세금 · 행정
구리 스크랩 판매업자(원고 AA)가 허위 세금계산서를 발행하여 발생한 부가가치세와 관련해, 해당 부가가치세가 '매입자 납부 특례' 규정에 따라 구리 스크랩 구매자에 의해 납부되었음에도 불구하고, 판매자인 자신이 납세의무자이므로 부가가치세를 환급받을 권리가 있다고 주장하며 국가(피고 대한민국)를 상대로 소송을 제기했습니다. 법원은 '매입자 납부 특례' 규정의 취지와 관련 법령 해석을 통해, 잘못 납부되거나 초과 납부된 부가가치세에 대한 환급청구권은 직접 세금을 납부한 구매자에게 있다고 판단하여 판매자의 환급 청구를 기각했습니다.
원고(판매자)는 구리 스크랩을 판매하면서 허위 세금계산서를 발행했고, 이 거래에 대해 '스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례'가 적용되어 실제 부가가치세는 원고로부터 구리 스크랩을 구매한 매입자가 직접 납부했습니다. 이후 원고는 발행된 세금계산서가 허위이므로 이에 기초하여 납부된 부가가치세는 원인 없는 납부이며, 자신(원고)이 부가가치세의 일반적인 납세의무자이므로 부가가치세에 대한 환급청구권 또한 자신에게 있다고 주장하며 피고인 대한민국을 상대로 417,617,261원의 부가가치세 환급을 청구했습니다.
조세특례제한법상의 '스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례'가 적용되는 거래에서 허위 세금계산서로 인해 부가가치세가 잘못 납부되었을 경우, 그 환급 청구권이 부가가치세법상 일반적인 납세의무자인 공급자(판매자)에게 있는지 아니면 특례에 따라 부가가치세를 직접 납부한 매입자(구매자)에게 있는지 여부입니다.
항소심 법원은 원고(판매자)의 제1심 판결 취소 및 부가가치세 417,617,261원 및 지연손해금 환급 청구를 기각했습니다. 소송총비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
법원은 '스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례' 규정의 취지와 관련 법령 해석을 통해, 매입자가 직접 납부한 부가가치세에 대한 과오납금 환급청구권은 납세의무자로서의 성격을 가지는 매입자에게 귀속된다고 판단했습니다. 따라서 판매자인 원고의 부가가치세 환급 청구는 이유 없다고 보아 기각되었습니다. 특히 2017년 개정된 조세특례제한법 제106조의9 제11항 및 부칙 제32조 제2항은 이러한 입장을 명확히 하는 확인적 규정으로 해석되었습니다.
부가가치세법상 일반 원칙: 부가가치세는 원칙적으로 재화나 용역을 공급하는 사업자(판매자)가 납세의무자이며, 이 사업자가 구매자로부터 부가가치세를 징수하여 납부하고 환급 청구권도 납세의무자인 판매자에게 귀속됩니다. 조세특례제한법 제106조의9 (스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례): 구리 스크랩 등 특정 재화의 거래에서 조세 탈루를 막기 위해 도입된 특별 규정입니다. 이 특례가 적용되면 판매자는 구매자로부터 부가가치세를 징수할 의무가 면제되고, 구매자가 직접 부가가치세를 국세청이 지정한 자에게 납부해야 합니다. 즉, 이 특례에서는 매입자가 실질적인 납세의무를 부담하게 됩니다. 과오납금 환급 청구권의 귀속: 법원은 '매입자 납부 특례'의 취지를 고려할 때, 특례에 따라 부가가치세를 직접 납부한 매입자를 실질적인 납세의무자로 보았습니다. 따라서 잘못 납부되거나 초과 납부된 부가가치세에 대한 환급청구권은 해당 세액을 직접 납부한 매입자에게 귀속된다고 판단했습니다. 국세기본법 제15조 (신의성실의 원칙): 피고는 원고가 허위 세금계산서 발행 후 환급을 구하는 것이 신의성실의 원칙에 반한다고 주장했으나, 법원 판결의 주된 근거는 매입자 납부 특례 규정 자체의 해석에 있었습니다. 조세특례제한법 제106조의9 제11항 (2017년 개정) 및 부칙 제32조 제2항: 이 개정 규정은 '공급받은 자(매입자)가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 공급받은 자(매입자)에게 환급하여야 한다'고 명확히 규정하고 있으며, 이는 법 시행 전에 잘못 납부되거나 초과 납부된 분에 대해서도 소급 적용됩니다. 법원은 이 조항을 매입자에게 환급 청구권이 있음을 확인하는 '확인적 규정'으로 보았습니다.
구리 스크랩 등 특정 재화 거래 시 적용되는 '매입자 납부 특례'는 부가가치세 탈루를 막기 위한 특별 규정입니다. 이 경우 부가가치세는 구매자가 직접 세무 당국이 지정한 곳에 납부합니다. 만약 이러한 특례 거래에서 세금이 잘못 납부되거나 초과 납부된 경우, 부가가치세 환급 청구권은 일반적으로 물건을 판매한 사업자가 아닌 부가가치세를 직접 납부한 구매자에게 있습니다. 세금계산서가 허위로 발행되었거나 거래가 실제로 이루어지지 않은 경우라도, '매입자 납부 특례'가 적용되었다면 환급은 부가가치세를 직접 낸 사람에게 돌아간다는 점을 유의해야 합니다. 2017년 12월 19일 개정된 조세특례제한법 제106조의9 제11항 및 부칙 제32조 제2항은 이 법 시행 전 잘못 납부되거나 초과 납부된 금액에 대해서도 공급받은 자(매입자)에게 환급하도록 명확히 규정하고 있으니 관련 규정을 확인해야 합니다.
