다세대주택 양도 시 실거래가액 인정 여부 및 세금 감면 다툼 사건

원고 A는 2002년 B으로부터 다세대주택 9개 호실을 취득하여 2016년 약 19억 1,500만 원에 양도했습니다. 양도소득세를 신고할 때 원고는 1세대 1주택 비과세와 신축주택감면 특례를 적용하여 약 9,039만 원을 신고·납부했습니다. 그러나 피고 송파세무서장은 세무조사 후 원고가 제출한 매매계약서(쟁점계약서)의 신뢰성을 인정하기 어렵다고 판단하여 취득가액을 환산취득가액으로 적용하고, 1개 호실을 제외한 7개 호실의 신축주택감면을 부인하여 약 7,531만 원의 양도소득세를 추가로 경정·고지했습니다. 원고는 이에 불복하여 이의신청과 조세심판청구를 거쳐 행정소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 2002년 다세대주택 9개 호실을 취득하여 2016년 양도한 납세의무자
• 피고 송파세무서장: 원고 A에게 양도소득세를 경정·고지한 세무당국
• B: 원고 A에게 다세대주택을 양도한 주택건설사업자이자 원고의 동생 남편

분쟁 상황

원고 A는 다세대주택 9개 호실을 양도하면서 양도소득세 신고 시 실제 취득가액이 10억 원이라고 기재된 '쟁점계약서'를 근거로 실지취득가액 적용과 특정 호실에 대한 신축주택감면을 주장했습니다. 하지만 세무당국은 세무조사 과정에서 쟁점계약서가 실제 거래를 반영하는 것으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 계약서의 인영이 다른 공식 문서와 다르고, 계약금과 잔금의 지급 방식(대여금 상계, 복잡한 융자 승계 등)이 금융거래내역과 불일치하며 일반적인 거래 관행에 이례적인 점이 많아 쟁점계약서의 신뢰성이 낮다고 판단했습니다. 이에 세무당국은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 적용하는 환산취득가액으로 취득가액을 다시 계산하고, 신축주택감면은 검인계약서상 매매계약일을 기준으로 이미 입주가 확인된 7개 호실에 대해서는 적용하지 않아 원고에게 추가 세금을 부과했습니다. 원고는 쟁점계약서의 진정성과 그 내용에 따른 세금 감면을 요구했으나, 세무당국은 증거 불충분을 이유로 과세 처분을 유지했고, 법원 역시 세무당국의 판단이 적법하다고 보았습니다.

핵심 쟁점

원고가 제출한 매매대금 10억 원의 쟁점계약서가 실제 취득가액을 증명하는 실지거래가액으로 인정될 수 있는지, 그리고 신축주택감면 특례 적용 시 매매계약일이 쟁점계약서에 기재된 2002. 11. 5.로 인정되어야 하는지 여부 및 이에 따른 감면 적용 호실 수가 주요 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

결론

법원은 다음과 같은 이유로 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다. 첫째, 취득가액과 관련하여 원고가 제출한 쟁점계약서의 진정성립을 인정하기 어렵다고 보았습니다. 쟁점계약서에 날인된 B의 인영이 다른 계약서와 육안으로 다르며, 쟁점계약서의 제출 경위에 대한 원고의 진술이 일관되지 않았습니다. 설령 진정성립을 인정하더라도 계약금 1억 원과 잔금 9억 원(은행 융자 1억 8,000만 원 및 임대차보증금 5억 6,000만 원 승계, 나머지 1억 6,000만 원 현금 지급)의 지급 내역이 금융거래내역과 일치하지 않고, 거래 관행에 비추어 이례적인 점들이 많아 10억 원을 실지거래가액으로 인정하기 어렵다고 판단했습니다. 따라서 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 피고가 적용한 환산취득가액에 따른 양도소득세 부과는 적법하다고 보았습니다. 둘째, 신축주택감면과 관련하여 쟁점계약서의 진정성립 및 그 기재 내용을 인정하기 어려우므로 쟁점계약서상의 매매계약일인 2002. 11. 5.을 감면 요건 판단 기준으로 삼을 수 없다고 보았습니다. 대신 이 사건 주택 검인계약서의 매매계약일이자 소유권이전등기 원인일인 2002. 11. 25.을 기준으로 판단해야 하며, 이 날짜 이전에 입주 사실이 확인되는 7개 호실에 대한 감면 부인은 적법하다고 판단했습니다. 결론적으로 피고의 양도소득세 부과 처분은 적법하다고 판단했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 중요한 법령 및 법리는 다음과 같습니다. 첫째, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호 나목은 양도소득세 계산 시 취득가액의 산정 기준을 규정하고 있습니다. 일반적으로는 '실지거래가액'을 취득가액으로 보지만, 만약 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 또는 '환산취득가액' 등을 순차적으로 적용하여 취득가액을 계산합니다. 본 사건에서는 원고가 제시한 쟁점계약서의 신뢰성이 인정되지 않아, 법원은 실지거래가액을 확인할 수 없다고 판단하고 세무당국이 적용한 환산취득가액에 따른 과세가 정당하다고 보았습니다. 둘째, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호는 특정 요건을 충족하는 신축주택을 취득한 경우 양도소득세를 감면해주는 특례를 제공합니다. 이는 주택 시장 침체 시 미분양 해소와 건설경기 부양을 목적으로 하며, 감면 요건 중 하나는 '매매계약일 현재 입주 사실이 없어야 한다'는 것입니다. 법원은 이러한 조세 감면 혜택의 입법 취지를 고려할 때, 감면을 주장하는 납세의무자가 '매매계약일 현재 입주 사실이 없었음'을 입증해야 한다고 보았습니다. 원고의 경우 쟁점계약서의 매매계약일을 인정받지 못했고, 검인계약서상의 매매계약일을 기준으로 판단할 때 일부 호실은 이미 입주 사실이 확인되어 감면 요건을 충족하지 못한다고 판단되었습니다. 셋째, 조세감면 요건에 대한 입증책임 원칙(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조)에 따라, 조세 감면의 혜택을 받고자 하는 납세의무자는 해당 감면 규정의 요건을 갖추었음을 과세관청에 입증해야 할 책임이 있습니다. 본 사건에서도 신축주택감면 특례를 주장하는 원고가 감면 요건을 충분히 입증하지 못했다고 판단되었습니다.

참고 사항

부동산 거래 시 계약서는 매우 중요하므로, 가능한 한 공신력 있는 기관의 검인을 받거나 중개인을 통해 작성하여 신뢰성을 확보하는 것이 중요합니다. 거래대금 지급 내역은 계약금, 중도금, 잔금 모두 명확한 금융거래 기록으로 남겨두는 것이 좋습니다. 특히 대출 상계, 대여금 상계, 임대보증금 승계 등 복잡한 거래 방식은 관련 차용증, 대여금 내역, 상계 합의서 등 증빙 자료를 철저히 보관해야 합니다. 가족 간 또는 특수관계인 간의 부동산 거래는 세무조사 시 더욱 엄격하게 실거래 여부를 검토하므로, 모든 증빙 자료를 객관적으로 명확히 준비하고 서류를 보관해야 합니다. 양도소득세 감면 혜택을 받기 위해서는 법령에서 정한 요건을 정확히 이해하고 충족해야 하며, 매매계약일, 입주 여부 등의 사실관계는 객관적인 자료(예: 전입세대 열람 내역, 임대차 계약서 등)로 입증할 수 있어야 합니다. 세금 신고 대리인이 잘못 신고한 경우라도 최종적인 책임은 납세의무자 본인에게 있으므로, 신고 내용을 꼼꼼히 확인하고 필요한 경우 직접 증빙 자료를 제출하여 소명해야 합니다. 세금 관련 분쟁 발생 시, 과세전적부심사나 조세심판청구 등 적법한 절차를 통해 이의를 제기할 수 있으나, 각 단계에서 충분하고 객관적인 증거를 제시하는 것이 중요합니다.