대학 연구비에서 사학연금 법인부담금 집행이 부당하다는 판결

학교법인 A는 C대학교 산하 D연구소를 통해 국가 연구개발사업을 수행하며 과학기술정보통신부장관으로부터 연구개발비 1,836,568,560원을 지원받았습니다. 이후 과학기술정보통신부장관은 연구개발비 정산 과정에서 학교법인 A가 사립학교교직원 연금(사학연금)의 법인부담금을 연구개발비에서 집행한 것이 부당하다고 판단하여 해당 금액의 반납을 고지했습니다. 이에 학교법인 A는 이 납입고지 처분을 취소하고, 자신에게 해당 연구개발비 반환 채무가 존재하지 않음을 확인해달라는 소송을 제기했습니다.

법원은 먼저, 과학기술정보통신부장관의 연구개발비 반납 고지는 구 과학기술기본법에 따른 행정처분이 아니라 공법상 계약인 협약에 따른 단순한 정산금 반환 요구이므로 행정소송의 대상이 될 수 없다고 판단하여 납입고지 취소 청구를 각하했습니다. 다음으로, 사학연금의 법인부담금은 학교법인이 부담해야 할 비용이며, 사립학교법과 사학연금법에 따라 연구개발비에서 집행될 수 없다고 보아 반환 채무가 없다는 학교법인 A의 주장을 기각했습니다.

결론적으로 학교법인 A는 과학기술정보통신부장관에게 1,836,568,560원의 연구개발비를 반환해야 한다고 판결되었습니다.

관련 당사자

• 원고 학교법인 A: 사립대학교 C대학교를 운영하는 법인으로, 국가 연구개발사업을 수행하며 연구개발비를 받은 주체입니다.
• 피고 과학기술정보통신부장관: 국가 연구개발사업의 주무 부처 장관으로, 연구개발비의 집행을 관리하고 정산을 통해 부당집행액의 반납을 고지했습니다.
• 피고 대한민국: 국가연구개발비의 실질적인 귀속 주체로, 학교법인 A가 연구개발비 반환 채무가 없음을 확인하고자 했던 대상입니다.
• C대학교 산하 D연구소: 학교법인 A가 운영하는 C대학교 소속 연구기관으로, 실제 국가 연구개발사업을 수행했습니다.

분쟁 상황

학교법인 A는 C대학교 D연구소를 통해 국가 연구개발사업인 B사업을 진행하면서 과학기술정보통신부장관으로부터 연구개발비를 지원받았습니다. 이후 과학기술정보통신부장관과 한국연구재단이 2016년 5월경 연구개발비 사용 실적에 대한 정산을 실시하였고, 그 결과 2013년부터 연구개발비에서 1,836,568,560원의 사학연금 법인부담금을 부당하게 집행했다고 지적했습니다. 과학기술정보통신부장관은 이 금액을 국고에 반납할 것을 요구하는 정산 통보와 함께 2017년 6월 1일 최종적으로 납입고지를 했습니다. 이에 학교법인 A는 납입고지 처분의 취소와 연구개발비 반환채무가 없음을 확인해달라는 소송을 제기하며 분쟁이 시작되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 과학기술정보통신부장관이 연구개발비 정산 후 학교법인에게 반환을 고지한 행위가 행정소송 대상인 '행정처분'에 해당하는지 여부와, 국가 연구개발비에서 사학연금 '법인부담금'을 집행한 것이 적법한지 여부였습니다.

법원의 판단

1. 주위적 청구 (피고 과학기술정보통신부장관에 대한 연구개발비 환수처분 취소 청구): 각하 법원은 연구개발비 납입고지가 구 과학기술기본법 제11조의2에 근거한 행정처분으로 볼 수 없고, 국가와 학교법인 간의 공법상 계약인 연구개발과제 표준협약에 따른 정산 절차의 일환으로 부당하게 집행된 금액을 반환하도록 최고하는 통지에 불과하므로, 이는 항고소송의 대상인 행정처분이 아니라고 판단했습니다. 따라서 이 청구는 부적법하다고 보아 각하했습니다.

2. 예비적 청구 (피고 대한민국에 대한 연구개발비 반환채무 부존재 확인 청구): 기각 법원은 사학연금의 법인부담금은 원칙적으로 학교법인이 법인회계 수입으로 충당해야 하는 비용이며, 연구개발비를 통한 집행은 사학연금법 제47조 제1항에 위반된다고 판단했습니다. 또한 사학연금법 제47조 제2항에 따른 교육부장관의 승인 절차도 거치지 않았음을 지적했습니다. 따라서 학교법인 A의 연구개발비 반환채무가 존재하지 않는다는 주장을 받아들이지 않고 기각했습니다.

3. 소송비용: 원고인 학교법인 A가 부담합니다.

결론

법원은 과학기술정보통신부장관의 연구개발비 환수 납입고지를 행정처분이 아닌 단순한 계약상 의무 이행 최고로 보아 관련 취소 소송을 각하했습니다. 또한, 학교법인이 국가 연구개발비에서 사학연금 법인부담금을 집행한 것은 부당하므로, 피고 대한민국에 대한 1,836,568,560원의 반환채무가 존재한다고 판단하여 학교법인의 주장을 기각했습니다. 이에 따라 학교법인은 해당 금액을 반환해야 합니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결에는 다음과 같은 법령과 법리가 적용되었습니다.

1. 과학기술기본법 제11조의2 (구 과학기술기본법): 국가연구개발사업 참여기관이 의무를 위반했을 때 사업 참여를 제한하거나 사업비를 환수할 수 있는 근거를 규정합니다. '연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우' 등에 해당하면 환수할 수 있으나, 본 판결에서는 이 사건 납입고지가 이 조항에 따른 '환수처분'이 아닌 협약에 따른 정산 절차로 보았습니다.

2. 사립학교교직원 연금법(사학연금법) 제47조 제1항 및 제2항: 사학연금의 '법인부담금'은 원칙적으로 학교법인이 부담하고 법인회계 수입으로 충당해야 한다고 규정합니다. 만약 학교회계 수입으로 충당하려면 교육부장관의 승인이 필요합니다. 본 사건에서 원고는 이 규정을 위반하여 연구개발비(학교회계 내 별도 회계)에서 법인부담금을 집행했습니다.

3. 사립학교법 제29조 제1항, 제2항, 제6항: 학교법인의 회계를 학교회계와 법인회계로 구분하고, 학교회계 수입을 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없도록 하여 회계의 독립성과 건전성을 강조합니다. 이는 사학연금 법인부담금 집행의 부당성을 뒷받침하는 근거 중 하나로 작용했습니다.

4. 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 (구 관리규정) 제19조, 제12조, 제12조의2, [별표2] 및 국가연구개발사업의 연구개발비 사용 및 정산 지침 (구 처리규정) 제30조, 제23조, [별표3]: 이 규정들은 연구개발비의 사용 실적 정산과 부당 집행 금액 회수에 대한 근거를 제공합니다. 법원은 이 사건 납입고지가 위 규정들에 따른 협약상 정산 절차의 일환이지, 행정처분이 아니라고 판단했습니다. 또한, [별표]들은 연구개발비로 집행 가능한 항목과 범위를 구체적으로 규정하며, 사학연금 법인부담금이 여기에 포함되지 않음을 간접적으로 보여주었습니다.

5. 행정처분과 공법상 계약의 구분 법리: 행정청의 의사표시가 항고소송의 대상이 되는 공권력 행사로서의 '행정처분'인지, 아니면 공법상 계약 관계에서 대등한 당사자로서 행하는 '단순한 의사표시'인지는 관계 법령의 규정과 사안의 개별적 판단에 따라 결정됩니다. 이 사건에서 법원은 납입고지를 후자로 보아 행정처분이 아니라고 판단했습니다.

참고 사항

1. 국가 연구개발비는 협약 및 관련 규정에 따라 엄격하게 집행되어야 합니다. 특히 인건비, 4대 보험, 퇴직급여충당금 등 인건비성 경비 항목의 집행 가능 여부와 범위는 사전에 정확히 확인해야 합니다.
2. 사학연금 법인부담금은 원칙적으로 학교법인의 법인회계 수입으로 충당되어야 합니다. 학교회계 수입으로 충당할 경우에는 사학연금법 제47조에 따라 교육부장관의 승인 등 법적 절차를 반드시 준수해야 합니다. 연구개발비와 같은 특정 사업비에서 집행하는 것은 관련 법령에 위배될 수 있습니다.
3. 정부기관의 통보가 공권력 행사인 '행정처분'인지 아니면 공법상 계약에 따른 '단순한 의사표시'인지는 법적 대응 방식에 결정적인 영향을 미칩니다. 행정처분에 해당해야만 행정소송으로 다툴 수 있으므로, 해당 통보의 법적 성격을 신중히 검토해야 합니다.
4. 연구개발 협약 내용은 연구비 집행 및 정산의 핵심 기준이 됩니다. 협약 내용을 정확히 이해하고 준수하며, 불분명한 사항은 사전에 주관기관 또는 전문기관과 서면으로 질의하고 확인하여 분쟁의 소지를 없애는 것이 중요합니다.
5. 연구개발비 정산 과정에서 부당 집행으로 지적된 사항에 대해서는 규정 및 협약에 근거하여 명확하고 충분한 소명 자료를 준비하고 제출해야 합니다.