법인 자금의 대표자 상여 처리로 인한 세금 부과 다툼 사건

원고 A 주식회사가 지급한 4억 2,900만 원(이 중 4억 950만 원)에 대해 과세 당국이 그 귀속이 불분명하다고 보아 대표자 상여로 소득 처분하고 이에 따른 부가가치세 및 종합소득세를 부과하자, 원고들이 이 처분의 취소를 청구했으나 법원은 이를 기각한 사건입니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분의 취소를 청구한 법인
• 원고 B: 부가가치세 및 종합소득세 부과처분의 취소를 청구한 A 주식회사의 실질적 대표자
• 피고 강남세무서장: 원고 A 주식회사와 원고 B에 대해 세금을 부과한 세무서장
• 피고 노원세무서장: 원고 B에 대해 종합소득세를 부과한 세무서장

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 2017년에 L 명의의 계좌로 2억 1,450만 원, 이 사건 매입처 명의의 계좌로 1억 9,500만 원 등 총 4억 950만 원을 지급했습니다. 과세 당국은 원고 B이 자신이 운영하는 사업체의 직원인 L을 내세워 ERP 프로그램 개발 비용을 부풀리거나 허위의 세금계산서를 발급받았다고 판단했습니다. 실제로 원고 회사가 L 또는 이 사건 매입처 명의 계좌로 지급한 돈의 대부분이 현금으로 인출되거나 원고 B에게 전달된 사실이 확인되었습니다. 원고들은 우즈베키스탄 개발자들에게 현금으로 개발비를 지급했거나 L이 원고 B에게 대여금으로 송금했다는 주장을 했으나, 개발용역계약서, 금전소비대차계약서 등 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못했습니다. 이로 인해 과세 당국은 이 금액을 원고 A 주식회사의 대표이사인 C과 원고 B의 '대표자 상여'로 간주하여 부가가치세와 종합소득세를 부과했습니다. 이에 원고들은 해당 세금 부과 처분을 취소해달라고 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

법인이 지출한 금액 중 그 귀속이 명확하지 않은 경우, 이를 법인의 대표자에 대한 상여로 보아 세금을 부과하는 과세 당국의 처분이 정당한지 여부와 이러한 귀속 불분명 금액에 대해 납세자가 그 귀속이 분명하다는 것을 증명할 책임이 있는지 여부가 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 원고들의 항소를 모두 기각하고 제1심 판결을 유지했습니다. 이에 따라 과세 당국이 원고 A 주식회사에 대해 내린 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지, 원고 B에 대해 내린 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 모두 정당하다고 보았습니다. 항소 비용은 원고들이 부담하게 되었습니다.

결론

법원은 원고들이 주장하는 4억 950만 원이 다른 곳에 분명하게 귀속되었다는 점을 객관적인 자료로 충분히 증명하지 못했다고 판단했습니다. 따라서 법인세법상의 '대표자 인정상여' 제도에 따라 이 돈을 원고 회사의 대표이사인 원고 B과 C에게 귀속된 상여로 보아 세금을 부과한 과세 당국의 처분이 정당하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법리는 다음과 같습니다. 첫째, 법인세법 제67조(소득처분) 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따르면, 법인의 수입금액이 외부로 유출되었지만 그 귀속이 명확하지 않은 경우, 과세 당국은 해당 금액을 법인의 대표자에게 귀속된 상여로 간주하여 소득 처분할 수 있습니다. 이는 세법상의 부당한 행위를 방지하고 공정한 과세를 실현하기 위한 제도입니다. 둘째, 대법원 판례(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등)는 이러한 경우에 그 돈의 귀속이 분명하다는 점에 대한 증명 책임은 납세의무를 주장하는 자, 즉 원고들에게 있다고 명시하고 있습니다. 본 사건에서 원고들은 법인 자금이 대표자에게 귀속된 상여가 아님을 충분히 증명하지 못했으므로, 법원은 과세 당국의 처분이 정당하다고 판단했습니다.

참고 사항

회사의 자금 지출에 있어서 그 사용 목적과 귀속처를 명확하게 문서화하는 것이 매우 중요합니다. 특히 개인 계좌로 자금을 이체하거나 현금으로 인출하는 경우에는 관련 계약서, 영수증, 사용 내역 등 객관적인 증빙 자료를 반드시 확보해야 합니다. 그렇지 않으면 과세 당국이 이를 대표자의 개인 소득(상여)으로 간주하여 추가 세금을 부과할 수 있으며, 이 경우 납세자가 그 귀속이 불분명하지 않다는 것을 스스로 증명해야 할 책임이 있습니다. 단순히 주관적인 주장만으로는 법적 분쟁에서 불리하게 작용할 수 있습니다.