가짜 세금계산서로 인한 부가가치세 부과 처분 사건

원고 주식회사 A는 유사투자자문업을 하는 법인으로 2017년과 2018년에 주식회사 B로부터 소프트웨어 개발 및 주식 AI 프로그램 서비스 명목으로 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 신고하며 매입세액을 공제받았습니다. 그러나 과세당국의 조사 결과, B이 실제 용역 제공 없이 원고에게 허위 세금계산서를 발급한 것으로 판명되어, 피고 서대문세무서장은 원고에게 2017년 제1기분 110,925,240원과 2018년 제2기분 33,627,320원의 부가가치세를 추가로 부과했습니다. 이에 원고는 해당 세금계산서가 허위가 아니며 실제 용역을 제공받았다고 주장하며 부과 처분 취소 소송을 제기했으나, 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고 피고의 부가가치세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고(주식회사 A): 유사투자자문업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 주식회사 B로부터 소프트웨어 개발 및 주식 AI 프로그램 서비스를 명목으로 세금계산서를 발급받아 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제하였으나, 해당 세금계산서가 허위로 판단되어 부가가치세를 추가 부과받게 되자 소송을 제기했습니다.
• 피고(서대문세무서장): 주식회사 A가 수취한 세금계산서가 실제 용역의 제공 없이 발급된 허위 세금계산서라고 판단하여, 주식회사 A에게 해당 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 추가 부과한 과세관청입니다.
• 주식회사 B: 원고 주식회사 A에게 소프트웨어 개발 및 주식 AI 프로그램 서비스 명목으로 세금계산서를 발급했으나, 실제 용역 제공 없이 허위로 발급한 것으로 과세당국과 법원에 의해 판단된 법인입니다.
• C: 주식회사 B의 실질적인 대표자로, 허위 세금계산서 발급과 관련하여 조세범처벌법 위반 혐의로 수사를 받았습니다.
• D: 주식회사 B의 명의상 대표자이자 원고 주식회사 A의 IT 팀장으로 근무했던 인물로, 허위 세금계산서 발급과 관련하여 조세범처벌법 위반 혐의로 수사를 받았습니다.

분쟁 상황

원고 주식회사 A는 유사투자자문업 등을 영위하는 법인으로, 2017년 제1기부터 2018년 제2기 사이에 주식회사 B로부터 총 공급가액 394,545,455원 상당의 세금계산서를 발급받아 부가가치세 신고 시 이를 매입세액으로 공제했습니다. 구체적으로 2017년 6월 5일에는 소프트웨어 개발 용역 명목으로 230,000,000원 상당의 세금계산서를, 2018년 12월 28일에는 주식 AI 프로그램 서비스 명목으로 164,545,455원 상당의 세금계산서를 받았습니다. 그러나 역삼세무서장이 주식회사 B에 대한 조사를 실시한 결과, B이 실제 용역 제공 없이 원고에게 위 세금계산서를 발급하였다고 판단하고, B의 실질 및 명의상 대표자를 조세범처벌법 위반 혐의로 고소함과 동시에 이 사실을 피고 서대문세무서장에게 통보했습니다. 이에 피고는 원고에 대한 법인통합조사를 통해 원고가 실제 용역을 공급받지 않고 세금계산서를 수취했다고 판단하여, 해당 매입세액을 공제하지 않는 것으로 처리하고 2022년 12월 1일 원고에게 2017년 제1기분 부가가치세 110,925,240원 및 2018년 제2기분 부가가치세 33,627,320원, 합계 144,618,220원을 추가로 부과하는 처분(이 사건 각 처분)을 내렸습니다. 원고는 이 사건 각 처분이 부당하다고 주장하며, B으로부터 받은 세금계산서가 허위가 아닌 실제 용역 대가로 수수된 것이라고 주장하면서 부가가치세 부과 처분 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

본 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

1. 원고 주식회사 A가 주식회사 B으로부터 발급받은 '소프트웨어 개발 용역'(2017년 제1기분) 및 '주식 AI 프로그램 서비스'(2018년 제2기분)에 대한 세금계산서가 실제 재화나 용역의 제공 없이 허위로 작성된 것인지 여부입니다.
2. 위 세금계산서가 허위로 판단될 경우, 이를 근거로 원고가 매입세액을 공제받은 것에 대한 피고 서대문세무서장의 부가가치세 부과 처분이 적법한지 여부입니다.

법원의 판단

1. 원고의 청구를 모두 기각합니다.
2. 소송비용은 원고가 부담합니다. 이는 피고 서대문세무서장이 2022년 12월 1일 원고 주식회사 A에 대하여 한 2017년 제1기분 110,925,240원 및 2018년 제2기분 33,627,320원의 부가가치세 부과 처분이 정당하다고 판단한 것입니다.

결론

법원은 원고가 주식회사 B으로부터 발급받은 제1세금계산서(소프트웨어 개발 용역 관련)와 제2세금계산서(주식 AI 프로그램 서비스 관련) 모두 실제 재화나 용역의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었다고 판단했습니다. 원고가 제출한 '소프트웨어 개발 위탁계약서'는 내용이 추상적이고 구체적이지 않아 형식적으로 작성된 것에 불과하며, 용역 대금 지급 내역 또한 계약 내용과 불일치하고 회계 장부상 대여금으로 계상되어 실제 용역 대금 지급으로 인정하기 어렵다고 보았습니다. 또한, 주식 AI 프로그램 서비스와 관련해서는 이를 뒷받침할 객관적인 자료가 부족하며, 관련 이메일 내용 또한 계약 체결 전 조건을 논의하는 것으로 보여 실제 서비스 이용 계약이 체결되었음을 증명하기에 부족하다고 판단했습니다. 수사기관의 불송치 결정이 있었으나, 행정재판은 이에 구속되지 않고 독립적으로 증거를 판단할 수 있다는 점도 명확히 했습니다. 결론적으로 법원은 원고가 실제 용역을 공급받았다는 주장을 인정하기에 부족하다고 보아 원고의 청구를 모두 기각하고, 피고의 부가가치세 부과 처분이 정당하다고 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령 및 법리는 다음과 같습니다.

1. 부가가치세법상 매입세액 공제 요건 (현행 부가가치세법 제38조, 구 제17조)​

   • 법리 설명: 부가가치세법은 사업자가 사업과 관련하여 재화나 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있도록 규정하고 있습니다. 이는 사업자가 최종 소비자에게 부가가치세를 전가하기 전에, 생산 및 유통 과정에서 이미 부담한 부가가치세를 공제해 주어 이중 과세를 방지하고 세금 부담을 합리화하기 위한 제도입니다. 그러나 이 매입세액 공제는 '실제로 재화나 용역이 수수된 거래'를 전제로 합니다. 따라서 실제 재화나 용역의 공급 없이 형식적으로만 발급된 '허위의 세금계산서'에 기재된 매입세액은 공제 대상이 될 수 없습니다.
   • 사례 적용: 원고 주식회사 A는 주식회사 B로부터 발급받은 소프트웨어 개발 및 주식 AI 프로그램 서비스 관련 세금계산서의 매입세액을 공제받았으나, 법원은 B이 실제 용역을 제공하지 않고 원고에게 세금계산서를 허위로 발급했다고 판단했습니다. 이에 따라 법원은 원고가 매입세액을 공제받을 수 없다고 보아, 피고 서대문세무서장의 부가가치세 부과 처분이 정당하다고 판시했습니다.

2. 과세처분 취소소송에서의 증명책임 분배 (대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등)​

   • 법리 설명: 과세처분의 위법을 다투어 그 취소를 구하는 행정소송에서는 원칙적으로 과세처분이 적법하다는 점과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청(피고)에게 있습니다. 그러나 예외적으로, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 실제 재화나 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 '상당한 정도로 증명'되어 해당 거래가 가공거래인지 여부가 다투어지는 경우에는, 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자(원고)가 이를 증명할 필요가 있다는 것이 대법원의 확립된 법리입니다. 이는 과세관청이 모든 가공거래의 실체를 완벽하게 입증하기 어려운 현실적 제약을 고려한 것입니다.
   • 사례 적용: 본 사건에서 법원은 피고 서대문세무서장이 주식회사 B에 대한 조사 결과, B의 대표자 진술, 원고가 제출한 계약서의 추상성 및 대금 지급 내역의 불일치 등을 근거로 제1, 2세금계산서가 허위로 작성되었다는 점을 '상당한 정도로 증명'했다고 보았습니다. 따라서 증명책임은 원고에게 전환되었고, 원고는 B으로부터 실제 용역을 공급받았다는 사실을 입증해야 했으나, 이를 충분히 증명하지 못하여 패소했습니다.

3. 수사기관의 불송치·불기소처분과 행정소송 판단의 독립성 (대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등)​

   • 법리 설명: 수사기관의 불송치 또는 불기소처분은 형사사법기관이 형사법적 관점에서 범죄 혐의가 없거나 증거가 불충분하다고 판단한 것에 불과합니다. 반면, 행정소송은 행정처분의 적법성을 행정법적 관점에서 심리하는 절차이므로, 행정법원은 수사기관의 결정에 구속받지 않고 독자적인 증거조사와 자유심증에 따라 사실을 인정하고 판단할 수 있습니다. 즉, 형사사건에서 무혐의 처분을 받았다고 해서 반드시 행정소송에서도 유리한 결론이 나오는 것은 아닙니다.
   • 사례 적용: 주식회사 B의 실질 및 명의상 대표자들이 조세범처벌법 위반 혐의로 수사를 받았으나 증거불충분으로 불송치 결정이 있었던 사실이 인정되었습니다. 그러나 법원은 이 불송치 결정이 제1세금계산서가 허위가 아니라고 판단하는 데 별다른 장애가 되지 않는다고 명확히 밝혔습니다. 이는 행정소송이 수사기관의 판단과 독립적으로 증거를 평가한다는 원칙을 재확인한 것입니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때 참고할 만한 사항은 다음과 같습니다.

1. 거래의 실질 증명 중요성: 세금계산서가 허위 거래로 의심받는 경우, 납세의무자는 해당 거래가 실제로 이루어졌음을 명확히 증명할 책임이 있습니다. 단순히 세금계산서와 계약서가 존재한다는 사실만으로는 부족하며, 실제 용역이나 재화가 오고 갔음을 입증할 수 있는 다양한 객관적 증거를 확보해야 합니다.
2. 계약서의 구체성: 용역 계약서 등을 작성할 때는 용역의 구체적인 범위, 내용, 수행 기간, 대금 지급 방법 및 기한 등을 명확하게 명시해야 합니다. 추상적이거나 일반적인 내용만 담긴 계약서는 형식적으로 작성된 것으로 판단될 수 있습니다.
3. 금융거래 및 회계처리 일관성: 용역 대금의 지급 시기와 금액이 계약 내용과 일치해야 하며, 회계 장부상으로도 해당 금원이 용역 대가로 명확히 계상되어야 합니다. 다른 명목(예: 대여금)으로 처리된 경우 실제 용역 대금으로 인정받기 어려울 수 있습니다.
4. 객관적인 용역 수행 증거: 소프트웨어 개발이나 프로그램 서비스 등 무형의 용역이라면, 개발 과정에서의 커뮤니케이션 기록, 중간 보고서, 완성된 프로그램의 실제 사용 내역, 프로그램의 기능이나 성능에 대한 구체적인 자료 등 용역이 실제 수행되었음을 뒷받침할 수 있는 증거를 철저히 보관해야 합니다.
5. 관련자 진술의 신빙성: 관련자의 진술은 일관성이 있어야 하며, 해당 거래에 대해 충분히 인지하고 있음을 보여야 합니다. 거래의 핵심 당사자가 거래 내용을 모른다고 진술하는 경우, 이는 허위 거래의 강력한 증거가 될 수 있습니다.
6. 수사기관 판단과의 독립성: 형사사건에서의 불송치 또는 불기소 결정은 행정소송에 직접적인 영향을 주지 않습니다. 행정법원은 독자적인 증거 판단에 따라 과세처분의 적법성을 심리하므로, 형사사건의 결과와 별개로 행정소송에 대비해야 합니다.