양도소득세 부과 처분 취소 청구 사건

원고는 양도소득세 부과 처분에 불복하여 이 사건 제3 토지의 취득가액이 검인계약서에 기재된 5억 5천만 원이라고 주장하였고, 개별공시지가가 없는 비공시토지의 기준시가 산정 방식이 잘못되었다고 주장하며 경정거부처분 취소를 구했습니다. 법원은 이 사건 제3 토지의 취득가액에 대해서는 검인계약서의 추정력을 부정하며 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다. 비공시토지의 기준시가 산정 방식은 토지가격비준표를 적용하지 않은 위법이 있다고 인정했지만, 피고가 부과한 세액이 정당하게 산정될 세액보다 낮거나 같으므로 전체 과세 처분이 위법하다고 볼 수 없어 취소할 수 없다고 판단했습니다. 결국 원고의 항소는 기각되었습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 양도소득세 부과 처분에 불복하여 그 취소를 구한 개인입니다.
• 피고 분당세무서장: 원고에게 양도소득세를 부과하고 경정청구를 거부한 기관의 장입니다.
• 제1심 공동원고 B: 원고 A와 함께 소송을 제기했으나 항소를 취하하여 별도로 확정된 공동원고입니다.

분쟁 상황

원고 A는 2016년 귀속 양도소득세로 11억 1천3백여만 원을 부과받자 그중 일부의 취소를 청구하고 양도소득세 경정청구를 거부당하자 이에 대한 취소도 함께 구했습니다. 주된 다툼은 토지 매매 시 취득가액을 얼마로 볼 것인지와 개별공시지가가 없는 토지의 기준시가를 세무서가 산정한 방식이 적법한지 여부였습니다. 원고는 검인계약서상 금액을 취득가액으로 주장했으나 세무서는 이를 인정하지 않았고, 비공시토지의 기준시가 산정 시 토지가격비준표 적용 없이 단순히 표준지 공시지가를 적용한 것에 대해 원고가 문제 제기하였습니다.

핵심 쟁점

이 사건 제3 토지의 실제 취득가액이 검인계약서상의 금액인지 혹은 원고가 신고한 금액인지 여부와 개별공시지가가 없는 비공시토지의 기준시가를 산정할 때 토지가격비준표를 사용하지 않은 것이 위법한지 여부가 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

원고의 항소를 기각하고 항소 비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이는 제1심판결, 즉 양도소득세 부과 처분은 적법하고 경정청구 거부 처분도 취소할 수 없다는 판단이 옳다고 본 것입니다.

결론

원고 A는 이 사건 제3 토지의 취득가액 주장이 받아들여지지 않았고 비록 비공시토지의 기준시가 산정 방식에 위법이 있었지만 결과적으로 부과된 세액이 정당한 세액보다 높지 않아 취소할 수 없다는 법원의 판단에 따라 양도소득세 부과 처분을 취소하지 못하고 항소 비용까지 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

1. 양도소득세 취득가액 산정 (구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목, 구 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 제2호): 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액은 취득 당시의 실제 거래가액을 확인하기 어려울 때 환산가액으로 계산할 수 있으며, 환산가액은 양도 당시의 실제 거래가액에 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가 비율을 곱하여 산정합니다.
2. 검인계약서의 추정력 (대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 등 참조): 매매 당사자들이 작성하고 시장, 군수 등의 검인을 받은 계약서는 특별한 사정이 없는 한 실제 계약 내용대로 작성되었다고 추정됩니다. 그러나 계약서 내용이 실제와 다르다는 점은 이를 주장하는 사람이 입증해야 하며, 이 사건에서는 원고의 과거 신고 내역과 다른 증거 등으로 검인계약서 내용이 실제와 다르다는 것이 입증되었다고 보았습니다.
3. 토지의 기준시가 산정 (구 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목, 구 소득세법 시행령 제164조 제1항): 토지의 기준시가는 개별공시지가를 따르며 개별공시지가가 없는 토지는 납세지 관할 세무서장이 인근 유사 토지를 표준지로 보고 토지가격비준표에 따라 평가한 가액으로 해야 합니다. 표준지를 특정하지 않거나 비준표를 따르지 않고 기준시가를 정하는 것은 위법합니다(대법원 2014. 4. 10. 선고 2013두25702 판결 참조).
4. 위법한 과세처분 취소의 범위 (대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조): 과세처분이 위법한지 여부는 부과된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부로 판단합니다. 과세관청이 세액 산출 과정에서 실수를 저질렀더라도 최종 부과된 세액이 정당하게 산출될 세액의 범위를 넘지 않는다면 그 처분을 위법하다고 하여 취소할 수는 없습니다. 이 사건에서는 비공시토지의 기준시가 산정 방식에 위법이 있었지만, 그 방식이 오히려 납세자에게 유리하게 작용하여 정당 세액보다 낮은 세액이 부과되었으므로 과세처분 취소 사유가 되지 않는다고 판단했습니다.
5. 새로운 기준시가 고시 전 취득/양도 시 적용 (구 소득세법 시행령 제164조 제3항): 새로운 기준시가가 고시되기 전에 토지를 취득하거나 양도하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용합니다.

참고 사항

1. 실제 거래가액 입증의 중요성: 부동산 매매 시 양도소득세 산정을 위해 취득가액을 명확히 입증할 수 있는 자료(계좌이체 내역, 영수증 등)를 철저히 보관해야 합니다. 검인계약서라 하더라도 다른 객관적인 증거와 모순될 경우 실제 거래가액으로 인정되지 않을 수 있습니다. 특히 다운계약서 작성 여부가 문제 될 수 있는 상황에서는 더욱 주의해야 합니다.
2. 세금 신고의 신중함: 납세자가 과거에 세금 신고 시 스스로 기재했던 내용(예: 취득가액)은 이후 주장을 번복하기 어려운 중요한 증거가 될 수 있습니다. 자신에게 유리한 내용이라고 생각하더라도 실제와 다른 내용을 신고하는 것은 위험합니다.
3. 개별공시지가 없는 토지의 기준시가 산정: 개별공시지가가 없는 토지의 기준시가를 세무서가 산정할 때 인근 유사 토지를 표준지로 선정하고 토지가격비준표에 따라 평가하는 것이 원칙입니다. 만약 세무서가 이 절차를 따르지 않았다면 과세처분 자체에 위법성이 있을 수 있습니다.
4. 과세처분 취소의 한계: 과세처분의 산정 방식에 위법이 있더라도 결과적으로 부과된 세액이 정당하게 산정될 세액보다 적거나 동일한 경우라면 해당 과세처분을 취소하기는 어렵습니다. 법원은 정당한 세액의 범위를 초과하는 경우에만 취소를 인정합니다.
5. 객관적인 사실 확인: 토지의 지형지세, 지목 등은 기준시가 산정에 중요한 요소입니다. 주관적인 주장보다는 객관적인 조사 결과(예: 측량감정, 토지특성조사표)를 통해 사실관계를 명확히 확인하고 제시하는 것이 중요합니다.