서울지방국세청장의 세무조사 결정 중 일부를 취소한 사건

주식회사 A는 서울지방국세청장이 2012년 3월 21일 내린 세무조사 결정 처분에 대해 취소를 구하는 행정소송을 제기했습니다. 이 결정은 과거 두 차례의 세무조사 이후 이루어진 것으로 특히 법인세와 부가가치세 부분이 쟁점이 되었습니다. 1심 법원은 법인세 부분에 대한 취소를 명하고 부가가치세 부분은 각하했으나 항소심에서는 부가가치세 조사 결정 중 일부도 위법하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 서울지방국세청장의 세무조사 결정에 불복하여 취소를 구한 회사 (원고, 피항소인, 부대항소인)
• 서울지방국세청장: 주식회사 A에 대해 세무조사 결정을 내리고 소송의 상대방이 된 기관 (피고, 항소인, 부대피항소인)
• 대전지방국세청장: 주식회사 A에 대해 2010년에 1차 세무조사를 실시했던 기관

분쟁 상황

주식회사 A는 2010년 2월 25일부터 대전지방국세청으로부터 1차 세무조사를 받았고 2011년 7월 6일에는 서울지방국세청장으로부터 2차 세무조사 결정을 받았습니다. 이후 서울지방국세청장은 2012년 3월 21일 다시 주식회사 A에게 새로운 세무조사 결정을 통보했습니다. 이 결정은 주식회사 A의 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세와 2010년 법인세 등 여러 과세 기간에 대한 조사였으며 회사는 이 세무조사 결정이 부당하다며 그 취소를 구하는 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

서울지방국세청장의 세무조사 결정 처분 중 법인세 및 부가가치세 부분의 위법성 여부와 세무조사가 완료된 후에도 세무조사 결정 처분 취소를 구할 소송을 제기할 법적 이익이 있는지 여부

법원의 판단

항소심 법원은 서울지방국세청장이 2012년 3월 21일 주식회사 A에게 내린 세무조사 결정 처분 중 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 부분을 취소했습니다. 그러나 2010년 법인세 부분에 대한 1심 법원의 피고 패소 부분은 취소하고 해당 법인세 부분에 대한 주식회사 A의 청구는 기각했습니다. 결과적으로 부가가치세 조사 결정의 일부는 취소되고 법인세 조사 결정은 적법하다고 판단된 것입니다. 소송 총비용 중 80%는 서울지방국세청장이 나머지는 주식회사 A가 부담하도록 했습니다.

결론

세무조사가 완료된 이후에도 그 결정의 위법성을 다툴 법률상 이익이 인정되며 본 사건 세무조사 결정 중 부가가치세 일부는 위법하다고 판단되어 취소되었으나 법인세 부분은 적법하다고 판단되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 세무조사 결정 처분 취소 소송으로 주로 '국세기본법'이 관련 법령으로 적용됩니다. 특히 국세기본법 제81조의4 제2항 및 국세기본법 시행령 제63조의2는 세무조사 기간, 조사 범위, 조사 대상 세목 등 세무조사의 기본 원칙과 중복 조사의 제한을 규정하고 있습니다. 본 판결에서는 세무조사가 완료된 후에도 세무조사 결정 처분의 위법성을 다툴 소송의 이익이 있다는 대법원의 판례(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두13203 판결 등)를 인용하여 국민의 권리 구제 및 행정의 적법성 확보 측면에서 세무조사 결정의 취소를 구하는 소송이 적법함을 인정했습니다.

참고 사항

세무조사 결정 처분이 내려진 경우 해당 조사가 이미 끝났더라도 그 결정의 위법성을 다툴 수 있는 법률상 이익은 인정될 수 있습니다. 세무조사 결과에 불복할 필요가 있다고 판단되면 심판청구 또는 행정소송을 고려할 수 있습니다. 특히 과거의 세무조사와 중복되거나 조사 범위가 부당하다고 느껴지는 부분이 있다면 관련 자료를 철저히 준비하여 대응하는 것이 중요합니다. 세무조사 기간, 조사 범위, 조사 대상 세목 등 세부 내용을 명확히 확인하고 대응해야 합니다.