세금 · 행정
원고가 비상장 법인의 주식을 추가로 취득하여 전체 지분 70%의 과점주주가 되었으나 취득세 등을 신고하지 않아 피고인 구청장이 취득세 등 총 1억 3천 8백만 원을 부과한 처분에 대해, 원고가 자신이 이미 특수관계인과 사실혼 관계였으므로 새로 과점주주가 된 것이 아니라는 주장을 하며 부과 처분의 취소를 구한 사건입니다. 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고 청구를 기각했습니다.
주식회사 C는 2016년 7월 28일 설립된 부동산 매매 및 임대업 법인으로, 원고 A는 이 법인의 사내이사 겸 대표자였습니다. 원고는 2017년에 C 법인 주식의 40%(13,200주)를 보유하고 있었으며, 2021년 9월 26일 소외인 D로부터 9,900주를 추가로 양수하여 총 70%(23,100주)의 지분을 보유하게 되면서 과점주주가 되었습니다. 그러나 원고는 과점주주가 되었음에도 이에 대한 취득세 등을 신고하지 않았습니다. 이에 피고 부산광역시 강서구청장은 2023년 8월 31일 원고에게 취득세 본세 94,839,680원과 가산세 32,859,090원, 농어촌특별세 본세 9,483,960원과 가산세 1,402,240원을 포함하여 총 138,539,970원의 취득세 등 부과 처분을 내렸습니다. 원고는 자신이 소외인 D와 2016년 9월경부터 사실혼 관계를 맺어 세법상 특수관계인에 있었으므로, 주식 취득은 특수관계인 간의 지분 변동일 뿐 새로운 과점주주가 된 것이 아니기에 취득세 부과 처분은 위법하다고 주장하며 해당 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였습니다.
비상장 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되었을 때, 특수관계인과의 지분 변동으로 보아 간주취득세 과세 대상이 아닌지 여부입니다. 특히 사실혼 관계에 있는 배우자 간의 주식 거래가 세법상 특수관계인 간의 거래로 인정되어 과세 요건에 영향을 미치는지 여부가 쟁점입니다.
원고의 청구를 기각하고 소송 비용은 원고가 부담하도록 결정하였습니다. 이는 피고인 부산광역시 강서구청장이 원고에게 내린 취득세 등 부과 처분이 정당하다고 판단한 것입니다.
원고는 D로부터 주식을 양수하여 비상장 법인의 과점주주가 되었음에도 취득세를 신고하지 않았고, 사실혼 관계를 주장하며 과점주주에 해당하지 않는다고 항변했으나, 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다. 이에 따라 원고에게 부과된 취득세 등 총 1억 3천 8백만 원의 과세 처분은 유효하게 유지됩니다.
구 지방세법(2021. 12. 7. 법률 제18544호로 개정되기 전의 것) 제7조 제5항 (과점주주의 간주취득세): 이 조항은 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때, 그 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있습니다. 여기서 '과점주주'란 주주 1인과 그의 특수관계인의 소유 주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 의미합니다. 이 규정은 비상장법인의 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의로 처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 법인 재산에 대한 지배권을 행사한다고 보아, 주식 취득을 법인의 부동산을 취득한 것과 동일시하여 취득세를 부과하는 것입니다. 다만, 법인 설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 않습니다. 본 사건에서 원고는 주식 추가 취득으로 인해 기존 40%에서 70%로 지분율이 증가하여 과점주주가 되었으므로, 이 조항에 따라 부동산 취득세 부과 대상이 됩니다.
법인세법 제119조 (주식 등의 명의개서): 이 법조문은 주식 양도 시 명의개서에 관한 사항을 다루고 있으며, 본 사건의 직접적인 쟁점인 과점주주 간주취득세 부과와는 다소 거리가 있습니다. 판례 내용에서 관련 법리 해설에 구 지방세법만 주로 인용된 점을 볼 때, 법인세법 제119조는 일반적인 주식 거래의 법적 근거로 제시되었을 수 있으나, 간주취득세 판단에 직접적으로 적용되지는 않았습니다.
비상장 법인의 주식을 취득하여 과점주주(발행주식 총수의 50%를 초과하는 주식 소유)가 되는 경우, 해당 법인이 보유한 부동산을 취득한 것으로 간주되어 취득세가 부과됩니다. 이는 기존에 과점주주가 아니었던 주주가 추가 주식 취득으로 과점주주가 되거나, 이미 과점주주였던 주주가 지분 비율이 증가하는 경우 모두 과세 대상이 될 수 있습니다. 세법상 '특수관계인' 여부는 과점주주 판단 및 과세 여부에 중요한 영향을 미치므로, 주식 거래 전 관련 법규정을 면밀히 확인해야 합니다. 사실혼 관계는 세법상 특수관계인에 해당될 수 있으나, 본 판례에서는 이러한 사실혼 관계에 따른 주식 양수를 '새로운 과점주주가 되는 것'으로 보지 않는다는 원고의 주장을 법원이 받아들이지 않았습니다. 주식 취득 후 과세 당국으로부터 세금 부과 통지를 받으면 과세전적부심사나 이의신청, 조세심판청구 등 불복 절차를 통해 이의를 제기할 수 있습니다. 각 불복 절차에는 정해진 기한이 있으므로, 기한 내에 정확한 절차를 따라야 합니다. 세법은 복잡하고 자주 개정될 수 있으므로, 비상장 법인 주식 거래와 관련된 중요한 결정 전에는 반드시 최신 법령을 확인하고 전문가의 자문을 구하는 것이 필요합니다. 특히 과점주주 요건은 법인의 자산 규모에 따라 상당한 세금 부담으로 이어질 수 있으므로 주의해야 합니다.
