행정
주상복합 아파트를 건설한 회사가 토지를 취득하고 등기할 당시, 일부 상업용 등 비주거용 부분에 대해 주거용과 동일한 낮은 등록세율을 적용하여 신고했습니다. 이에 지방자치단체는 주상복합 건물의 등록 당시 확인되는 용도별 면적 비율에 따라 비주거용 부분에 대해 중과세율을 적용하여 추가로 세금을 부과했습니다. 회사는 건축물의 최종 사용승인 시점에 용도가 확정되므로 그 시점을 기준으로 세금을 부과해야 한다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 등록세 납세의무는 등기 시점에 성립하며, 이때 객관적인 용도에 맞춰 세율을 적용해야 한다고 보아 회사의 청구를 기각하고 지방자치단체의 추가 세금 부과가 정당하다고 판결했습니다.
골든시그너스 주식회사는 경기도 하남시 내 토지를 취득하여 주상복합 아파트를 건설했습니다. 해당 지역은 과밀억제권역에 해당하므로, 법인이 주택건설용 외의 목적으로 부동산을 등기하는 경우 등록세 중과세율이 적용됩니다. 회사는 2006년 5월 건축허가 신청 후 토지를 취득하고 등기를 마쳤는데, 이때 전체 토지에 대해 주거용 건물에 제공됨을 전제로 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고 납부했습니다. 그러나 하남시는 회사가 신고한 등록세가 주거용과 비주거용 면적 비율을 제대로 반영하지 않아 과소 신고되었다고 판단했습니다. 특히 당초 건축허가 신청 시 제출된 서류상 무상귀속 예정 토지 면적이 최종 확정된 면적과 차이가 있었고, 무상귀속에 대한 확정적인 합의 시점도 토지 취득 및 등기 이후로 보였습니다. 이에 하남시는 2009년 2월 11일, 등록세 8억 2,478만여 원, 지방교육세 1억 5,313만여 원, 농어촌특별세 391만여 원 등 총 약 9억 8천만 원의 세금을 추가로 부과했습니다. 회사는 건축물의 용도가 최종 사용승인 시에 확정되므로 그 시점의 용도 비율에 따라 세액을 결정해야 한다며 이 부과처분이 위법하다고 주장했지만, 법원은 등기 시점의 객관적 용도를 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다.
주상복합 건물의 토지 등기 시 등록세를 신고 납부할 때, 건물의 용도별 면적을 어떻게 구분하여 세율을 적용해야 하는지, 그리고 건축물 사용승인으로 용도가 최종 확정되기 이전이라도 등기 시점의 객관적인 용도에 따라 중과세율을 적용한 추가 세금 부과가 적법한지 여부가 쟁점이었습니다. 특히 서울특별시와 같은 과밀억제권역에서 법인이 부동산을 취득하여 등기하는 경우, 주택건설용이 아닌 부분에 대해서는 중과세율이 적용되는지 여부가 중요하게 다루어졌습니다.
법원은 원고의 항소를 기각하고, 피고인 경기도 하남시장이 골든시그너스 주식회사에 부과한 등록세 등 세금 부과처분이 정당하다고 판결했습니다. 즉, 최초 토지 등기 시점에 원고가 등록세를 과소 신고 납부했다고 판단하여 지방자치단체의 추가 세금 부과 처분이 적법하다고 본 것입니다.
법원은 부동산 등록세 납세의무가 등기 시점에 성립하며, 이때 해당 부동산의 객관적인 사용 목적과 용도에 맞게 세율을 적용하여 신고 납부해야 한다고 강조했습니다. 주상복합 건물의 경우 주거용과 비주거용 부분을 명확히 구분하여 해당 세율을 적용해야 하며, 최초 신고 납부 시 이러한 구분이 제대로 이루어지지 않아 세액이 부족했다면, 건축물 사용승인 시 용도가 최종 확정되기 전이라도 지방자치단체의 증액 경정 처분은 정당하다고 판단했습니다.
이 사건은 주로 지방세법에 규정된 등록세 납세의무의 성립 시기와 중과세율 적용 기준에 대한 법리를 다루고 있습니다.
유사한 문제 상황에 처하게 될 경우 다음 사항들을 참고할 수 있습니다. 첫째, 주상복합 건물과 같이 여러 용도로 사용되는 부동산을 등기할 때는 등기 시점에서 각 용도별 면적 비율을 객관적으로 명확히 구분하여 등록세를 신고 납부해야 합니다. 특히 과밀억제권역과 같이 특정 조건에서 중과세율이 적용될 수 있는 지역에서는 주거용과 비주거용의 구분이 더욱 중요합니다. 둘째, 부동산의 최종 용도가 건축물 사용승인 시점에 확정된다 하더라도, 등록세 납세의무는 등기 시점에 발생하며 이때의 객관적인 용도가 세금 산정의 기준이 됩니다. 만약 최초 신고 시 오류가 있었거나 등기 이후 용도 변경 등 후발적 사유로 세액이 달라질 경우, 지방세기본법에서 정하는 '수정신고'나 '경정청구' 제도를 통해 추가 납부하거나 환급받을 수 있습니다. 셋째, 공공시설로 '무상귀속'될 토지가 있는 경우, 해당 토지의 면적 및 위치, 무상귀속에 대한 확정적인 합의 시점을 토지 취득 및 등기 이전에 명확히 해두는 것이 세금 관련 분쟁을 예방하는 데 중요합니다.
