주상복합주택 개발회사의 법인세 세액공제 불인정 판결

A 주식회사는 주상복합주택 신축 및 분양사업을 하는 회사로, 2014년부터 2018년까지 건축 설계 및 디자인 용역비 등 약 69억 5,971만 원을 지출했습니다. 회사는 이 비용이 구 조세특례제한법상 연구·인력개발비에 해당하며, 자신이 중소기업 요건을 충족한다고 주장하며 법인세 세액공제(환급)를 신청했습니다. 그러나 용인세무서장은 해당 비용이 고유디자인 개발을 위한 위탁연구개발비로 볼 수 없으며, 원고가 2017년 과세연도 기준 자산총액 5천억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부했습니다. 이에 A 주식회사는 소송을 제기했으나, 법원은 원고의 청구를 모두 기각하며 용인세무서장의 처분이 적법하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 수원시 영통구 주상복합주택 신축 및 분양사업을 목적으로 설립된 회사로, 연구·인력개발비 세액공제를 신청한 원고입니다.
• 용인세무서장: A 주식회사의 법인세 경정청구를 거부한 기관으로, 이 사건의 피고입니다.

분쟁 상황

A 주식회사는 2014년 설립되어 수원시 영통구에서 주상복합주택 신축 및 분양사업을 진행했습니다. 이 사업을 추진하면서 2014년부터 2018년까지 건축 설계 및 디자인 관련 용역비로 총 69억 5,971만 6,790원을 지출했습니다. 회사는 이 비용이 구 조세특례제한법상 연구·인력개발비에 해당하고, 자신이 당시 중소기업이라는 이유로 용인세무서에 2018년 및 2019년 사업연도 법인세의 경정청구를 통해 세액 환급을 요구했습니다. 그러나 용인세무서장은 2021년 11월 10일, 이 비용이 고유디자인 개발을 위한 위탁연구개발비로 볼 수 없으며, 원고 회사가 2017년 과세연도 기준 자산총액 5천억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않는다고 판단, 원고의 경정청구를 전부 거부하는 처분을 내렸습니다. 이에 불복한 A 주식회사는 2022년 2월 8일 조세심판원에 심판청구를 제기했으나, 2022년 8월 2일 기각 결정이 내려지자 법원에 이 사건 경정거부처분 취소 소송을 제기하기에 이르렀습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 두 가지입니다. 첫째, A 주식회사가 주상복합주택 사업을 위해 지출한 건축 설계 및 디자인 용역비 약 69억 5,971만 원이 구 조세특례제한법상의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부입니다. 특히 해당 비용이 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'에 사용된 것인지가 핵심 쟁점이었습니다. 둘째, A 주식회사가 2017년 과세연도에 구 조세특례제한법상 '중소기업'에 해당하여 중소기업 유예제도의 적용을 받을 수 있는지 여부입니다. 이는 회사의 자산총액이 5천억 원 이상이라는 기준에 따라 중소기업으로 인정될 수 있는지를 따지는 문제였습니다.

법원의 판단

법원은 A 주식회사의 청구를 모두 기각하며, 용인세무서장이 내린 법인세 경정청구 거부처분이 적법하다고 판결했습니다. 이에 따라 소송비용은 원고인 A 주식회사가 부담하게 되었습니다.

결론

법원은 A 주식회사가 지출한 건축 설계 및 디자인 관련 비용이 '과학적 또는 기술적 진전'을 이루기 위한 연구·인력개발비에 해당한다고 보기 어렵고, 원고가 2017년 과세연도 종료일 기준으로 중소기업 요건을 충족하지 못했으므로 중소기업 유예제도도 적용되지 않는다고 판단했습니다. 결론적으로 원고의 법인세 경정청구는 받아들여지지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 법원이 적용한 주요 법령과 법리적 원칙은 다음과 같습니다.

1. 연구·인력개발비 세액공제에 관한 규정 및 법리:

• 구 조세특례제한법 제9조 제5항: 연구개발의 개념을 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동' 및 '새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동'으로 정의하며, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정하도록 위임하고 있습니다.
• 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 및 [별표 6]: 법에서 위임한 연구개발 및 인력개발을 위한 비용을 규정하며, [별표 6]의 '1. 연구개발' 사목에 '고유디자인의 개발을 위한 비용'을 포함하고 있습니다. 그러나 이 비용이 세액공제 대상이 되려면 법 제9조 제5항의 '과학적 또는 기술적 진전' 요건을 충족해야 합니다.
• 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항: 연구개발에 포함되지 않는 활동들을 구체적으로 열거하고 있어, 일반적인 관리·지원 활동, 시장조사, 판촉활동, 일상적인 품질시험 등은 제외됩니다.
• 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙: 조세감면요건은 법문대로 엄격하게 해석해야 하며, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해석하는 것이 허용되지 않습니다. 특히 세액공제와 같은 특혜 규정은 조세 공평의 원칙에 따라 더욱 엄격하게 해석됩니다. 이 원칙에 따라 법원은 단순한 건축 설계나 디자인이 '과학적 또는 기술적 진전'으로 보기 어렵다고 판단했습니다.

2. 중소기업 요건 및 유예제도에 관한 규정:

• 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서: 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다고 명시하고 있습니다.
• 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제5항: 위 시행령 제2조 제1항 단서에 따른 자산총액은 '과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액'으로 한다고 구체적인 판단 기준을 정하고 있습니다.
• 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항: 중소기업에 해당하였다가 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 한하여 일정 기간 중소기업 유예제도를 적용할 수 있다고 규정하고 있습니다. 이는 애초에 중소기업 기준을 충족하지 못했던 기업에는 적용되지 않습니다.

참고 사항

유사한 상황에 처한 기업들이 참고할 만한 사항들은 다음과 같습니다.

1. 연구·인력개발비 세액공제 요건의 엄격성 이해: 건축 설계나 디자인 관련 비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되려면 단순한 미적 개선, 건축 법규 준수, 시장 선호도 반영, 혹은 사업 대상지의 특성에 따른 상업적·기능적 변형을 넘어서 '과학적 또는 기술적 진전'을 가져오는 활동이어야 합니다. 즉, 기존 건축물에 비해 뚜렷이 구분되는 창작성이나 혁신적인 기술적·공법적 요소가 적용되어야 인정받을 수 있습니다. 일반적인 주상복합주택 설계는 이러한 요건을 충족하기 어려울 수 있으므로, 관련 비용을 세액공제 받으려는 기업은 해당 활동이 명확히 '과학적 또는 기술적 진전'을 이루었음을 입증할 수 있는 객관적인 증빙 자료(예: 신기술 적용 보고서, 특허 출원 내역, 기술 개발 과정 기록 등)를 철저히 준비해야 합니다.

2. 중소기업 요건과 유예제도 정확히 확인: 중소기업에 대한 세제 혜택은 기업의 규모 요건에 따라 달라지므로, 자신의 기업이 중소기업에 해당하는지 여부를 정확히 확인해야 합니다. 특히 자산총액 5천억 원과 같은 규모 기준은 과세연도 '종료일' 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액을 기준으로 판단됩니다. 중소기업 유예제도는 기존에 중소기업이었던 법인이 규모 확대로 인해 중소기업 기준을 초과하게 되었을 때 적용되는 제도로, 처음부터 중소기업 기준에 해당하지 않았던 법인에게는 적용되지 않습니다. 따라서 기업은 과세연도 중간이 아닌 과세연도 종료일 기준으로 중소기업 요건 충족 여부를 명확히 파악해야 하며, 오해로 인해 불이익을 받지 않도록 주의해야 합니다.