세금 · 행정
농협금융지주가 우리아비바생명 주식을 대량 취득하여 과점주주가 되었고, 이에 따라 취득세와 농어촌특별세 총 6천만원 상당을 납부했습니다. 이후 농협금융지주는 해당 주식 취득이 조세특례제한법상 감면 대상에 해당한다고 주장하며 이미 납부한 세금의 환급(경정청구)을 요청했으나, 서대문구청장은 이를 거부했습니다. 농협금융지주는 구청의 이러한 거부처분이 위법하다고 판단하여 취소를 구하는 소송을 제기했으나, 법원은 구청의 처분이 적법하다고 보고 농협금융지주의 청구를 기각했습니다.
농협금융지주는 2014년 6월 27일 우리아비바생명 주식 98.89%를 취득하여 해당 법인의 과점주주가 되었고, 동시에 금융위원회로부터 자회사 편입 승인을 받았습니다. 이로 인해 구 지방세법 제7조 제5항에 따른 간주취득세 55,934,420원 및 농어촌특별세 5,593,440원을 신고·납부했습니다. 이후 농협금융지주는 2015년 3월 20일, 자신이 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제3호(이 사건 감면규정)에 따라 세금 감면 대상이므로 이미 납부한 세금을 환급해달라는 경정청구를 피고(서대문구청장)에게 제기했습니다. 그러나 피고는 이 사건 감면규정이 지주회사가 이미 자회사인 회사의 주식을 취득하는 경우에 적용되며, 자회사가 아닌 회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되고 자회사로 편입하는 경우는 해당하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부했습니다. 이러한 피고의 거부처분에 불복한 농협금융지주가 소송을 제기하며 분쟁이 시작되었습니다.
금융지주회사가 자회사가 아니었던 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 동시에 해당 법인을 자회사로 편입하는 경우가 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제3호 후단에서 규정하는 '지주회사가 자회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우'에 해당하여 취득세 및 농어촌특별세가 감면되는지 여부입니다.
법원은 원고(농협금융지주)의 청구를 기각하며, 피고(서대문구청장)가 내린 취득세 및 농어촌특별세 경정거부처분은 적법하다고 판단했습니다. 이에 따라 농협금융지주는 이미 납부한 세금을 환급받을 수 없게 되었습니다.
법원은 조세법률주의의 원칙에 따라 조세감면 규정은 엄격하게 해석해야 한다고 보았습니다. 특히, 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제3호 후단의 '지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우'는 지주회사가 '기존의 자회사' 주식을 추가로 취득하여 과점주주가 되는 경우에 한정되며, 지주회사가 기존에 자회사가 아니었던 법인의 주식을 취득하여 새롭게 자회사로 편입하는 경우는 포함되지 않는다고 판단했습니다. 이는 해당 감면규정의 입법 취지가 지주회사의 설립이나 전환을 통한 기업 구조조정을 지원하는 것이지, 새로운 지배관계 창설이나 기업 집단 확장을 장려하는 것이 아니라는 점, 그리고 공정거래법 및 금융지주회사법의 관련 규정 등을 종합적으로 고려한 결과입니다. 또한, 거래의 궁극적인 목적이 동일하더라도 거래 방식을 어떻게 선택했는지에 따라 조세상의 대우가 달라질 수 있으므로, 원고의 실질과세 및 조세평등 원칙 위배 주장은 받아들여지지 않았습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제120조 제6항 제3호의 해석입니다. 해당 규정은 '독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 지방세법 제7조 제5항을 적용하지 아니한다'고 되어 있습니다.
법원은 이 감면규정 후단의 '지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우'를 엄격하게 해석했습니다.
조세법률주의와 감면요건의 엄격 해석: 대법원 판례(2009두11372)에 따라, 조세법규의 해석은 법문대로 해석해야 하며, 특히 특혜규정인 감면요건은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합합니다.
문언적 해석: 법원은 해당 규정 후단이 '지주회사가 기존 자회사의 주식을 추가로 취득하여 과점주주가 되는 경우'에 적용된다고 보는 것이 문언상 자연스러운 해석이며, 지주회사가 일반 회사를 새로 자회사로 편입하는 것까지 포함하는 것은 법률 문언의 통상적인 의미를 벗어난 확장해석이라고 판단했습니다.
입법 취지: 이 감면규정의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 세제 혜택을 주어 기업의 구조조정을 지원하려는 것입니다(대법원 2011두2781 판결 등). 지주회사가 기존의 지배 관계가 없던 회사를 자회사로 편입하는 것은 지배 관계를 새로 창설하고 기업 집단을 확장하는 행위로, 이는 지주회사로의 전환이라는 입법 취지에 포섭하기 어렵고, 새로운 자회사 편입까지 장려하는 것으로 확대 해석하기 어렵다고 보았습니다.
관련 법령의 취지: 이 감면규정 신설 당시 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(1999. 12. 28. 법률 제6043호로 개정된 것) 제8조의2 제1항 제3호는 지주회사가 자회사 외의 국내회사 주식 소유를 제한했습니다. 또한, 금융지주회사법 제16조, 제17조는 금융지주회사가 새로 자회사를 편입할 때 금융위원회의 승인을 받아야 하며, 이 과정에서 경쟁 제한 여부를 공정거래위원회와 협의해야 하는 등 엄격한 요건과 절차를 규정하고 있습니다. 이러한 관련 법령의 취지를 고려할 때, 감면규정이 지주회사의 새로운 자회사 편입까지 지원하려는 것이라고 보기는 어렵다고 판단했습니다.
실질과세 및 조세평등 원칙: 원고는 거래 방식을 달리하면 감면을 받을 수 있었다고 주장했으나, 법원은 거래 당사자가 선택한 법률관계에 따라 조세 내용이 결정되며, 궁극적인 목적이 동일하다고 하여 법적 형식의 차이에도 불구하고 실질이 같다고 볼 수 없다고 판단했습니다.
결론적으로, 법원은 조세감면 규정을 엄격하게 해석하여 지주회사가 '자회사가 아닌 법인'을 '새로이 자회사로 편입'하며 과점주주가 된 경우에는 간주취득세 감면 대상에 해당하지 않는다고 판시했습니다.
조세 감면 규정은 그 특혜적 성격 때문에 법률의 문언에 따라 엄격하게 해석되므로, 세금 혜택을 기대하는 경우 관련 법규의 정확한 의미와 적용 범위를 면밀히 확인해야 합니다. 지주회사 설립이나 자회사 편입 등 기업 구조조정 과정에서 세금 감면을 고려할 때는, 거래의 형태(예: 기존 자회사 주식 추가 취득, 비자회사 주식 취득을 통한 신규 자회사 편입)에 따라 감면 여부가 달라질 수 있으므로 신중한 접근이 필요합니다. 특히, 세금 감면의 입법 취지가 기업의 구조조정 지원에 있는 만큼, 새로운 지배 관계 창설이나 기업 집단 확장을 목적으로 하는 거래에는 감면 적용이 제한될 수 있다는 점을 염두에 두어야 합니다. 동일한 목적을 달성할 수 있는 여러 가지 거래 방식이 존재하더라도, 각 방식이 가지는 법적 형식에 따라 조세상의 내용이나 범위가 달라질 수 있으므로, 거래 방식을 선택할 때는 조세 효과를 충분히 고려해야 합니다. 관련 법령에 대한 해석이 모호하다고 느껴진다면, 법률 전문가와의 상담을 통해 정확한 법리 해석을 확인하고 거래를 진행하는 것이 위험을 줄일 수 있습니다.
