토지 지분 분할 양도 양도소득세 감면 부당 적용 사건

원고는 약 30년간 소유했던 임야를 두 차례에 걸쳐 다른 과세연도에 지분 형태로 나누어 매도하고, 각각의 거래에 대해 8년 자경농지 양도소득세 감면 혜택(연간 1억 원 한도)을 신청했습니다. 그러나 피고인 순천세무서장은 이 두 거래가 실질적으로 하나의 거래를 분할한 것으로 판단하여 2019년과 2020년의 양도소득을 합산하고 연간 감면 한도를 초과하는 양도소득세 172,226,690원을 부과했습니다. 법원은 원고의 청구를 기각하며 이 두 지분 양도 거래가 조세 회피 목적의 하나의 실질적 거래였다고 판단하여 세무 당국의 처분이 적법하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 순천시 임야를 취득하여 장기간 소유하다가 두 차례에 걸쳐 지분 양도 계약을 체결하고 양도소득세를 신고한 개인입니다.
• 피고 순천세무서장: 원고의 토지 지분 양도 거래를 실질에 따라 하나의 거래로 보고 양도소득세를 재산정하여 부과한 세무 당국입니다.
• Q 주식회사: 원고로부터 토지 지분 전체를 두 차례에 걸쳐 매수한 회사로, 원고의 처형의 남편인 N이 대표이사로 재직했던 회사입니다.

분쟁 상황

원고는 1988년 9월 21일 순천시 임야를 취득하여 여러 차례 분할 과정을 거쳤습니다. 이후 원고는 2019년 9월 30일 Q 주식회사와 이 사건 토지 중 11,362분의 5,000 지분(제1지분)을 매매대금 5억 원에 양도하는 계약을 체결하고 2019년 12월 24일 소유권이전등기를 마쳤습니다. 원고는 2020년 2월 29일 2019년 귀속 양도소득세 6,748,290원을 신고 납부하며 1억 원의 자경감면을 적용받았습니다. 약 1년 뒤인 2020년 11월 16일, 원고는 나머지 지분 중 11,362분의 5,000 지분(제2지분)을 동일하게 5억 원에 Q 주식회사에 매도하는 계약을 체결하고 2020년 12월 10일 소유권이전등기를 마쳤습니다. 원고는 2021년 2월 28일 2020년 귀속 양도소득세 7,056,624원을 신고 납부하며 역시 1억 원의 자경감면을 적용받았습니다. 이에 순천세무서장은 이 두 지분 양도 거래가 실질적으로 하나의 거래를 분할한 것으로 판단하여 2019년과 2020년 양도소득을 합산하고 감면세액 연간 한도를 초과하는 금액을 경정하여, 2023년 11월 1일 원고에게 총 172,226,690원(세율 42% 적용, 가산세 42,222,699원 포함)의 양도소득세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 기각되자, 이 사건 처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 원고가 약 1년 간격으로 토지 지분을 두 번에 나누어 매도한 행위가 국세기본법상의 실질과세 원칙에 따라 하나의 연속된 거래로 볼 수 있는지 여부였습니다. 특히 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 한도 1억 원을 각 과세연도에 대해 이중으로 적용받을 목적으로 거래를 분할한 것으로 볼 수 있는지가 중요하게 다루어졌습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하고, 피고인 순천세무서장이 2023년 11월 1일 원고에게 부과한 2020년도 귀속 양도소득세 172,226,690원(가산세 42,222,699원 포함)의 부과처분이 적법하다고 판결했습니다. 소송 비용은 원고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 원고가 이 사건 토지의 지분을 두 차례에 걸쳐 나누어 양도한 것이 조세감면 혜택을 부당하게 받기 위한 목적이었다고 판단했습니다. Q 주식회사의 대표이사가 원고의 가족 관계인 N이었던 점, 토지 매매 방식이 이례적으로 지분으로 나누어 동일한 금액인 5억 원씩 매도하되 과세연도만 달리한 점, 개별 가격 협상 과정이 없었던 점, 첫 계약서상 토지 특정 부분에 대한 언급이나 공동 이용 계획이 없었던 점 등을 종합적으로 고려하여 두 지분 양도 거래를 실질상 연속된 하나의 거래로 보았습니다. 따라서 피고의 양도소득세 부과 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령과 법리 내용은 다음과 같습니다.

1. 국세기본법 제14조 제3항 (실질과세의 원칙)​: 이 법 조항은 납세의무자가 세금 혜택을 부당하게 받기 위해 제3자를 개입시키거나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법을 사용한 경우, 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 거래로 보아 세법을 적용한다고 규정합니다. 이는 과세 대상 행위나 거래를 우회하거나 변형하여 조세를 회피하려는 행위에 대처하고, 조세의 공평성을 실현하기 위한 중요한 원칙입니다. 법원은 거래 형식을 취한 목적, 단계별 과정을 거친 경위, 조세 부담 경감 외에 다른 합리적인 이유가 있는지, 거래 사이의 시간적 간격 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 실질을 판단합니다.

2. 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18661호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)​: 이 규정은 8년 이상 직접 농사를 지은(자경) 농지를 양도할 경우 양도소득세를 감면해주는 혜택을 제공합니다. 다만, 연간 감면 한도는 1억 원으로 정해져 있습니다. 본 사건에서는 원고가 이 연간 감면 한도를 두 번의 지분 양도 거래를 통해 이중으로 적용받으려 했다는 점이 주요 쟁점이 되었습니다.

법원은 여러 개의 계약이 체결된 경우, 해당 계약들이 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는지는 계약 체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다고 판시했습니다. 이 사건에서 법원은 Q 주식회사의 대표이사가 원고의 가족 관계인 점, 비정상적인 지분 거래 방식과 매매대금 결정의 불투명성, 지분 양도의 사업적 합리성 결여 등을 근거로 원고의 두 지분 양도가 조세회피 목적의 연속된 하나의 거래라고 판단했습니다.

참고 사항

세금 감면 혜택을 목적으로 하나의 거래를 여러 개의 계약으로 나누거나 과세기간을 달리하여 거래하는 경우, 실제 거래의 경제적 실질에 따라 세무 당국에 의해 하나의 거래로 간주되어 세금이 재산정될 수 있습니다. 특히 거래 당사자가 가족 관계 등 특수관계인 경우 세무 당국은 해당 거래가 조세 회피 목적이 있는지를 더욱 면밀히 살펴보게 됩니다. 토지 지분 매매 시 개별 지분에 대한 명확한 가격 산정 근거 없이 동일한 금액으로 나눈 경우, 계약서상 지분별 특정 부분에 대한 언급이나 공동 이용 계획이 없는 경우, 일반적인 거래 관행에서 벗어나 매매 대금이 완전히 지급되지 않은 상황에서 소유권이전등기를 해주는 등의 행동은 조세 회피 목적으로 해석되어 불이익을 받을 수 있으니 주의해야 합니다. 이러한 상황에서는 전문가와 충분히 상담하여 법규를 준수하는 거래 방식을 택하는 것이 중요합니다.