중소기업 합병 후 양도소득세 감면 유예기간 적용 사건

이 사건은 규모 확대로 중소기업에서 벗어났지만 3년간 중소기업 혜택을 받는 유예기간에 있던 회사가 또 다른 중소기업을 합병한 후, 해당 회사의 주주들이 주식을 양도했을 때 양도소득세 감면 혜택을 받을 수 있는지에 대한 다툼입니다. 세무 당국은 합병으로 인해 유예기간이 즉시 종료되었다고 보아 양도소득세를 부과했으나, 법원은 중소기업기본법의 취지와 규정 내용을 엄격하게 해석하여 세무 당국의 주장을 기각하고 원고들(주주들)에게 양도소득세 감면 혜택이 유지되어야 한다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고들(원고 1 외 4인): 합병된 법인의 주식을 양도하여 세무 당국으로부터 양도소득세를 부과받은 개인들
• 피고들(역삼세무서장 외 1인): 원고들에게 양도소득세 부과 처분을 내린 세무 당국

분쟁 상황

원고들은 '띵소프트'라는 법인의 주주들이었습니다. 띵소프트는 본래 중소기업이었으나 규모 확대로 인해 중소기업기본법상 중소기업으로 간주되는 3년간의 유예기간에 있었습니다. 유예기간 중 띵소프트는 다른 중소기업을 흡수합병했습니다. 이후 원고들이 띵소프트의 주식을 양도하자, 피고들(세무 당국)은 띵소프트가 중소기업 유예기간 중에 중소기업을 합병한 것은 '중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우'에 해당하여 유예기간이 즉시 실효되었고, 따라서 주식 양도 시 중소기업에 대한 양도소득세 감면 혜택을 적용할 수 없다며 양도소득세를 부과했습니다. 원고들은 이에 불복하여 양도소득세 부과 처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

중소기업기본법상 중소기업 유예기간에 있는 기업이 일반 중소기업을 합병할 경우, 유예기간의 혜택이 즉시 종료되는지 여부와 관련 조세 감면 규정의 적용 범위

법원의 판단

법원은 피고들(세무 당국)의 항소를 모두 기각하고, 원고들에게 양도소득세를 부과한 처분이 위법하다고 판단한 제1심 판결을 유지했습니다. 이는 유예기간 중인 기업이 중소기업을 흡수합병하더라도 유예기간이 즉시 실효되거나 중단되지 않는다는 원고들의 주장을 받아들인 것입니다.

결론

피고들(세무 당국)의 항소는 기각되었고, 항소 비용은 피고들이 부담하게 되었습니다. 결과적으로 원고들이 받은 양도소득세 부과 처분은 취소되었습니다.

연관 법령 및 법리

본 판결은 다음과 같은 법령과 법리를 근거로 판단되었습니다.

• 소득세법 시행령 제167조의8(2008. 12. 31. 개정 전)​: 주식 양도소득세 감면 대상인 '대통령령이 정하는 중소기업'은 주식 양도일이 속하는 사업연도 직전 사업연도 종료일 현재 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는 기업을 말한다고 규정합니다.
• 중소기업기본법 제2조 제3항: 중소기업이 규모 확대로 중소기업에 해당하지 않게 되어도 그 사유 발생 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 보아 기존 지원이 일시에 중단되는 충격을 완화하는 '중소기업 유예제도'를 규정합니다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간이 적용되지 않는 예외 규정을 둡니다.
• 중소기업기본법 시행령 제9조 제1호: 중소기업 유예 제외 사유 중 하나로 '법 제2조 제3항에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우'를 명시하고 있습니다. 법원은 이 조항이 대기업 또는 유예기업을 흡수합병한 중소기업에 대한 조세 감면 특례 적용을 통해 발생할 수 있는 조세회피를 방지하려는 목적이라고 보았습니다.
• 조세법률주의: 과세 요건이나 감면 요건을 막론하고 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며, 합리적 이유 없는 확장 해석이나 유추 해석은 허용되지 않는다는 원칙입니다. 법원은 이 원칙에 따라 중소기업기본법 관련 규정을 엄격하게 해석하여 피고들의 주장을 배척했습니다.

참고 사항

회사가 중소기업 유예기간 중에 다른 중소기업을 합병하는 상황이 발생한다면, 세무 당국은 유예기간의 즉시 종료를 주장할 수 있습니다. 그러나 법원의 판단에 따르면 조세법률주의 원칙상 관련 규정을 엄격하게 해석해야 하므로, 유예기업이 중소기업을 흡수합병하는 경우까지 중소기업 유예제도의 혜택이 즉시 종료되는 것으로 확대 해석하기는 어렵습니다. 따라서 중소기업 유예기간 중 합병으로 인한 중소기업 지위 상실 여부를 판단할 때는 합병의 주체와 객체, 관련 법령의 문언과 취지를 면밀히 검토해야 합니다. 특히, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서와 시행령 제9조 제1호가 ‘중소기업이 일정한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’를 전제하고 있음을 고려해야 합니다.