민자고속도로 보수 비용의 법인세 부과처분 취소 사건

A 주식회사는 B 고속도로의 건설, 관리, 운영을 하는 민자 사업시행자입니다. 원고는 2012년부터 2016년 사업연도 동안 절토사면 보수, 졸음쉼터 설치, 아스팔트 포장 보수 등 고속도로 유지보수 공사비 약 57억 7천만원을 수익적 지출인 수선비로 보아 법인세를 신고했습니다. 그러나 김해세무서장은 이 비용을 새로운 '자본적 지출'에 해당하는 '임차자산개량권' 등 별도의 감가상각자산을 취득한 것으로 보아 손금불산입하고, 2016 사업연도 법인세 11억 8천만원(가산세 포함)을 부과했습니다. 법원은 원고가 지출한 공사비가 기존 시설관리운영권에 대한 수익적 또는 자본적 지출일 뿐, 이와 별개의 새로운 감가상각자산을 취득한 것으로 볼 수 없다고 판단하여 피고의 법인세 부과처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: B 고속도로의 건설, 관리 및 운영을 목적으로 설립된 법인으로, 민자고속도로의 사업시행자입니다.
• 피고 김해세무서장: 원고에게 2016 사업연도 법인세 약 11억 8천만원을 부과한 과세관청입니다.

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 B 고속도로 운영사로서 절토사면 보수, 졸음쉼터 설치, 아스팔트 포장 보수 등 다양한 유지보수 공사를 진행하고, 이 비용을 수익적 지출인 수선비 또는 기존 시설관리운영권에 대한 자본적 지출로 처리하여 법인세 신고를 했습니다. 그러나 피고 김해세무서장은 이 공사비용이 기존 자산의 가치를 증가시키고 내용연수를 연장하는 '자본적 지출'이면서, 동시에 '임차자산개량권'과 같이 기존 관리운영권과는 별개의 새로운 유형 또는 무형 감가상각자산을 취득한 것으로 보았습니다. 이에 따라 해당 비용 중 감가상각 범위액을 초과하는 부분을 손금으로 인정하지 않고 법인세를 추가 부과하면서 분쟁이 발생했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 A 주식회사가 B 고속도로 유지보수를 위해 지출한 공사비가 기존의 사회기반시설 관리운영권(무형자산)에 대한 수익적 지출 또는 자본적 지출에 해당하는지, 아니면 '임차자산개량권'과 같은 이와는 별개의 새로운 유형 또는 무형 감가상각자산을 취득하는 데 사용된 비용인지 여부입니다. 이는 법인세 과세 시 해당 비용을 즉시 손금으로 인정할 것인지, 아니면 새로운 자산으로 보아 감가상각을 통해 손금으로 인정할 것인지를 결정하는 중요한 기준이 됩니다.

법원의 판단

재판부는 피고(김해세무서장)가 원고(A 주식회사)에게 부과한 2016 사업연도 법인세 1,181,056,450원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다고 판결했습니다. 소송비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 A 주식회사가 지출한 고속도로 유지보수 공사비가 기존에 보유하고 있던 사회기반시설 관리운영권이라는 무형자산에 대한 수익적 또는 자본적 지출로 보아야 하며, 이로 인해 기존 관리운영권과 별개인 새로운 감가상각자산을 취득했다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 이는 '일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 기업회계기준'을 존중해야 한다는 국세기본법과 법인세법의 원칙에 따른 것으로, 회계기준과 관련 법령에 새로운 자산 취득 비용 처리 기준이 명확하지 않은 상황에서 회사의 일관된 회계처리 방식을 무시하고 과세관청이 임의로 새로운 자산 취득으로 간주하는 것은 타당하지 않다고 보았습니다. 따라서 피고의 법인세 부과처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결은 여러 법률과 회계기준을 종합적으로 적용하여 내려졌습니다. 주요 관련 법령 및 법리는 다음과 같습니다.

• 국세기본법 제20조 (기업회계의 존중)​ 및 법인세법 제43조 (기업회계기준의 적용)​: 이 조항들은 세무공무원이 국세 과세표준을 조사·결정할 때, 납세의무자가 계속 적용하고 있는 기업회계 기준이나 관행이 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 경우에는 이를 존중해야 함을 명시합니다. 이는 세법에 특별한 규정이 없는 한, 기업의 회계처리가 우선적으로 존중되어야 한다는 '기업회계 존중의 원칙'을 확립합니다. 이 사건에서 법원은 원고가 채택한 일반기업회계기준에 따라 지출을 처리한 것이 위법하지 않다고 보았습니다.

• 법인세법 제23조 (감가상각비의 손금불산입)​ 및 법인세법 시행령 제24조 (감가상각자산의 범위), 제31조 (감가상각비의 계산)​: 법인세법은 고정자산에 대한 감가상각비를 손금으로 인정하는 범위와 방식을 규정하고 있습니다. 시행령 제24조는 유형 및 무형고정자산의 범위를 정하며, 제31조는 감가상각자산을 취득하거나 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상하는 경우 상각범위액을 계산하도록 합니다. 이 사건에서 피고는 이 사건 공사비가 새로운 감가상각자산을 취득하는 비용이라고 주장했으나, 법원은 이를 기존 무형자산(시설관리운영권)에 대한 지출로 판단했습니다.

• 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 (정의), 제4조 (민간투자사업의 추진 방식), 제26조 (시설관리운영권의 설정 등)​: 민간투자법은 사회기반시설사업의 정의와 추진 방식, 그리고 사업시행자에게 시설관리운영권을 설정하는 근거를 규정합니다. 특히, 제26조 제1항은 사회기반시설을 건설하여 국가에 기부채납한 사업시행자에게 일정 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 사용료를 징수할 수 있는 시설관리운영권을 부여합니다. 이 사건에서 원고는 이 법에 따라 B 고속도로에 대한 관리운영권을 설정받았으며, 공사비 지출로 인해 취득한 것이 시설물 자체의 소유권이 아닌 관리운영권의 일부 또는 그에 대한 지출로 보았습니다.

• 도로법 제2조 (정의) 및 도로법 시행령 제2조, 제3조: 도로법은 도로 및 그 부속물의 범위를 규정합니다. 판결문에서는 휴게시설, 도로안전시설, 도로관리시설, 교통관리시설, 낙석방지시설 등 다양한 시설물이 도로의 부속물에 해당함을 언급하며, 이러한 시설물의 소유권이 대한민국에 귀속되고 사업시행자는 그 관리운영권만 가진다는 점을 뒷받침했습니다.

• 일반기업회계기준 (무형자산 및 유형자산 정의, 자본적 지출)​: 법인세법령에 감가상각자산 취득에 대한 정의나 구체적 기준이 없는 경우, 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 기업회계기준이 적용됩니다. 일반기업회계기준은 유형자산과 무형자산을 정의하고, 무형자산 취득 또는 완성 후 지출이 자본적 지출로 처리되는 조건을 명시합니다. 이 사건에서 법원은 원고의 회계기준이 일반기업회계기준에 부합하며, 무형자산 취득 후 지출을 자본적 지출로 처리할지, 새로운 자산 취득 비용으로 처리할지에 대한 명확한 구별 기준이 없으므로, 원고의 회계처리를 존중해야 한다고 보았습니다.

참고 사항

회사가 자산에 지출하는 비용이 수익적 지출(즉시 비용 처리)인지 자본적 지출(자산으로 처리 후 감가상각)인지, 또는 새로운 자산의 취득인지 판단하는 것은 법인세 계산에 매우 중요합니다. 유사한 상황에서는 다음 사항을 고려해야 합니다.

• 회계처리 일관성 유지: 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따라 일관된 방식으로 회계처리를 하는 것이 중요합니다. 세법에 특별한 규정이 없는 한, 기업의 회계처리는 존중됩니다.
• 지출의 성격 명확화: 지출이 기존 자산의 원상회복이나 능률 유지에 기여하는지, 아니면 자산의 내용연수를 연장하거나 가치를 실질적으로 증가시키는지 명확히 판단하여 기록해야 합니다. 또한, 그 지출로 인해 기존 자산과 별개인 새로운 자산이 생성되는지 여부를 신중하게 검토해야 합니다.
• 증빙자료 철저히 보관: 공사 내역, 지출 목적, 비용 발생 경위 등을 상세히 기록하고 관련 계약서, 설계도, 공사 보고서 등 모든 증빙자료를 철저히 보관해야 합니다. 이는 과세관청의 조사에 대응할 때 중요한 근거가 됩니다.
• 법인세법 및 시행령 확인: 법인세법 및 시행령에서 감가상각자산의 범위, 자본적 지출과 수익적 지출의 구분, 소액 수선비 처리 등에 대한 규정을 숙지하고 적용해야 합니다. 특히, 기존 자산에 대한 자본적 지출 중 소액 기준(예: 자산가액의 5% 미만 등)에 해당하는 경우 수익적 지출로 처리할 수 있는 규정이 있는지 확인하는 것이 좋습니다.
• 무형자산의 특성 고려: 시설관리운영권과 같은 무형자산에 대한 지출은 물리적 실체가 있는 유형자산과 달리 판단 기준이 복잡할 수 있습니다. 지출이 기존 무형자산의 '식별 가능성'이나 '분리 가능성'을 가진 새로운 무형자산을 형성하는지 여부를 검토해야 합니다.