재개발 수용 토지 보상금 반환 후 양도소득세 부과 사건

원고 A는 2005년 부동산을 취득했으나, 해당 지역이 재정비촉진지구로 지정된 후 2013년 도로 부지로 수용되어 보상금을 받았습니다. 이후 2020년, 원고는 수령했던 보상금과 이자를 부산광역시에 반환하고, 이 사건 부동산에 관한 토지 등 소유자 지위와 조합원입주권 권리를 다른 사람들에게 양도했습니다. 원고는 이를 장기보유 자산 양도로 보고 양도소득세를 신고했으나, 피고인 부산진세무서장은 보상금 반환 시점에 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 새로이 취득한 것으로 보아 단기 양도거래로 판단했습니다. 이에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율 50%를 적용하여 양도소득세 212,887,090원을 추가로 부과했습니다. 원고는 이 처분이 위법하다고 주장하며 취소 소송을 제기했으나, 법원은 피고의 처분이 적법하다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 재개발 사업 지구 내 토지를 소유했다가 수용된 후 보상금을 반환하고 토지 등 소유자 지위를 양도한 개인
• 피고 부산진세무서장: 원고에게 양도소득세를 부과한 세무서의 책임자

분쟁 상황

재개발 재건축 등 도시재정비 사업 지구 내 토지 소유자였던 A는, 본인의 토지가 도로와 같은 기반시설 부지로 수용되면서 보상금을 받았습니다. 하지만 나중에 재정비촉진지구 내에서 '토지 등 소유자'로서 다시 사업에 참여할 수 있는 기회가 생기자, 이미 받았던 보상금과 이자를 반환하고 그 지위를 회복했습니다. 그리고 얼마 후 이 '토지 등 소유자 지위와 조합원입주권'을 다른 사람에게 양도했는데, 이때 양도소득세가 크게 부과되면서 문제가 발생했습니다. 원고는 본래 토지를 오래 보유했었으므로 장기보유에 따른 세금 혜택을 기대했지만, 세무당국은 보상금을 반환한 시점에 새로운 권리를 취득한 것으로 보아 단기 양도에 따른 높은 세금을 부과했고, 이 차이로 인해 법적 분쟁이 시작되었습니다.

핵심 쟁점

재개발 사업에서 수용된 토지에 대한 보상금을 반환하여 '토지 등 소유자' 지위를 회복한 경우, 이를 기존 토지 소유권의 소급적 회복으로 보아 최초 취득일로부터 보유기간을 산정할 것인지, 아니면 보상금 반환 시점에 새로운 '부동산 취득 권리'를 취득한 것으로 보아 보상금 반환일로부터 보유기간을 산정할 것인지가 쟁점이었습니다. 이는 양도소득세 산정 시 장기보유특별공제 적용 여부와 세율(단기 양도 중과세율 50% 또는 일반세율)에 중대한 영향을 미칩니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하며, 피고 부산진세무서장의 양도소득세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다. 법원은 도시재정비 촉진을 위한 특별법(도시재정비법) 제11조 제4항에 따라 보상금과 이자를 반환하여 취득하게 되는 권리는 종전에 수용된 토지나 건축물의 소유권을 소급하여 회복하는 것이 아니라, 해당 또는 인접 재정비촉진구역의 토지 등 소유자로서 향후 재개발 사업 등에 따라 부동산을 취득할 수 있는 '새로운 권리'라고 보았습니다. 이 새로운 권리는 보상금을 반환한 시점에 새로이 취득한 것으로 판단됩니다. 법원은 ① 도시재정비법 제11조가 기반시설 설치비용 분담에 관한 규정이라는 점, ② 도시재정비법 제11조 제4항이 수용에 따른 토지 또는 건축물 제공에 대한 대가로서 주택 등을 공급받을 수 있는 권리를 부여한 특례규정이라는 점, ③ 수용된 토지의 소유권을 소급 회복하는 경우 법률관계에 모순이 발생할 수 있으나 이 사건 조항은 이에 대해 명확히 규정하고 있지 않다는 점, ④ 이는 환매 약정에 따른 환매와 유사하게 새로운 매매로 볼 수 있다는 점, ⑤ 원고가 수용 당시 납부한 양도소득세에 대한 환급청구를 하지 않은 점, ⑥ '토지 등 소유자' 지위 취득 자체가 취득세 과세 대상은 아니라는 점, ⑦ 이 사건 양도 계약서에도 '토지 등 소유자의 지위 및 조합원입주권'이 양도 대상임을 명시한 점 등을 종합적으로 고려하여 이와 같이 판단했습니다.

결론

결론적으로 원고 A는 수용된 토지에 대한 보상금을 반환한 후 해당 토지의 소유권을 소급하여 회복하는 것이 아니라, 새로운 '토지 등 소유자의 지위 및 조합원입주권'을 취득한 것으로 인정되어 양도소득세 산정 시 보유기간이 짧게 적용되었고, 그 결과 증액된 양도소득세를 납부하게 되었습니다. 원고의 청구는 받아들여지지 않았으며 소송비용 또한 원고가 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 도시재정비 촉진을 위한 특별법 (도시재정비법) 제11조 제4항 본문: 이 조항은 시·도지사 또는 시장·군수·구청장이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치하게 되는 경우, 토지 등을 수용당하여 보상을 받은 자가 보상금액에 이자를 더한 금액을 반환하면 '해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지 등 소유자'로 간주한다고 규정합니다. 본 판결에서는 이 조항이 수용된 토지의 소유권을 소급하여 회복시키는 것이 아니라, 재개발 사업에 참여할 수 있는 새로운 '권리'를 취득하는 시점(보상금 반환 시점)을 의미한다고 해석되었습니다.
• 양도소득세: 자산의 양도로 발생하는 소득에 부과되는 세금으로, 특히 자산의 '보유기간'에 따라 세액이 크게 달라지는 특징이 있습니다. 보유기간이 길수록 세 부담이 줄어드는 '장기보유특별공제'를 적용받을 수 있으며, 보유기간이 짧은(예: 1년 미만) 단기 양도에는 높은 '중과세율'(이 사건에서는 50%)이 적용될 수 있습니다. 이 판결의 핵심은 '보유기간'의 기산점을 언제로 볼 것인가였습니다.
• 조세평등주의: 세금을 부과하고 징수함에 있어 납세자들 사이의 공평성을 추구하는 원칙입니다. 법원은 수용을 당한 후 보상금을 반환하여 지위를 취득한 경우와 당초부터 재정비촉진구역의 토지 등 소유자였던 경우를 다르게 취급하더라도, 그 자격 취득 과정에 차이가 있으므로 조세평등주의에 반하지 않는다고 판단했습니다.

참고 사항

만약 재개발 사업 구역에서 토지나 건물이 수용된 후, 후에 보상금을 반환하고 '토지 등 소유자' 지위나 '조합원입주권'을 취득하여 이를 양도하는 경우, 양도소득세 산정 시 중요한 세금 문제가 발생할 수 있습니다. 법원은 이러한 '토지 등 소유자' 지위의 취득을 기존 재산권의 소급적 회복이 아닌, 새로운 '부동산을 취득할 수 있는 권리'의 취득으로 보고 있습니다. 따라서 이 경우 양도소득세 계산을 위한 보유기간은 해당 보상금을 반환한 시점부터 새로이 시작됩니다. 보유기간이 1년 미만으로 산정되면 장기보유특별공제가 적용되지 않고 중과세율이 부과될 수 있으므로, 예상치 못한 큰 세금 부담이 발생할 수 있습니다. 관련 법규정과 판례를 정확히 이해하고 세무 전문가의 상담을 통해 예상되는 세금 문제를 사전에 파악하는 것이 중요합니다.