세금 · 행정
주식회사 A는 마포세무서로부터 법인세 세무조사를 받아 장기간의 회계분식, 해외 특수목적법인을 통한 주식거래, 해외 자회사 기술이전 로열티 미수취, 국내외 계열사 상표권 사용료 미수취 등 여러 사유로 수천억 원대의 법인세 및 농어촌특별세를 부과받았습니다. 주식회사 A는 이에 불복하여 소송을 제기하였고, 법원은 세무조사 절차의 적법성과 회계분식이 조세포탈 목적의 '부정행위'에 해당함을 인정하면서도, 해외 특수목적법인을 통한 주식거래가 '부정행위'에 해당하지 않는다고 판단하여 2012사업연도 법인세 부당과소신고가산세 일부를 취소하였습니다. 나머지 청구는 기각되었습니다.
D그룹 계열사인 주식회사 A는 IMF 외환위기 당시 부실 계열사(G 등)를 흡수합병하는 과정에서 발생한 수천억 원 규모의 부실자산을 숨기기 위해 장기간 가공 기계장치 및 매출원가를 회계장부에 계상하는 방식으로 회계분식을 저질렀습니다. 이후 국세청의 세무조사를 통해 이러한 회계분식 사실이 드러나면서 주식회사 A는 2003년부터 2012년까지의 사업연도에 걸쳐 막대한 법인세 및 가산세를 추징받게 되었습니다. 또한, 주식회사 A가 홍콩에 설립한 특수목적법인을 통해 M 주식을 취득·매각하여 발생한 양도차익에 대한 신고 누락과, 중국 현지법인에 PTMG 제조 기술을 이전하고도 로열티를 받지 않은 점, 그리고 국내외 계열사들이 주식회사 A의 상표권을 사용하면서도 사용료를 지급하지 않은 점 등 국제거래 및 특수관계인 간 거래의 적정성에 대한 문제도 제기되어 추가적인 세금 부과가 이루어졌습니다. 주식회사 A는 이러한 과세처분에 대해 세무조사 절차의 위법성과 회계분식의 불가피성, 그리고 국제거래에 대한 과세의 부당함을 주장하며 행정소송을 제기하여 과세처분의 취소를 구했습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.
법원은 다음과 같이 판단하였습니다.
결론적으로, 2010사업연도 법인세 가산세 174,832,270원 취소 청구는 각하되었고, 2012사업연도 법인세 가산세 4,284,995,613원 부과처분은 취소되었으며, 주식회사 A의 나머지 청구는 모두 기각되었습니다.
법원은 주식회사 A의 청구 중 2010사업연도 법인세 가산세 1억 7천4백만 원에 대한 취소청구는 이미 감액되어 소의 이익이 없으므로 각하하고, 2012사업연도 법인세 부당과소신고가산세 42억 8천4백만 원 부분은 '부정행위' 요건이 충족되지 않음을 이유로 취소했습니다. 하지만 나머지 청구, 즉 회계분식 관련 본세 및 가산세, 해외 자회사 기술이전 로열티, 상표권 사용료 미수취 관련 부과처분 취소 청구는 모두 기각되었습니다.
이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.
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