의료재단 이사장의 부동산 양도 소득 누락 및 상여 처분 사건

의료법인 AAAAA의료재단은 2006년 부동산 양도 소득 8억 원을 누락하여 신고했습니다. 경주세무서장은 이 금액이 재단 이사장인 서BB에게 유출된 것으로 보고 상여로 소득처분하여 통지했습니다. 재단은 비영리법인의 고정자산 처분 수입은 소득처분 대상이 아니며 이사장이 보수를 받지 않았다는 이유로 처분 취소를 청구했습니다. 그러나 법원은 세무서의 처분이 적법하다고 판단하여 재단의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: 의료법인 AAAAA의료재단 (Q병원을 운영하는 재단법인으로, 서BB 이사장이 설립자 중 한 명입니다.)
• 피고: 경주세무서장 (의료재단의 세금 신고 누락을 확인하고 소득금액변동통지를 내린 세무 당국입니다.)
• 관련 인물: 서BB (AAAAA의료재단의 이사장으로, 누락된 부동산 양도 소득 8억 원을 사용한 것으로 지목되어 상여로 소득처분된 인물입니다.)

분쟁 상황

의료법인 AAAAA의료재단은 2006년 대구 소재 부동산을 실제로는 31억 5천만 원에 양도했지만 법인세 신고 시에는 23억 5천만 원으로 8억 원을 과소 신고했습니다. 경주세무서장은 이 누락된 8억 원이 재단 이사장인 서BB에게 유출된 것으로 파악하고 이를 서BB에 대한 '상여'로 보아 2006 사업연도 귀속 소득금액변동통지를 했습니다. 재단은 비영리법인의 고정자산 처분으로 인한 수입은 법인세법상 수익이 발생하는 사업으로 인한 소득에만 해당하지 않으므로 소득처분 대상이 아니며, 이사장이 보수를 받지 않았으므로 상여로 소득처분한 것은 위법하다고 주장하며 이 처분을 취소해달라고 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 고정자산을 처분하여 얻은 수입을 특정 임원에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분하는 것이 적법한지 여부가 쟁점이 되었습니다. 특히 비영리법인의 소득처분이 법인세법상 수익이 발생하는 사업으로 인한 소득에만 한정되는지, 그리고 임원이 보수를 받지 않은 경우에도 상여로 소득처분할 수 있는지 여부가 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 원고인 의료법인 AAAAA의료재단의 청구를 기각하며, 피고인 경주세무서장의 소득금액변동통지처분이 적법하다고 판단했습니다.

결론

법원은 구 법인세법에 따라 비영리법인이라 할지라도 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 고정자산의 처분으로 인한 수입은 법인의 소득에 해당한다고 보았습니다. 이러한 소득이 임원에게 유출된 경우 그 임원에 대한 상여로 소득처분하는 것이 적법하다고 판단했습니다. 이 사건 부동산은 3년 이상 의료업에 사용되지 않았고 양도 소득 8억 원이 이사장 서BB에게 유출된 사실이 인정되었으므로 세무서의 처분은 정당하다고 판결했습니다. 또한 이사장이 법인으로부터 보수를 수령했는지 여부는 소득처분 적법성과 직접적인 관련이 없다고 판단했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에서는 주로 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것)이 적용되었습니다.

• 구 법인세법 제3조 제2항: 비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 제조업, 건설업 등 수익사업뿐만 아니라 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 고정자산의 처분으로 인해 발생하는 수입도 포함한다고 규정합니다. 이 사건에서 의료재단이 3년 이상 의료업에 사용하지 않은 부동산을 처분한 수입은 이 조항에 따라 법인의 소득으로 인정되었습니다.

• 구 법인세법 제67조 및 구 법인세법 시행령 제106조 (2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것)​: 법인세 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액(법인의 수입으로 추가된 금액)은 그 귀속자에 따라 상여, 배당, 기타 사외유출, 사내유보 등으로 처분하며 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 '상여'로 처분하도록 규정하고 있습니다. 이 사건에서 누락된 8억 원이 이사장 서BB에게 유출된 것으로 확인되었으므로 해당 금액은 서BB에 대한 상여로 소득처분되었습니다.

• 조세법률주의 원칙: 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다. 이 원칙에 따라 법원은 원고의 '비영리법인의 소득처분은 수익사업 소득에 한한다'는 주장에 법적 근거가 없다고 판단했습니다.

참고 사항

비영리법인이라 할지라도 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 고정자산을 처분하여 얻은 수입에 대해서는 법인세법에 따른 소득처분 대상이 될 수 있습니다. 법인의 소득이 임원이나 사용인에게 유출된 것으로 확인될 경우 해당 금액은 '상여'로 소득처분되어 개인의 소득세 부담으로 이어질 수 있습니다. 이는 임원이 법인으로부터 급여를 받는지 여부와는 별개의 문제입니다. 부동산 양도와 같은 중요한 거래에서 실제 거래 가액과 세금 신고 가액이 다를 경우 세무 당국의 철저한 조사 대상이 될 수 있으며 누락된 금액에 대해서는 가산세 등 불이익이 발생할 수 있습니다. 법인의 자금 흐름과 사용처는 투명하게 관리되어야 하며 임원 개인에게 자금이 유출되는 경우 적절한 회계 처리가 이루어져야 합니다. 그렇지 않으면 개인 소득으로 간주되어 세금이 부과될 수 있습니다.