
세금 · 행정
신재생에너지 발전설비 설치업을 영위하는 A 주식회사가 태양광 모듈 매입 시 실물 거래 없이 허위 세금계산서를 수취하고, 토공사 및 전기공사 용역 제공과 관련하여 공급 시기가 도래하지 않았음에도 매출 세금계산서를 발행하였다는 이유로 논산세무서장으로부터 2016년 제2기 부가가치세 및 2016 사업연도 법인세를 부과받은 사건입니다. A사는 세금계산서가 실제 거래를 기반으로 하거나 적법하게 발행되었다고 주장하며 처분 취소 및 무효 확인을 구하였으나, 법원은 매입 세금계산서와 대부분의 전기공사 매출 세금계산서는 가공 또는 시기 불일치로 보아 세금 부과가 적법하다고 판단하였습니다. 다만, 특정 토공사 매출 세금계산서에 대해서는 실질 거래를 인정하여 해당 가산세 4,200,000원 부분을 취소하였습니다.
A 주식회사는 2015년에 설립되어 신재생에너지 발전설비 설치업을 영위하는 회사로, 2016년에 B 주식회사로부터 태양광 모듈 36,975개를 공급받는 것으로 하여 80억 원 상당의 매입 세금계산서를 발급받았고, C에게 57억 원 상당의 토공사 및 전기공사 용역을 제공한 것으로 하여 매출 세금계산서를 발급하였습니다. 이후 대전지방국세청의 세무조사 결과, 태양광 모듈 매입은 실제 거래가 없는 허위로, 매출 세금계산서는 용역의 공급 시기 전에 과다하게 발급된 것으로 판단되었습니다. 이에 논산세무서장은 A 주식회사에 2016년 제2기 부가가치세 679,288,620원(가산세 포함)과 2016 사업연도 법인세 89,248,200원(가산세 포함, 직권 감액 후)을 부과하였습니다. A 주식회사는 이에 불복하여 이의신청 및 조세심판을 거쳤으나 기각되자, 해당 과세처분 무효 확인 및 취소를 구하는 행정소송을 제기하게 되었습니다.
A 주식회사가 B 주식회사로부터 발급받은 태양광 모듈 매입 세금계산서가 실제 재화의 공급 없이 허위로 발급된 것인지 여부, A 주식회사가 C에게 발급한 토공사 및 전기공사 매출 세금계산서가 용역의 공급 시기에 맞게 적법하게 발급되었는지 여부, 대전지방국세청이 2016년 귀속 세무조사 중 별도의 통보 없이 2017년 귀속 세금까지 조사 범위를 확대하여 절차적 하자가 있었는지 여부, 위와 같은 사유로 부과된 과세처분이 무효 사유에 해당할 정도로 중대하고 명백한 하자가 있는지 여부.
법원은 원고 A 주식회사의 주위적 청구(과세처분 무효 확인)를 모두 기각하였습니다. 예비적 청구(과세처분 취소)에 대해서는 일부 인용하고 나머지는 기각하였습니다. 구체적으로는 세무조사 범위 확대 주장은 원고의 소명자료 제출에 따른 관련 과세자료 통보로 보아 기각했습니다. 태양광 모듈 매입 세금계산서는 실제 재화의 공급 없이 발급된 가공 거래로 인정하여 피고 논산세무서장의 과세처분이 적법하다고 판단했습니다. EF 현장의 토공사 관련 매출 세금계산서에 대해서는 실제 용역 제공이 완료되었음을 인정하여 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하지 않는다고 보았고, 이에 따라 해당 공급가액 420,000,000원에 대한 ‘세금계산서 지연발급․지연수취․미발급 등 가산세’ 4,200,000원 부분을 취소했습니다. 전기공사 관련 매출 세금계산서 중 EF 현장 부분은 용역 제공 완료 시기가 2019년 이후로 확인되어 매출 세금계산서 발급 시기인 2016년 12월 26일에는 공급 시기가 도래하지 않았다고 보았습니다. 나머지 현장의 전기공사 매출 세금계산서 역시, 주요 자재인 태양광 모듈이 실제 입고되지 않아 중간지급조건부 용역의 공급 시기가 도래하지 않았음에도 발급된 것으로 보아 세금 부과가 적법하다고 판단했습니다. 결과적으로 피고가 원고에게 부과한 2016년 제2기 부가가치세 관련 ‘세금계산서 지연발급․지연수취․미발급 등 가산세’ 중 4,200,000원 부분을 취소하였고, 원고의 나머지 청구는 모두 기각했습니다. 소송비용 중 95%는 원고가, 5%는 피고가 부담하도록 했습니다.
A 주식회사는 허위 매입 세금계산서 및 대부분의 전기공사 매출 세금계산서와 관련된 과세 처분 취소 주장에서는 패소하여, 상당한 금액의 부가가치세 및 법인세를 부담하게 되었습니다. 그러나 토공사 관련 매출 세금계산서의 정당성을 인정받아 해당 세금계산서 지연발급 등 가산세 4,200,000원을 감면받는 부분적인 승소를 거두었습니다. 이는 과세 처분 전체가 무효가 아닌 일부 취소 사유에 해당한다는 법원의 판단에 따른 것입니다.
국세기본법 제81조의9 (세무조사 범위 확대 제한): 세무조사는 원칙적으로 최초 통지된 조사 대상 세목과 기간에 한정되지만, 납세의무자가 관련 과세 자료를 스스로 제출하여 이에 따라 추가적인 과세 사실이 확인된 경우 등은 조사 범위 확대로 보지 않을 수 있습니다. 본 사건에서는 원고가 스스로 소명 자료를 제출하여 2017년 귀속 세금 관련 자료가 관할 세무서에 통보된 경우에 해당하여 세무조사 범위 확대 주장은 받아들여지지 않았습니다. 부가가치세법상 재화의 공급 실질 및 가공거래 (구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호, 현행 제39조 제1항): 부가가치세법상 재화의 공급은 실제 재화의 인도가 이루어지거나 권리가 이전되는 등 실질적인 거래가 있어야 합니다. 실질적인 재화의 이동 없이 단순히 세금계산서만 주고받는 명목상의 거래(가공거래)는 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 매입 세액 공제가 불가능합니다. 과세관청이 가공거래임을 상당한 정도로 증명하면 납세의무자가 실제 거래 사실을 증명해야 할 책임이 있습니다. 본 사건에서 법원은 태양광 모듈 매입 세금계산서가 업체 간 특수 관계, 물품 특정의 불분명성, 비합리적인 거래 행태 등으로 미루어 가공거래임을 인정했습니다. 용역의 공급 시기 (부가가치세법 제16조 제1항, 제2항, 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제3호, 부가가치세법 시행규칙 제20조): 용역의 공급 시기는 일반적으로 역무의 제공이 완료되는 때로 봅니다. 다만, 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우(계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역 제공 완료일까지의 기간이 6개월 이상이고, 그 기간 이내에 계약금 외 대가를 분할하여 받는 경우)에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급 시기로 봅니다. 이 사건에서 전기공사 매출 세금계산서는 용역 제공 완료 전 또는 주요 자재 입고가 이루어지지 않아 중간지급조건부 요건을 충족하지 못하였으므로 공급 시기가 도래하지 않은 시점에 발급된 것으로 판단되었습니다. 반면, 토공사 매출 세금계산서는 발주자의 완료 확인서와 조세심판원 결정 등을 근거로 용역 제공 완료가 인정되어 적법한 것으로 보았습니다. 세금계산서 관련 가산세 (구 부가가치세법 제60조 제2항 제5호): 세금계산서를 제때 발급하지 않거나 거짓으로 발급하는 경우, 또는 공급 시기 이후에 지연 발급하는 경우 등에 부과되는 가산세입니다. 본 사건에서는 토공사 매출 세금계산서는 실질이 인정되었으므로, 이에 대한 세금계산서 지연발급 등 가산세 4,200,000원은 정당한 세액을 초과한 것으로 보아 취소되었습니다. 행정처분 무효 확인 및 취소 사유: 행정처분이 무효가 되기 위해서는 법규의 중요한 부분을 위반한 하자가 '중대'하고 '객관적으로 명백'해야 합니다. 단순한 위법은 취소 사유에 해당할 뿐입니다. 이 사건에서 법원은 과세처분의 하자가 중대할 수는 있지만, 명백하다고 보기는 어렵다고 판단하여 원고의 무효 확인 주장을 기각하고 취소 청구만 일부 인용했습니다.
실물 거래 증빙의 중요성: 대량의 물품 거래 시, 단순히 세금계산서를 주고받는 것을 넘어 물품의 실제 이동, 보관, 검수 과정 등에 대한 객관적인 증빙 자료(계약서, 운송장, 재고 기록, 검수 보고서 등)를 철저히 갖추어야 합니다. 특히 직접 점유가 생략되는 단축급부 형태의 거래에서도 물품의 실제 존재를 확인할 수 있는 최소한의 사정은 반드시 입증해야 합니다. 특수 관계자 간 거래 유의: 관련 업체들이 실질적으로 동일한 운영자에 의해 관리되는 등 특수 관계에 있는 경우, 과세 당국은 거래의 진정성을 더욱 엄격하게 심사합니다. 명의만 다르고 실질이 같은 여러 회사를 통한 거래는 가공 거래로 의심받을 수 있으므로 더욱 투명하고 합리적인 거래 과정을 보여주어야 합니다. 용역 공급 시기 준수: 건설 공사나 용역 계약의 경우, 부가가치세법에서 정하는 용역의 공급 시기(역무 제공 완료 시, 중간지급조건부 용역의 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때 등)를 정확히 파악하고 이에 맞춰 세금계산서를 발행해야 합니다. 특히 ‘중간지급조건부’에 해당하는지 여부는 계약 기간 및 대가 분할 지급 방식 등 시행령과 시행규칙의 요건을 충족하는지 면밀히 확인해야 합니다. 계약 내용의 합리성: 대규모 계약 체결 시에는 일반적인 사업 관행에 맞는 합리적인 절차를 따르는 것이 중요합니다. 예를 들어, 시공 계약 체결 전에 대규모 자재 공급 계약을 먼저 체결하는 등 비정상적인 거래 행태는 과세 당국의 의심을 살 수 있습니다. 형사 사건과의 독립성: 허위 세금계산서 관련 형사 사건에서 '혐의없음' 결정이 났다고 하더라도, 이는 행정재판에서의 과세처분 적법성 판단에 직접적인 영향을 미치지 않습니다. 각 재판의 증명 책임과 판단 기준이 다르기 때문입니다.