세금 · 행정
사단법인 A는 회원들로부터 받은 부담금을 재원으로 운영하는 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세를 부과받았습니다. 이에 원고는 마포세무서장의 법인세 경정거부처분에 불복하여 소송을 제기했습니다. 원고는 회원들에게 지급되는 ‘부가금’이 이자비용으로서 수익사업의 손금에 산입되어야 하거나, 수익사업이 아닌 고유목적사업의 지출로 간주되어야 한다고 주장했습니다. 또한 퇴직급여 사업이 법인세법상 ‘급여사업’에 해당하지 않거나, 부담금 운용수익이 ‘기금조성사업’의 수익으로 비과세되어야 한다고 주장했습니다.
사단법인 A는 회원들의 부담금을 재원으로 운영되는 퇴직급여 사업을 영위하고 있었습니다. 2010 사업연도에 발생한 수익사업 소득에 대해 마포세무서장이 법인세를 부과하자 법인 A는 회원들에게 지급되는 ‘부가금’이 수익사업의 비용으로 공제되어야 하거나 전체 사업 자체가 비과세 대상인 고유목적사업으로 분류되어야 한다고 주장하며 법인세 경정거부처분 취소 소송을 제기했습니다. 법인 A는 특히 ‘부가금’을 부담금 납입에 대한 이자 성격으로 보아 손금으로 인정받고자 했으나 세무서장은 이를 받아들이지 않았습니다.
주요 쟁점은 다음과 같습니다. 1) 비영리법인이 회원들에게 지급하는 ‘부가금’을 수익사업의 소득을 얻기 위한 비용, 즉 이자비용으로 보아 법인세 계산 시 손금으로 산입할 수 있는지 여부. 2) 원고의 퇴직급여 사업이 법인세법상 ‘급여사업’으로 분류되어 수익사업에서 제외될 수 있는지 여부. 3) 회원들로부터 받은 ‘부담금’ 운용으로 발생하는 수익이 ‘기금조성사업’의 수익으로 간주되어 법인세 과세 대상에서 제외될 수 있는지 여부.
항소심 법원은 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각했으며 소송 총비용은 원고가 부담하도록 결정했습니다. 즉 법원은 사단법인 A가 주장한 부가금의 손금 산입, 퇴직급여 사업의 비수익사업 분류, 부담금 운용수익의 비과세 주장을 모두 받아들이지 않았습니다.
항소심 법원은 사단법인 A가 회원들에게 지급한 ‘부가금’이 수익사업의 소득을 얻기 위한 비용이 아니라 고유목적사업인 급여사업에 지출된 것으로 보아 수익사업의 손금으로 인정할 수 없다고 판단했습니다. 또한 원고의 퇴직급여 사업은 법인세법상 ‘급여사업’에 해당하며 수익성이 있는 사업으로 볼 수 없으므로 수익사업에서 제외될 수 없다고 보았습니다. 마지막으로 부담금 운용수익은 수익사업의 일환으로 발생한 소득이므로 고유목적사업의 재원조달에 사용된다고 해도 법인세 과세 대상에서 제외될 수 없다고 최종 판단했습니다.
구 법인세법 제3조 (과세소득 범위): 비영리법인은 수익사업에서 생기는 소득과 토지 등 양도소득에 대해서만 법인세가 부과됩니다. 이는 비영리법인의 모든 소득이 과세 대상이 되는 것은 아님을 명확히 합니다. 이 사건에서 원고는 부가금이 수익사업의 소득과 관련이 없거나 부담금 운용수익 자체가 비과세 대상이라고 주장했으나 법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 구 법인세법 제113조 제1항 (구분경리): 비영리법인이 수익사업을 운영할 경우 자산, 부채, 손익을 수익사업과 기타의 사업(고유목적사업 등)으로 각각 별개의 회계로 구분하여 경리해야 합니다. 이는 수익사업과 고유목적사업 간의 회계를 명확히 구분하여 과세의 투명성을 확보하기 위함입니다. 법원은 원고가 지급한 부가금이 고유목적사업 지출이므로 수익사업의 손금으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 구 법인세법 제29조 제1항 (고유목적사업준비금 손금산입): 비영리법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정 한도 내에서 해당 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입할 수 있습니다. 이는 비영리법인의 공익사업 수행을 지원하기 위한 제도이나 손금 산입에는 한도액이 정해져 있습니다. 법원은 부가금 전액을 수익사업 손금으로 인정하면 이 한도 규정이 무의미해진다고 보았습니다. 비영리법인의 손금 인정 범위 관련 법리: 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출하더라도 이는 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서만 손금에 산입할 수 있습니다. 법원은 대법원 판례를 인용하며 비영리법인이 임의로 고유목적사업 지출을 수익사업 비용으로 처리하여 손금산입하는 것은 허용되지 않는다고 판시했습니다. 수익사업 판단 기준 관련 법리: 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부는 해당 사업 자체가 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 영위되었는지에 따라 판단됩니다. 단순히 해당 사업에서 얻은 수익이 법인의 고유목적을 달성하기 위한 재원으로 사용된다는 이유만으로 수익사업이 아니라고 볼 수는 없습니다. 이 사건에서 법원은 원고의 퇴직급여 사업이 수익을 목적으로 운영되었다고 보기 어렵고 보험적 성격의 유무에 관계없이 급여사업에 해당한다고 보아 수익사업에서 제외되지 않는다고 판단했습니다. 또한 부담금 운용수익도 수익사업에 해당하며 고유목적사업의 재원 조달에 사용되더라도 과세 대상이 된다고 설명했습니다. 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 (비수익사업 정의): 기금조성사업 및 급여사업은 비수익사업으로 분류되어 비과세 대상이 될 수 있습니다. 그러나 법원은 원고의 퇴직급여 사업이 급여사업에 해당하더라도 그 실질이 수익성이 없는 공익 목적의 사업이어야 한다고 보았고 부담금 운용수익은 관련 법령 및 원고의 정관에서 수익사업으로 명시되어 있음을 지적하며 비과세 대상이 아니라고 판단했습니다.
비영리법인이 수익사업을 운영하고 있다면 해당 수익사업에서 발생하는 소득과 고유목적사업에서 발생하는 소득을 명확히 구분하여 회계 처리해야 합니다. 수익사업과 관련된 비용은 수익사업의 손금으로 인정받을 수 있지만 고유목적사업에 지출된 비용은 원칙적으로 수익사업의 손금으로 인정되기 어렵습니다. 다만 고유목적사업준비금을 계상한 경우 일정 한도 내에서 손금 산입이 가능하므로 이 제도를 활용하는 방안을 고려해야 합니다. 법인세법상 ‘급여사업’의 범위는 명칭보다는 사업의 실질적인 성격과 수익성 여부에 따라 판단되므로 비영리법인의 목적사업 관련 지출이 수익사업의 손금으로 인정될지 여부를 신중하게 검토해야 합니다. 회원들의 납입금(부담금)을 운용하여 수익이 발생했다면 이 수익이 고유목적사업의 재원으로 사용될지라도 법인세 과세 대상이 될 수 있음을 인지해야 합니다. 법인세는 소득의 발생 원천을 기준으로 과세하며 그 사용 목적만으로 비과세가 되지 않습니다.
