세금 · 행정
G조합은 농업협동조합법에 따라 고유업무에 직접 사용하기 위해 토지 9,054㎡를 취득하고 취득세 등을 감면받았습니다. 그러나 1년 이내에 해당 토지를 고유업무(축사 건축)에 직접 사용하지 못했고, 이에 김해시장은 감면된 취득세, 지방교육세, 농특세 합계 6,234만 3,680원을 추징했습니다. G조합은 건축 절차의 복잡성, 예산 증액의 어려움, 코로나19로 인한 절차 지연 등을 이유로 '정당한 사유'가 있었다고 주장하며 추징 처분을 취소해달라고 요청했으나, 법원은 이러한 주장을 받아들이지 않고 김해시장의 추징 처분이 정당하다고 판결했습니다.
G조합은 2020년 7월 2일 토지를 매입하고 8월 3일 소유권이전등기를 마친 뒤, 농업협동조합법상 고유 업무에 직접 사용하기 위한 부동산으로 인정받아 취득세 등을 감면받았습니다. 그러나 취득일로부터 1년이 지나도록 해당 토지에 축사 건축을 완료하여 고유 업무에 사용하지 못하자, 2021년 9월 30일 현장 확인을 거쳐 2022년 1월 8일 김해시장이 감면되었던 취득세 등 6,234만 3,680원을 추징했습니다. 이에 G조합은 자신들에게는 '정당한 사유'가 있었다며 이 처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.
G조합이 취득세 감면 혜택을 받은 토지를 취득일로부터 1년 안에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대해 '정당한 사유'가 있었는지 여부가 핵심 쟁점입니다.
법원은 원고인 G조합의 청구를 기각했습니다. 이는 김해시장이 G조합에 부과한 취득세 등 6,234만 3,680원의 추징 처분이 정당하다고 인정한 것입니다. 소송비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
법원은 G조합이 토지 취득 당시 이미 축사 건립을 위한 건축허가와 가축분뇨시설 설치 허가 과정에서 설계 변경 및 도시계획위원회 심의 등 복잡한 절차가 필요하다는 점을 알 수 있었을 것이라고 판단했습니다. 또한, 코로나19 상황이 있었지만, 농림축산식품부와 농협중앙회의 지침에 따라 서면결의 등의 방법으로 예산 증액 및 건축 절차를 충분히 진행할 수 있었음에도 이를 적극 활용하지 않았다고 보았습니다. 농업협동조합법에 따른 특수법인이라는 이유로 일반 기업보다 가중된 제약을 받는다고 보기도 어렵다고 판단하여, G조합이 1년 안에 고유 업무에 사용하지 못한 데에 '정당한 사유'가 없다고 결론 내렸습니다.
이 사건은 '지방세특례제한법' 제14조 제3항과 제178조 제1호에 따라 발생했습니다. 지방세특례제한법 제14조 제3항은 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위해 부동산을 취득할 경우 취득세를 면제한다고 규정하고 있습니다. 하지만 같은 법 제178조 제1호는 '정당한 사유 없이' 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있습니다. 법원은 '정당한 사유'를 판단할 때 법령에 의한 금지나 제한 등 외부적인 사유뿐만 아니라, 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 보았으나, 조세법규는 특혜 규정으로 엄격하게 해석해야 하며, 감면 요건 충족에 대한 입증 책임은 세금 감면을 주장하는 자에게 있다고 판시했습니다. 특히, 토지 취득 시 이미 해당 용도로 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유를 알고 있었고 취득 후에도 같은 사유로 사용하지 못했다면, 취득 전 존재한 외부적 사유는 특별한 사정이 없는 한 '정당한 사유'가 될 수 없다는 법리가 적용되었습니다.
세금 감면 혜택을 받은 부동산은 특별한 사유가 없는 한 법에서 정한 기간(대부분 1년) 내에 반드시 해당 용도로 직접 사용해야 합니다. 만약 기간 내 사용이 어렵다면, 단순한 내부 사정이나 예상 가능한 절차상의 어려움은 '정당한 사유'로 인정받기 어렵습니다. 부동산 취득 시점부터 해당 용도로 사용하기 위한 법적, 사실적 제약사항을 충분히 파악하고, 이를 극복하기 위한 구체적이고 진지한 노력을 기울였다는 증거를 확보하는 것이 중요합니다. 특히, 서면결의와 같이 대체 가능한 절차가 있다면 적극적으로 활용해야 하며, 예산 확보나 공사 지연과 같은 문제는 '정당한 사유'로 인정받기 어려울 수 있다는 점을 유의해야 합니다.
