법인세 이월 공제와 지방소득세 감면 불인정 판결

이 사건은 한 기업이 과거에 외국 납부세액과 연구 및 인력 개발 관련 투자에 대한 세액 공제를 법인세에서 모두 사용하지 못하고 이월하여 나중에 법인세에서 공제받았으나, 이러한 법인세 이월 공제의 효과가 2014년 지방세법 개정 이후의 법인지방소득세에도 적용되어야 한다며 세금 환급을 요청했지만 지방자치단체들이 이를 거부하자 소송을 제기한 사안입니다. 법원은 지방세법 개정 부칙에서 말하는 '종전의 규정'은 개정된 지방세법의 이전 규정만을 의미하며, 법인세법이나 조세특례제한법상의 공제 규정까지 포함하는 것은 아니므로 기업의 환급 청구는 받아들일 수 없다고 판단했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 해외에서 발생한 소득에 대한 외국 납부세액과 연구 개발 투자에 대한 세액 공제액을 법인세에서 전액 공제받지 못하여 이월 공제받았고, 이 이월 공제의 효과가 법인지방소득세에도 적용되어야 한다며 세금 환급을 요구한 회사입니다.
• 이천시장, 청주시 흥덕구청장, 성남시 분당구청장, 서울특별시 강남구청장: A 주식회사가 요청한 법인지방소득세 환급을 거부한 지방자치단체들입니다.

분쟁 상황

A 주식회사는 2009년부터 2013년까지 해외에서 발생한 소득에 대해 외국 납부세액을 국내 법인세에서 모두 공제받지 못하여, 그 남은 공제액을 2014년부터 2016년, 2018년 사업연도 법인세로 이월하여 공제받았습니다. 또한 2018년에는 연구 및 인력개발 투자에 대한 세액 공제 중 최저한세액 제한으로 이월된 추가 공제액에 대해 법인세 환급 결정을 받기도 했습니다. 한편, 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되어 법인지방소득세의 과세 방식이 법인세액의 10%를 부과하는 '부가세' 방식에서 법인세 과세표준에 세율을 적용하는 '독립세' 방식으로 변경되었습니다. 이 개정된 지방세법에는 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 경과규정이 포함되어 있었습니다. A 주식회사는 2014년 이후의 법인지방소득세 신고·납부 시 위에서 언급한 법인세 이월 공제를 적용하지 않았습니다. 그러나 2019년 11월 26일, A 주식회사는 이미 법인세법상 공제 요건이 충족되었고 법인세 환급 결정을 통해 추가 공제액이 확정되었으므로, 법인세 이월 공제의 효과가 법인지방소득세에도 미쳐야 한다며 해당 법인지방소득세액의 일부 환급을 피고인 지방자치단체들에 청구했습니다. 지방자치단체들이 이를 거부하자, A 주식회사는 이 거부 처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세 과세 방식이 변경된 이후, 과거에 발생하여 이월된 법인세 공제액(외국 납부세액, 연구 및 인력 개발 세액 공제액)이 해당 연도의 법인지방소득세 감면에도 적용될 수 있는지 여부와, 지방세법 개정 부칙의 '종전의 규정'의 범위가 어디까지인지가 주요 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 A 주식회사가 피고인 지방자치단체들을 상대로 제기한 법인지방소득세 경정 거부 처분 취소 청구를 모두 기각했습니다. 소송 비용은 A 주식회사가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 개정된 지방세법 부칙에 있는 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 경과규정에서 '종전의 규정'은 개정된 지방세법의 본칙만을 의미한다고 보았습니다. 구 법인세법의 외국 납부세액 이월 공제 규정이나 구 조세특례제한법의 세액 공제 규정은 개정된 지방세법의 '종전의 규정'에 해당하지 않으며, 이들은 법인세에 대한 규정일 뿐 지방소득세 감면을 정한 규정으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 A 주식회사가 법인세 이월 공제에 따라 법인지방소득세 감면도 받을 것이라고 신뢰한 것은 단순한 기대에 불과하고 법적으로 보호되어야 할 권리로 볼 수 없다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리적 판단은 다음과 같습니다.

• 구 법인세법 제57조 제2항: 외국에서 발생한 소득에 대해 외국에 납부한 세액을 국내 법인세에서 공제받을 수 있도록 하고, 공제 한도를 초과하는 금액은 다음 사업연도로 이월하여 공제받을 수 있도록 한 규정입니다. 이 조항은 법인세 납부액을 줄이는 데 목적이 있습니다.
• 구 조세특례제한법 제144조 제1항, 제11조: 연구 및 인력 개발을 위한 투자 등에 대해 세액 공제를 해주고, 이월 공제가 가능하도록 한 규정입니다. 이 또한 법인세 감면을 위한 조항입니다.
• 개정 지방세법 부칙 제15조 (이 사건 경과규정)​: 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하여, 법 개정 전후의 적용 관계를 정한 조항입니다. 이 사건의 핵심 쟁점은 이 '종전의 규정'이 어디까지를 의미하는가였습니다. 법원은 이 조항이 개정된 '지방세법' 자체의 이전 규정을 의미할 뿐, 법인세법이나 조세특례제한법처럼 다른 세목의 감면 규정까지 포함하는 것은 아니라고 해석했습니다.
• 법적 안정성 및 예측 가능성에 대한 대법원 판례: 대법원은 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시 유효했던 종전 규정에서 장래의 한정된 기간 동안 특별히 비과세, 면제, 또는 과세 유예를 명시적으로 규정하지 않는 한, 납세자가 세금 감면에 대한 기대를 가졌더라도 이는 단순한 기대에 불과하며 법적으로 보호되어야 할 '기득권'으로 볼 수 없다고 판단하고 있습니다. 이는 세법 개정으로 인한 혼란을 줄이고 납세자의 권리를 보호하되, 법적 예측 가능성의 한계를 명확히 한 것입니다.

참고 사항

세법이 개정될 때에는 개정법의 부칙이나 경과규정을 통해 새로운 규정이 언제부터 적용되는지, 기존 규정은 어떻게 처리되는지 반드시 확인해야 합니다. '종전의 규정'이라는 표현이 사용되었을 경우, 해당 규정이 개정된 법률 자체의 이전 규정을 의미하는 것인지, 아니면 관련 다른 법률의 규정까지 포함하는 것인지 면밀히 검토해야 합니다. 이 사례에서는 개정된 지방세법의 '종전 규정'이 구 지방세법 본문만을 의미한다고 해석되었습니다. 세금 감면이나 공제에 대한 기대는 법률에 명확히 규정되어 있지 않으면 단순한 기대로 간주될 수 있으며, 법적으로 보호받는 '기득권'으로 인정되지 않을 수 있습니다. 법인세와 지방소득세는 별개의 세목이므로, 법인세에서 특정 공제나 감면을 받았다고 해서 지방소득세에서도 자동으로 같은 공제나 감면을 받을 수 있다고 단정해서는 안 됩니다. 각각의 세법 규정을 개별적으로 확인해야 합니다.