에너지 시설 투자 세액공제가 지방소득세에 적용되는지 다툰 판결

발전업을 영위하는 A 주식회사가 2013년 에너지절약시설에 투자하여 법인세 세액공제 대상을 지출했으나 최저한세 미달로 일부를 공제받지 못하고 이월했습니다. 2014년 지방세법이 개정되어 법인 소득에 대한 지방세 과세체계가 '부가세 방식'에서 '독립세 방식'인 법인지방소득세로 변경되었습니다. A 주식회사는 2014년부터 2018년까지의 법인지방소득세 신고 시 이월 공제를 적용하지 않았습니다. 이후 개정된 지방세법의 경과규정을 근거로 2014년부터 2018년까지의 법인세 이월공제 효과가 법인지방소득세에도 미친다고 주장하며 세금 환급을 청구했으나, 지방자치단체들은 이를 거부했습니다. 법원은 개정 세법 부칙의 '종전의 규정'은 구 지방세법 본칙만을 의미하며, 구 조세특례제한법은 해당되지 않으므로 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: A 주식회사의 소송을 이어받은 주식회사 B로, 발전소 및 발전시설 건설과 운영을 목적으로 하는 법인
• 피고: 서울특별시 강남구청장, 인천광역시 서구청장, 포항시 남구청장, 포항시 북구청장, 광양시장, 신안군수, 화성시장으로, 원고의 법인지방소득세 경정청구를 거부한 지방자치단체장들

분쟁 상황

A 주식회사는 2013년에 에너지절약시설에 약정된 금액을 투자하며 구 조세특례제한법에 따라 법인세 세액공제 대상 투자비를 지출했습니다. 그러나 최저한세 규정 때문에 해당 사업연도에 세액공제를 모두 받지 못했고, 그 잔여분을 다음 연도로 이월하여 공제받을 수 있는 권리를 보유하게 되었습니다. 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서, 기존에는 법인세액의 10%를 지방세로 부과하던 '부가세 방식'의 지방소득세가 '법인세 과세표준'을 기준으로 하는 '독립세 방식'의 법인지방소득세로 완전히 바뀌었습니다. 법 개정 이후 A 주식회사는 2014년부터 2018년까지 법인세 신고 시에는 이전 연도에 발생한 세액공제 이월분을 적용하여 세금을 감면받았지만, 새로 독립된 법인지방소득세 신고 시에는 이 이월공제를 적용하지 않았습니다. 이후 A 주식회사는 개정된 지방세법 부칙 제15조(경과규정)에 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 조항이 있음을 발견했습니다. 회사는 이 경과규정을 근거로 2013년 투자에 대한 법인세 이월공제 효과가 2014년 이후의 법인지방소득세에도 적용되어야 한다고 주장하며, 당초 납부했던 법인지방소득세에 대한 환급을 청구했습니다. 그러나 서울 강남구청장 등 여러 지방자치단체들은 A 주식회사의 이러한 경정청구를 거부했고, 이에 주식회사 B(A 주식회사의 소송수계인)가 거부처분 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

지방세법 개정으로 법인세 세액을 기준으로 하는 지방소득세(부가세 방식)가 법인세 과세표준을 기준으로 하는 법인지방소득세(독립세 방식)로 변경되었을 때, 종전의 구 조세특례제한법에 따른 법인세 이월 세액공제가 변경된 법인지방소득세에도 적용될 수 있는지 여부. 특히 개정된 지방세법 부칙의 경과규정인 '종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 조항이 구 조세특례제한법에 따른 법인세 세액공제 이월분에도 적용되는지 여부가 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 원고 주식회사 B가 피고 지방자치단체장들을 상대로 제기한 법인지방소득세 경정거부처분 취소 청구를 모두 기각했습니다. 소송에 필요한 비용은 원고가 부담하도록 결정했습니다.

결론

법원은 개정 지방세법 부칙의 경과규정에서 언급하는 '종전의 규정'은 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 의미한다고 보았습니다. 따라서 구 지방세법 본칙에 포함되지 않고 이 사건 개정 대상도 아닌 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등은 '종전의 규정'에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 또한 구 조세특례제한법은 법인세에 대한 세액공제·이월공제 규정일 뿐, 지방소득세 감면을 정한 규정이 아니라고 보았습니다. 구 지방세법 본칙 규정들 역시 지방소득세 법인세분의 산출방법만을 규정했을 뿐, 직접 지방소득세 감면 등을 명시한 것은 아니라고 보았습니다. 결론적으로 이 사건에는 '장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정'이 존재한다고 볼 수 없으므로, 원고가 이 사건 투자비를 지출하면서 종전 규정에 따른 조세감면을 신뢰했다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과하며 보호받을 기득권으로 볼 수 없다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

이 판례는 세법 개정 시 부칙에 포함된 경과규정의 해석과 납세자의 신뢰보호 원칙의 적용 범위에 대한 중요한 기준을 제시합니다.

1. 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제25조의2, 제144조 제1항: 이 조항들은 에너지절약시설 투자에 대한 법인세 세액공제와 그 공제액을 일정 기간(5년) 이월하여 공제받을 수 있도록 규정하고 있었습니다. 이는 법인세법상의 혜택으로, 지방소득세에 직접적인 감면을 규정한 것은 아닙니다.
2. 개정 지방세법 부칙 제15조 (이 사건 경과규정)​: 이 규정은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 명시하여 신·구 법령 적용의 기준을 제시했습니다. 법원은 이 '종전의 규정'을 개정 대상인 구 지방세법 본칙으로 한정하여 해석했습니다.
3. 신뢰보호의 원칙: 납세자가 과거 법규정에 근거하여 형성된 법적 지위나 기대에 대해 보호받아야 한다는 원칙입니다. 그러나 법원은 '단순한 기대'와 '기득권에 갈음하여 마땅히 보호되어야 할 정도의 신뢰'를 구분하며, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시 유효했던 종전 규정이 '장래의 한정된 기간 동안 과세요건의 충족이 있는 경우에도 비과세, 면제, 유예한다'는 내용을 명시적으로 규정하지 않은 경우에는 단순한 기대에 불과하여 보호 가치가 없다고 보았습니다. 이 판결은 세법 해석 시 경과규정의 문언적 의미와 해당 규정의 입법 목적을 엄격하게 적용하여, 포괄적인 세법 혜택의 이월 적용을 제한하는 기준을 확립했습니다.

참고 사항

세법이 개정되어 과세 체계가 근본적으로 변경되는 경우, 특히 기존의 '부가세 방식'에서 '독립세 방식'으로 전환될 때에는 경과규정의 적용 범위와 해석에 대한 주의가 필요합니다. '종전의 규정'이라는 문구가 있더라도, 이는 해당 법률의 이전 조항만을 의미할 수 있으며, 다른 법률(예: 조세특례제한법)에서 정한 세액공제나 감면 규정까지 포괄적으로 포함하는 것은 아닐 수 있습니다. 따라서 법 개정 시 관련 경과규정의 문구와 제정 취지를 면밀히 살펴보아야 합니다. 특정 투자나 행위로 인해 발생한 세제 혜택(세액공제, 이월공제 등)은 해당 혜택을 명시적으로 규정한 법률 조항이 있어야만 유효합니다. 단순히 '세금 절감에 대한 기대'만으로는 법적 보호를 받기 어렵습니다. 과거에 발생한 세액공제 이월분이 새로운 세금 체계에 어떻게 적용될지에 대해서는 법 개정 시의 부칙이나 관련 유권해석, 판례 등을 반드시 확인해야 합니다. 애매한 경우 세무 전문가와 상담하여 법적 근거를 확보하는 것이 중요합니다. 세법 해석의 원칙상 조세 감면 조항은 엄격하게 해석되는 경향이 있으므로, 납세자에게 유리한 해석이 당연히 적용될 것이라고 단정해서는 안 됩니다.