시하며, 이 부분에 대한 원심 판결을 파기하고 다시 심리하도록 결정했습니다. 그러나 법인세 관련하여 비영리법인이 수익사업에 사용한 정부출연금은 수익사업의 익금에 포함되며, 정부 업무대행 사업비에서 발생한 이자소득은 그 실질적 귀속자가 해당 법인이라고 판단한 원심의 결론은 유지했습니다. ### 연관 법령 및 법리 이 사건은 부가가치세 면세 기준인 '실비 공급'의 해석과 적용에 대한 중요한 법리를 다루고 있습니다. 1. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항: 이 조항들은 종교, 자선, 학술, 구호 등 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있습니다. 여기서 핵심 쟁점은 '실비'의 의미와 그 판단 단위였습니다. 대법원은 '실비' 여부는 원칙적으로 '개별적인 재화 또는 용역의 공급'을 기준으로 판단해야 한다고 명확히 했습니다. 이는 재화나 용역을 공급할 때 이루어지는 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수 의무가 면세 여부에 따라 달라진다는 점 등을 고려한 것입니다. 즉, 여러 사업을 하나의 사업 분야로 묶어서 실비 여부를 판단하는 것은 적절하지 않다는 법리를 제시했습니다. 2. 구 부가가치세법 제1조 제1항: 이 조항은 부가가치세의 과세 대상을 '재화 또는 용역의 공급'으로 규정하고 있어, 면세 대상 규정 또한 개별 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 적용되어야 함을 뒷받침합니다. 3. 법인세법 관련 법리: 비영리법인의 경우에도 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세가 부과될 수 있으며, 수익사업에 사용된 정부출연금은 해당 수익사업의 익금(수입)으로 간주됩니다. 또한, 법인 명의의 계좌에 예치된 사업비에서 발생한 이자소득은 그 사업비를 처분할 권한이 법인에 있다면, 비록 후에 정산 의무가 있더라도 이자소득의 실질적 귀속자는 해당 법인으로 보아야 한다는 원칙이 적용됩니다. ### 참고 사항 비영리법인이나 공익법인이 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세 면세를 적용받으려면 '고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 경우'에 해당해야 합니다. 이때 '실비' 여부는 개별적인 재화 또는 용역의 공급 건별로 판단하는 것이 원칙입니다. 여러 사업을 묶어서 하나의 단위로 판단하는 것은 적절하지 않을 수 있습니다. 정부나 지방자치단체로부터 받은 출연금(지원금)이 해당 법인의 수익사업에 사용된 경우, 해당 출연금은 법인세법상 수익사업의 익금(수입)으로 간주되어 과세 대상이 될 수 있습니다. 이는 비영리법인이라 할지라도 수익사업을 운영하는 경우 해당 수익에 대해서는 법인세가 부과될 수 있음을 의미합니다. 정부나 지방자치단체로부터 업무대행을 위해 받은 사업비를 법인 명의의 계좌에 예치하여 발생한 이자소득은, 특별한 사정이 없는 한 해당 법인의 소유로 귀속되며 처분권한도 법인에 있다고 보아 이자소득의 실질적 귀속자가 법인으로 판단될 수 있습니다. 비록 정산 후 일부를 반환할 의무가 있더라도 이는 이자소득 귀속 판단에 영향을 주지 않을 수 있습니다. 세법 해석의 문제로 세금 분쟁이 발생할 경우, 면세 기준이나 소득 귀속 주체 등에 대한 판단은 법률 전문가의 도움을 받아 명확히 하는 것이 중요합니다. 특히 부가가치세의 '실비' 판단 기준은 개별 공급 건마다 다를 수 있으므로 신중한 접근이 필요합니다.

종합부동산세 환급금 이자 계산 분쟁

농업협동조합중앙회(원고)가 대한민국(피고)을 상대로 종합부동산세 환급가산금의 기산일 계산 방식에 대해 이의를 제기한 사건입니다. 원고는 당초의 부과처분과 증액경정처분에 따른 세금 납부를 각각의 개별 납부로 보아 환급가산금 기산일을 각 납부일의 다음 날로 주장했습니다. 그러나 피고는 마지막 납부일의 다음 날을 기산일로 보아 환급가산금을 지급했습니다. 대법원은 원심의 판단이 국세환급가산금 기산일에 관한 법리를 오해한 것이라고 보아 원심판결을 파기하고 사건을 환송했습니다. ### 관련 당사자 - 농업협동조합중앙회(원고): 종합부동산세를 납부하고 이후 환급받으면서 부족하게 지급된 환급가산금의 지급을 요구한 당사자입니다. - 대한민국(피고): 국세를 부과하고 환급가산금을 지급했으나 계산 방식에 이견이 있었던 당사자입니다. ### 분쟁 상황 농업협동조합중앙회는 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세를 최초 납부한 뒤, 과세물건 추가 및 면적 변동 등을 이유로 한 두 차례의 증액경정처분에 따라 추가 세금을 납부했습니다. 이후 종합부동산세 부과처분 취소소송 판결이 확정되어 초과 납부한 세액을 환급받게 되었습니다. 이때 피고인 대한민국은 국세환급가산금을 마지막 납부일 다음 날부터 순차적으로 계산하여 지급했습니다. 이에 원고는 최초 납부와 증액경정처분에 따른 납부를 별개의 납부로 보아, 각 납부일 다음 날부터 가산금을 계산해야 한다고 주장하며 부당이득금 반환 소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 동일한 과세기간 및 세목의 국세에 대하여 최초 신고 납부 이후 증액경정처분이 이루어져 세금을 추가 납부한 경우, 이후 발생한 국세 환급금에 대한 환급가산금의 기산일을 어떻게 보아야 하는지가 쟁점입니다. 구체적으로는 각 납부일의 다음 날을 기산일로 보아야 하는지 아니면 마지막 납부일의 다음 날을 기산일로 보아야 하는지에 대한 판단이 필요했습니다. ### 법원의 판단 대법원은 원심판결을 파기하고 사건을 서울중앙지방법원에 환송했습니다. 대법원은 증액경정처분에 따른 납부를 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 규정된 '분할납부'로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 국세환급가산금의 기산일은 같은 호 본문에 따라 '각 국세 납부일의 다음 날'로 보아야 한다고 판시했습니다. 원심법원은 이러한 법리 오해를 바로잡아 원고가 주장하는 환급가산금의 액수를 다시 심리하여야 합니다. ### 결론 대법원은 최초의 부과처분 및 신고 납부, 그리고 제1차와 제2차 증액경정처분에 따른 납부를 각각의 독립적인 납부로 간주했습니다. 이에 따라 각각의 납부일 다음 날부터 국세환급가산금을 계산해야 한다고 판단했습니다. 이 판결은 국세환급가산금의 정확한 산정 기준을 명확히 함으로써 납세자의 권익 보호를 강화하는 의미가 있습니다. ### 연관 법령 및 법리 이 사건은 국세환급가산금의 기산일을 정하는 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제52조 및 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항과 관련된 해석 문제입니다. * **구 국세기본법 제52조**: 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산해야 한다고 규정합니다. 이는 납세자가 잘못 납부했거나 과세처분이 취소되어 돌려받는 세금에 대해 국가가 일정 기간 보유한 것에 대한 법정 이자를 지급함으로써 납세자의 권익을 보호하기 위함입니다. * **국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문**: 착오 납부, 이중 납부, 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과가 경정되거나 취소됨에 따라 발생한 국세환급금의 경우, 원칙적으로 '국세 납부일의 다음 날'을 국세환급가산금의 기산일로 정하고 있습니다. 이는 세금을 납부한 시점부터 환급금이 발생했다고 보아 이자를 계산하려는 일반적인 원칙을 반영합니다. * **국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서**: 예외적으로 '그 국세가 2회 이상 분할납부된 경우'에는 '그 마지막 납부일의 다음 날'을 기산일로 하되, 환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 각 납부일의 다음 날을 기산일로 정합니다. 이 사건의 핵심 쟁점은 증액경정처분에 따른 추가 납부가 이 '분할납부'에 해당하는지 여부였습니다. 대법원은 최초의 신고 또는 부과에 따른 납부와 증액경정처분에 따른 추가 납부를 별개의 납부로 보아 '분할납부'에 해당하지 않는다고 해석했습니다. * **과세처분 취소의 소급효**: 과세처분이 판결이나 직권에 의해 취소되면 그 효력은 해당 부과처분이 있었던 때로 소급하여 발생합니다. 이는 증액경정처분 이후 전체 세액 중 일부가 취소되어 환급금이 발생한 경우, 그 환급세액이 각 납부일에 소급하여 발생한 것으로 보아야 한다는 근거가 됩니다. * **증액경정처분의 성격**: 증액경정처분은 기존 과세표준과 세액에 탈루된 부분을 추가하는 것이 아니라, 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 처분입니다. 그러나 이러한 증액경정처분이 당초 신고나 결정에 따라 이미 이루어진 납부 등의 실체적 법률관계까지 무효로 만드는 것은 아니라는 점이 중요한 법리적 고려 사항이었습니다. ### 참고 사항 세금 환급 시 가산금의 기산일은 국세기본법 시행령에 따라 결정되므로 해당 규정을 주의 깊게 살펴보아야 합니다. 특히 여러 차례에 걸쳐 세금을 납부한 경우(최초 납부, 증액경정처분 등에 따른 추가 납부 등) 각 납부의 성격이 '분할납부'에 해당하는지 여부에 따라 가산금 기산일이 달라질 수 있음에 유의해야 합니다. 만약 세무서가 여러 차례 납부된 세금에 대한 환급가산금을 마지막 납부일을 기준으로만 계산하여 지급했다면, 실제로는 각 납부일 다음 날부터 가산금을 계산해야 할 여지가 있는지 관련 법규를 확인하고 자신의 상황에 맞는 정확한 계산을 요구할 필요가 있습니다. 과세처분 취소 등으로 세금 환급이 발생할 경우, 납부한 날짜와 금액을 정확히 기록해두는 것이 중요합니다. 이는 환급가산금 산정의 기준이 되기 때문입니다.

복지포인트 근로소득세 환급 거부 사건

A 주식회사가 소속 임직원들에게 지급한 복지포인트가 근로소득에 해당하는지를 두고 벌어진 소송입니다. 회사는 복지포인트가 근로소득이 아니라고 주장하며 2016년 귀속 근로소득세 원천징수분 32,268,311원의 환급을 청구했으나, 세무서는 이를 거부했고 법원은 세무서의 손을 들어주며 회사의 청구를 기각했습니다. ### 관련 당사자 - 원고 A 주식회사: 임직원들에게 선택적 복지제도를 통해 복지포인트를 배정하고 운영하며 세금 환급을 청구한 회사 - 피고 울산세무서장: A 주식회사의 복지포인트에 대한 근로소득세 경정청구를 거부한 기관 ### 분쟁 상황 A 주식회사는 임직원들에게 선택적 복지제도를 통해 복지포인트를 제공했습니다. 회사는 이 복지포인트를 근로소득으로 보아 2016년 귀속 근로소득세를 원천징수하여 신고 납부했습니다. 그러나 2022년 3월 8일, 회사는 복지포인트가 근로소득에 해당하지 않는다고 주장하며 이미 납부한 원천징수세액과의 차액인 32,268,311원을 환급해달라는 경정청구를 울산세무서장에게 제출했습니다. 울산세무서장은 2022년 4월 21일 이 청구를 거부했고, 이에 회사는 세무서의 처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다. ### 핵심 쟁점 임직원들에게 제공된 선택적 복지제도의 복지포인트가 소득세법상 과세대상인 근로소득에 해당하는지 여부입니다. ### 법원의 판단 법원은 A 주식회사의 복지포인트가 임직원들이 제공한 근로의 대가 또는 근로와 밀접히 관련된 급여로서 근로소득에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 복지포인트를 근로소득세 과세대상에서 제외해달라는 회사의 청구를 기각하고 울산세무서장의 경정거부처분이 적법하다고 판결했습니다. 이 결정은 이미 대법원에서 확정된 유사 판결에 근거를 두었습니다. ### 결론 법원은 복지포인트가 근로소득에 해당한다는 기존 대법원 판례를 재확인하며, 원고 A 주식회사의 근로소득세 환급 청구를 최종적으로 기각했습니다. ### 연관 법령 및 법리 소득세법상 근로소득의 범위: 소득세법 제20조 제1항은 근로소득을 '근로를 제공함으로써 받는 봉급, 급료, 보수, 세비, 임금, 상여, 수당과 이와 유사한 성질의 급여'로 규정합니다. 이 사건에서는 복지포인트가 임직원들이 근로를 제공하고 그 대가로 받은 경제적 이익에 해당하는지, 즉 근로와의 대가관계 또는 밀접한 관련성이 있는 급여로 볼 수 있는지가 핵심 쟁점입니다. 법원은 복지포인트를 근로 제공에 대한 대가 또는 근로와 밀접히 관련된 급여로 보아 근로소득에 해당한다고 판단했습니다. 원천징수 의무: 소득세법 제134조 등은 소득을 지급하는 자(회사)가 근로소득세를 원천징수하여 납부할 의무를 규정하고 있습니다. 경정청구: 국세기본법 제45조의2는 납세자가 과세표준 또는 세액의 계산이 잘못되었을 때 관할 세무서장에게 경정을 청구하여 과오납된 세금을 환급받을 수 있도록 규정하고 있습니다. 대법원 판례의 구속력: 하급심 법원은 대법원의 판례에 반하는 판단을 할 수 없습니다. 이 사건에서는 이미 유사한 2015년 귀속 복지포인트에 대한 대법원 판결이 있었고, 해당 판결에서 복지포인트가 근로소득에 해당한다고 판단했기 때문에 이 사건 재판부도 동일한 결론을 내렸습니다. ### 참고 사항 회사가 임직원에게 제공하는 복지포인트는 일반적으로 근로의 대가로 인정되어 근로소득으로 과세될 수 있습니다. 유사한 복지제도를 운영하는 기업은 복지포인트의 성격과 과세 여부에 대해 미리 면밀히 검토하고 세무 전문가와 상의하여 예상치 못한 세금 분쟁을 예방하는 것이 중요합니다. 이미 대법원에서 복지포인트의 근로소득 해당 여부에 대한 판단이 있었으므로, 기존 판례를 잘 숙지하는 것이 유사 분쟁 해결에 도움이 됩니다. 세금 관련 경정청구는 기한과 절차를 정확히 지켜야 하며, 관련 법령 및 판례의 변경 사항을 지속적으로 확인해야 합니다.