세금 · 행정
산업기술혁신촉진법에 따라 설립된 전문생산기술연구소인 한국AAAAAAA(이하 '원고')는 고유목적사업(면세사업)과 수익사업(과세사업)을 겸하고 있습니다. 원고는 슈퍼섬유 융합소재센터(이하 '이 사건 센터') 구축 비용과 기타 공통매입 비용에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 신청했습니다. 그러나 MM세무서장(이하 '피고')은 이 사건 센터 구축 비용을 비과세사업 관련 매입으로 보아 전액 불공제하고, 나머지 공통매입세액에 대해서는 국고보조금을 비과세사업의 공급가액에 포함하여 안분계산한 후 부가가치세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했고, 법원은 원고가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자이지만, 이 사건 센터 구축 비용을 전액 불공제한 것은 부당하며, 공통매입세액 안분계산 시 보조금을 비과세사업의 공급가액으로 보는 것은 잘못이라고 판단했습니다. 결론적으로 법원은 정당한 세액을 산출할 수 없다는 이유로 피고가 원고에게 부과한 2007년부터 2011년까지의 모든 부가가치세 부과처분을 취소했습니다.
이 사건은 산업기술혁신촉진법에 따라 설립된 연구기관이 정부 및 지자체로부터 보조금을 받아 연구개발과 같은 고유목적사업(면세사업)과 시험·인증 등 수익사업(과세사업)을 겸영하는 상황에서 발생했습니다. 연구기관이 슈퍼섬유 융합소재센터를 신축하고, 그 건설 비용에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받으려 했으나, 세무 당국은 이를 면세사업 관련 비용으로 보고 전액 불공제했습니다. 또한, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 매입세액을 계산할 때, 세무 당국은 연구기관이 받은 국고보조금 등을 면세사업의 공급가액에 포함하여 비과세 비율을 산정하여 매입세액을 추가로 불공제했습니다. 이에 연구기관은 세무 당국의 이러한 처분이 부당하다고 주장하며 부가가치세 부과처분 취소 소송을 제기하게 되었습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 원고가 부가가치세법상 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자인지 여부입니다. 둘째, 원고가 구축한 슈퍼섬유 융합소재센터 관련 매입세액을 피고가 비과세사업 관련 매입으로 보아 전액 불공제한 것이 적법한지 여부입니다. 셋째, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)을 안분계산할 때 국고보조금 등을 비과세사업의 공급가액에 포함시켜 계산하는 것이 적법한지 여부입니다. 넷째, 부가가치세 신고·납부 의무 불이행에 대한 가산세 부과에 정당한 사유가 있었는지 여부입니다.
법원은 다음과 같이 판단하여 MM세무서장이 한국AAAAAAA에 내린 부가가치세 부과처분 전부를 취소하였습니다.
법원은 MM세무서장이 한국AAAAAAA에 부과한 2007년 제1기부터 2011년 제2기까지의 모든 부가가치세 부과처분 총 OOO억 원 이상을 취소했습니다. 소송 비용은 모두 피고가 부담하도록 했습니다.
이 사건은 부가가치세법상 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 매입세액 공제 및 공통매입세액 안분계산 방법을 둘러싼 쟁점을 다루고 있습니다.
연구기관이나 공익법인 등 과세사업과 면세사업(비과세사업 포함)을 겸영하는 사업자는 부가가치세 매입세액 공제 및 안분계산에 특히 유의해야 합니다.
