법인 분할 후 부동산 취득 등록세 중과세 부과 취소 사건

회생 절차를 밟던 한 회사가 건설사업부문을 분할하여 새로운 회사를 설립했습니다. 이 신설 회사는 설립 후 서울 강동구에 있는 부동산을 103억 원에 매수하고 등록세를 납부했습니다. 하지만 강동구청장은 이 부동산 취득이 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내에 이루어진 것이므로 중과세 대상에 해당하며, 회사 분할도 중과세 면제 요건을 충족하지 못했다고 판단하여 추가 세금을 부과했습니다. 이에 신설 회사는 세금 부과 처분이 위법하다고 주장하며 소송을 제기했습니다. 법원은 신설 회사의 손을 들어주며, 적격 분할로 설립된 법인이 이후에 취득하는 부동산도 중과세 면제 대상이며, 이 회사의 분할은 법인세법상 적격 분할 요건을 충족했다고 판단하여 추가 세금 부과 처분 중 대부분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사: 회생 절차를 겪던 소외 1 주식회사의 건설사업부문이 분할되어 설립된 회사로, 부동산 취득 후 부과된 중과세에 불복하여 소송을 제기한 당사자입니다.
• 서울특별시 강동구청장: 원고 회사에 등록세와 지방교육세를 중과세하여 부과한 행정기관으로, 이 사건 소송의 피고입니다.
• 소외 1 주식회사: 건설업 등을 영위하다 부도 처리된 후 회사정리 절차를 통해 원고 회사를 분할 설립한 모회사입니다.
• 소외 2: 원고 회사에 이 사건 부동산을 103억 원에 매도한 개인 또는 법인입니다.

분쟁 상황

회생 절차를 거치던 소외 1 주식회사는 건설사업부문을 분할하여 원고 회사를 설립했습니다. 원고는 설립 이후 2004년 서울 강동구의 대지 및 건물을 103억 원에 매수하고 일반 세율에 따라 등록세 등을 신고·납부했습니다. 그러나 강동구청장은 원고 회사가 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득했으므로 중과세 대상에 해당하며, 회사 분할 또한 구 지방세법 시행령 제102조 제6항에서 규정하는 중과세 제외 요건을 충족하지 못했다고 보고, 누락된 취득부대비용 1억 5천만 원을 포함한 104억 5천만 원을 과세표준으로 하여 등록세 8억 5,801만 9,050원과 지방교육세 1억 5,897만 3,810원의 추가 세금을 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 이의신청과 심사청구를 거쳐 최종적으로 행정 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

법인 분할로 설립된 회사가 설립 등기 이후에 취득하는 부동산에 대해서도 등록세 등 중과세가 면제되는지 여부와, 이 사건 회사 분할이 법인세법 시행령에서 정하는 '자산 및 부채의 포괄적 승계' 등 적격 분할 요건을 충족하는지 여부가 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 서울특별시 강동구청장이 원고에게 부과한 등록세 8억 5,801만 9,050원 중 611만 4,150원을 초과하는 부분과 지방교육세 1억 5,897만 3,810원 중 113만 2,830원을 초과하는 부분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 소송 비용은 피고인 강동구청장이 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 원고 회사의 주장을 받아들여, 적격 분할을 통해 설립된 법인이 그 이후에 취득한 부동산에 대해서도 중과세가 면제되어야 한다고 보았고, 이 사건 회사 분할이 법인세법상의 적격 분할 요건을 충족했다고 판단하여 피고의 세금 부과 처분 중 대부분을 위법하다고 결정했습니다.

연관 법령 및 법리

• 구 지방세법 제138조 및 구 지방세법 시행령 제102조는 대도시 내 법인의 설립이나 부동산 취득 등 특정 등기에 대해 등록세 등을 중과세하도록 규정하고 있습니다. 이는 대도시로의 인구 및 산업 집중을 억제하기 위한 목적을 가집니다. 일반적으로 대도시 내 법인이 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득하면 중과세율이 적용될 수 있습니다. • 구 지방세법 시행령 제102조 제6항은 이러한 중과세에 대한 예외 규정으로, "분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다"고 명시하고 있습니다. • 이 사건 판례는 여기서 '이를'이라는 문구가 단순히 분할 법인의 설립 등기만을 의미하는 것이 아니라, 분할 신설 법인의 설립 등기 및 그 이후에 취득하는 부동산 등기까지 포함하여 중과세 대상에서 제외한다는 의미로 해석해야 한다고 보았습니다. 즉, 적격 분할로 설립된 법인은 설립 이후에 취득하는 부동산에 대해서도 등록세 등 중과세를 면제받을 수 있다는 법리를 확립했습니다. • 법인세법 시행령 제82조 제3항은 법인 분할이 세제상 혜택을 받기 위한 '적격 분할' 요건을 다음과 같이 규정합니다. • 제1호: 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할해야 합니다. 이 사건에서 건설사업부문은 독립적인 사업부문으로 인정되었습니다. • 제2호: 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되어야 합니다. 다만, 공동 사용 자산이나 채무자 변경 불가능 부채 등 재정경제부령이 정하는 예외는 인정됩니다. 피고는 일부 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되지 않았다고 주장했으나, 법원은 해당 항목들이 회수 불가능 채권, 건설사업과 무관한 자산이거나 분할 후 즉시 이전된 점 등을 들어 실질적으로 포괄 승계 요건을 충족했다고 판단했습니다. • 제3호: 분할법인만의 출자에 의하여 분할하는 것, 즉 물적 분할이어야 합니다. 이 사건 분할은 소외 1 주식회사만의 출자에 의한 물적 분할에 해당하여 이 요건도 충족했습니다.

참고 사항

• 법인 분할 시 세금 혜택을 받기 위해서는 법인세법 시행령 제82조 제3항에서 정하는 '적격 분할' 요건을 충실히 갖추었는지 확인하는 것이 매우 중요합니다. 특히, 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할해야 하며, 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 신설 법인에 승계되어야 합니다. 공동 자산이나 채무자의 변경이 어려운 부채 등 예외 항목에 대한 판단도 신중해야 합니다. • 대도시 내에서 법인 분할을 통해 신설 법인이 설립된 경우, 그 법인이 설립 등기 이후에 취득하는 부동산에 대해서도 적격 분할 요건을 충족했다면 중과세가 면제될 수 있다는 점을 인지해야 합니다. 이는 설립 등기 자체뿐만 아니라 이후의 부동산 취득에도 적용되는 중요한 원칙입니다. • 과세 당국이 분할 요건 충족 여부나 중과세 면제 규정의 해석에 대해 이견을 제시할 수 있으므로, 분할 계획 수립 단계부터 관련 법률 전문가와 충분히 상담하고, 모든 서류와 증빙 자료를 명확하게 준비하는 것이 필요합니다. 특히, 분할대차대조표 등 회계 자료는 분할 사업부문의 자산 및 부채가 어떻게 포괄적으로 승계되었는지를 명확히 보여줄 수 있어야 합니다. • 부과된 세금에 대해 불복할 경우, 이의신청이나 심사청구를 할 때 등록세와 같은 주된 세금뿐만 아니라 지방교육세와 같은 부가적인 세금까지 명확히 언급하여 청구 범위에 포함시키는 것이 좋습니다. 이 판례에서 지방교육세도 심사청구의 대상에 포함된 것으로 인정되었으나, 불필요한 논쟁을 피하기 위해 명확하게 기재하는 것이 바람직합니다.