경기도 무상귀속 조건 부동산 취득세 부과 처분 취소 사건

L 주식회사는 평택항 배후단지 내에 건축물을 취득하고 지방자치단체인 경기도에 임대기간 종료 후 무상으로 귀속될 조건으로 취득했으므로 취득세 비과세 대상이라고 주장하며 취득세 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 평택시는 처음에는 비과세 결정을 했으나, 이후 총 4억 1천만원 가량의 취득세 및 관련 세금을 부과했습니다. L 사는 기존 비과세 결정 번복의 위법성, 신뢰보호 원칙 위반, 부과제척기간 도과 등을 주장했습니다. 1심에서는 L 사의 손을 들어주었으나, 2심 법원은 1심 판결을 취소하고 L 사의 청구를 기각하며 평택시의 세금 부과 처분이 정당하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 원고 L 주식회사 (이전 A 주식회사): 평택항 배후단지 내 건축물을 취득하고 취득세 등 부과처분을 받은 법인.
• 피고 평택시 안중출장소장: L 주식회사에 취득세 및 관련 세금을 부과한 지방자치단체장.
• 경기도: L 주식회사와 실시협약을 맺고 건축물의 귀속 여부에 대한 권한을 가진 지방자치단체.

분쟁 상황

L 주식회사는 평택항 C 1단계 배후단지 내에 창고, 물류센터 등의 건축물을 취득하고 소유권보존등기를 마쳤습니다. 이 건축물은 경기도와의 실시협약에 따라 임대기간 만료 시 경기도에 무상으로 귀속되거나 원상회복해야 하는 조건이 있었습니다. L 주식회사는 이 조건을 근거로 취득세 비과세 대상이라고 주장하며 평택시에 신청했고, 평택시는 2014년과 2016년에 비과세 결정을 했습니다. 그러나 2019년 5월 13일, 평택시는 L 주식회사에 취득세 285,119,730원, 지방교육세 16,292,550원, 농어촌특별세 20,365,690원 등 총 321,777,970원과 추가로 취득세 134,400,000원, 지방교육세 7,680,000원, 농어촌특별세 9,600,000원 등 총 151,680,000원을 포함한 부과처분을 내렸습니다. 이에 L 주식회사는 이 부과처분을 취소해 달라는 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 건축물이 지방세법상 '국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산'에 해당하여 취득세 비과세 대상인지, 피고의 종전 비과세 결정이 수익적 행정행위이며 이를 취소한 처분이 위법한지, 피고의 비과세 결정이 신뢰보호의 원칙에 따라 존중되어야 하는지, 취득세 부과제척기간이 도과하여 세금을 부과할 수 없는지 여부가 이 사건의 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하며 소송 총비용은 원고가 부담하도록 결정했습니다.

결론

법원은 L 주식회사의 건축물 취득 및 소유권보존등기 당시 경기도에 귀속될 것이 사실상 확정되었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 실시협약상 경기도가 무상귀속 또는 원상회복을 선택할 권한이 유보되어 있었고, L 주식회사가 건축물을 제3자에게 양도할 수 있었으며, 건축물의 주용도와 '국가비귀속' 명시 등의 사정을 종합할 때 비과세 요건을 충족하지 못한다고 보았습니다. 또한, 기존 비과세 처리가 조세법률관계에서 정확한 세액을 부과할 의무를 이행한 것이므로 수익적 행정행위로 볼 수 없고, 신뢰보호 원칙이 적용될 공적 견해 표명이나 비과세 관행도 존재했다고 보지 않았습니다. 마지막으로, 취득세 부과제척기간은 건축물 취득일로부터 60일 신고·납부 기한의 다음 날부터 5년이 계산되며, 피고의 부과처분은 이 기간 내에 이루어져 제척기간이 도과되지 않았다고 판단했습니다.

연관 법령 및 법리

지방세법 제9조 제2항은 국가나 지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해 취득세를 부과하지 않는다고 규정합니다. 그러나 대법원 판례는 이러한 비과세 혜택을 받기 위해서는 '부동산을 취득하고 등기할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다'고 해석하고 있습니다. 이 사건에서는 실시협약에 무상귀속과 원상회복 중 선택권이 있었고 제3자 양도 가능성 등 때문에 귀속이 사실상 확정되었다고 보기 어렵다고 판단되었습니다. 조세법률관계에서는 부과권자와 납세자 간의 금전채권·채무관계로서 조세법 원칙 외에 재량의 여지가 없습니다. 따라서 과세 관청이 잘못된 비과세 처리를 한 경우, 이를 시정하여 정당한 세금을 부과하는 것은 의무이며, 이는 일반 행정법상 '수익적 행정행위의 취소'나 '철회'에 요구되는 공익과 사익의 비교교량 같은 재량 요소가 고려되지 않습니다. 신뢰보호의 원칙이 적용되려면 과세관청이 납세자에게 신뢰할 만한 공적인 견해를 표명하고, 납세자가 이에 따라 행위를 하여 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 합니다. 단순히 잘못된 비과세 처리만으로는 공적 견해 표명이나 비과세 관행이 성립되었다고 보기 어려우며, 과세 관청이 과세 가능성을 알면서도 특별한 사정 때문에 과세하지 않겠다는 의사가 있어야 합니다. 구 지방세법 제20조 제1항 및 구 지방세기본법 제38조 제1항 제3호에 따라 지방세의 부과제척기간은 일반적으로 취득일로부터 60일 이내 신고·납부 기한의 다음 날부터 5년입니다. 구 지방세법 제20조 제3항은 비과세 대상이었던 물건이 사후적으로 과세 대상으로 전환될 때 적용되는 규정으로, 당초부터 과세 대상이었던 이 사건 건축물에는 해당되지 않는다고 판단되었습니다.

참고 사항

지방자치단체 등에 부동산을 귀속시키는 조건으로 취득하더라도, 실제 귀속이 '사실상 확정'된 상태여야 취득세 비과세 혜택을 받을 수 있습니다. 계약서에 무상귀속 또는 원상회복 중 선택권이 유보되어 있거나, 제3자에게 양도할 수 있는 권한이 있다면 비과세 요건을 충족하지 못할 수 있으므로 주의해야 합니다. 과세 관청이 이전에 비과세 결정을 내렸다고 해도, 나중에 그 결정이 잘못된 것으로 밝혀지면 과세 관청은 이를 시정하여 세금을 부과할 수 있습니다. 이러한 경우 일반적으로 '수익적 행정행위의 취소'나 '신뢰보호의 원칙' 위반으로 인정되기 어렵습니다. 취득세 부과제척기간은 일반적으로 취득일로부터 60일 이내 신고·납부 기한의 다음 날부터 5년입니다. 이 기간을 정확히 확인하여야 하며, 비과세 대상이 사후적으로 과세 대상으로 전환되는 경우에 적용되는 제척기간 규정은 당초부터 과세 대상이었던 경우와 다를 수 있음을 알아두어야 합니다. 지방세 관련 계약을 체결할 때는 관련 법규에 따라 비과세 여부를 명확히 확인하고, 비과세 조건이 충족되는지 사전에 충분히 검토하는 것이 중요합니다.