지주회사의 새로운 자회사 편입 시 취득세 감면 인정 판결

씨앤에이치 주식회사가 지주회사로서 부동산을 소유한 아프라나서울 주식회사의 주식 51%를 취득하여 자회사로 편입하자, 영등포구청장이 이를 부동산 취득으로 간주하여 취득세를 부과하였습니다. 이에 씨앤에이치 주식회사는 지주회사의 자회사 주식 취득에 대한 취득세 감면 조항의 적용을 주장하며 부과처분 취소를 청구한 사건입니다.

관련 당사자

• 원고 (상고인) 씨앤에이치 주식회사: 공정거래법상 지주회사로서 아프라나서울 주식회사의 주식을 취득하여 자회사로 편입한 회사입니다.
• 피고 (피상고인) 서울특별시 영등포구청장: 씨앤에이치 주식회사의 주식 취득을 간주취득으로 보아 취득세를 부과한 행정기관입니다.
• 아프라나서울 주식회사 (소외 회사): 부동산을 소유하고 있으며 씨앤에이치 주식회사에 의해 자회사로 편입된 회사입니다.

분쟁 상황

씨앤에이치 주식회사는 2009년 9월 30일 공정거래법상 지주회사로 전환되었습니다. 이후 2010년 10월 14일, 부동산을 소유한 아프라나서울 주식회사의 발행주식 51%를 취득하여 아프라나서울을 자회사로 편입하고 과점주주가 되었습니다. 이에 대해 서울특별시 영등포구청장은 구 지방세법 제105조 제6항에 따라 씨앤에이치 주식회사가 아프라나서울 주식회사의 부동산을 취득한 것으로 간주하고 취득세를 부과했습니다. 씨앤에이치 주식회사는 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 지주회사에 대한 간주취득세 감면 조항이 적용되어야 한다고 주장하며 영등포구청장의 부과 처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. 원심 법원에서는 씨앤에이치 주식회사가 이미 지주회사로 전환된 상태에서 추가로 자회사를 편입한 것이므로 감면 조항이 적용되지 않는다고 보았으나, 대법원은 이를 달리 판단하여 사건이 상고심까지 이르게 되었습니다.

핵심 쟁점

이미 지주회사로 전환된 회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 취득하여 새로운 자회사로 편입하고 과점주주가 된 경우, 구 조세특례제한법상의 '지주회사가 된 경우'에 해당하여 취득세 감면 혜택을 받을 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다. 즉, 원고인 씨앤에이치 주식회사의 상고를 인용하여 피고인 영등포구청장의 취득세 부과 처분이 잘못되었다는 취지로 판단하였으며, 하급 법원에서 다시 심리하도록 명령하였습니다.

결론

대법원은 구 조세특례제한법의 취득세 감면 조항은 지주회사의 설립이나 전환을 통해 기업 구조조정을 지원하려는 목적이 있으므로, 이미 지주회사인 경우에도 계열회사가 아닌 국내 회사를 자회사로 새로 편입하는 기업 구조조정이 있다면 동일하게 세제 혜택을 부여해야 한다고 판단했습니다. 따라서 원고가 이미 공정거래법상 지주회사였음에도 새로운 국내 회사를 자회사로 편입하여 과점주주가 된 경우에도 감면 조항이 적용된다고 보아 취득세 부과 처분을 취소해야 한다고 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

구 지방세법(2010. 3. 31. 개정 전) 제105조 제6항: 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 되면 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 '간주'하여 취득세를 부과합니다. 이는 법인의 실질적인 지배권을 획득하는 경우, 비록 부동산 등기 이전은 없더라도 실질적으로 부동산에 대한 통제권을 얻었으므로 취득세 과세 대상으로 보려는 취지입니다. 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 개정 전) 제120조 제6항 제8호 (이 사건 감면조항): 이 조항은 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사 포함)가 되거나, 지주회사가 자회사의 주식을 취득하여 지방세법상 과점주주가 되는 경우, 앞서 언급된 구 지방세법 제105조 제6항의 간주취득세 규정을 적용하지 않도록 예외를 두는 감면 조항입니다. 대법원은 이 조항의 입법 취지를 '소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정 지원'에 있다고 보았습니다. 따라서 이미 지주회사로 설립된 회사가 계열회사가 아닌 국내 회사를 자회사로 새로 편입하는 것도 이러한 기업 구조조정의 일환으로 보아 감면 혜택을 주어야 한다고 해석했습니다. 즉, '지주회사가 된 경우'라는 문구를 단순히 지주회사를 최초로 설립하거나 전환하는 경우에만 한정하지 않고, 이미 지주회사인 상태에서 새로운 자회사를 편입하는 경우까지 포함하는 넓은 의미로 해석한 것입니다. 이는 세법이 기업의 실질적인 경제활동과 정책적 목표를 고려하여 유연하게 적용되어야 함을 보여줍니다. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 (공정거래법): 이 법은 지주회사의 정의와 운영, 자회사 편입 요건 등을 규정하여 시장의 공정한 경쟁을 촉진하고 독점을 규제합니다. 본 판례에서는 공정거래법상 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형이 감면 조항 적용 범위 해석의 중요한 근거가 되었습니다.

참고 사항

기업이 지주회사로 전환하거나 지주회사가 새로운 자회사를 편입할 때 발생하는 세금 문제에 대해 관련 법령을 정확히 확인해야 합니다. 조세 감면 조항의 입법 취지가 기업의 구조조정 지원에 있다면, 법문의 형식적인 해석을 넘어 실질적인 구조조정 행위에도 감면 혜택이 적용될 수 있음을 고려해야 합니다. 이미 지주회사인 경우에도 계열회사가 아닌 새로운 국내 회사를 자회사로 편입하는 것은 기업 구조조정의 일환으로 인정되어 세제 혜택을 받을 가능성이 높습니다. 과거 법령과 현재 법령의 내용이 다를 수 있으므로, 행위 시점의 법령을 기준으로 검토해야 합니다. 이 판례는 구 지방세법 및 구 조세특례제한법을 기준으로 합니다.