경영권 프리미엄 포함된 주식매수선택권 이익, 세금 다시 산정해야 한다는 판결

원고는 B회사의 공동대표이사로 재직하면서 주식매수선택권을 부여받았고, 회사의 경영권이 D와 F로 각각 이전되는 과정에서 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식 전부를 양도했습니다. 원고는 양도 당시의 실제 매매가격이 시가라고 보고 주식매수선택권 행사이익에 대한 종합소득세를 신고 납부했으나, 이후 양도 가격에 경영권 프리미엄이 포함되어 있으므로 이를 시가로 볼 수 없다고 판단하여 세금 경정청구를 했습니다. 그러나 피고인 성북세무서장은 이를 거부했고, 이에 원고가 처분 취소 소송을 제기한 사건입니다.

관련 당사자

• 원고 A: B 회사의 전 공동대표이사로 주식매수선택권 행사이익에 대한 세금 부과 처분에 불복하여 소송을 제기한 당사자입니다.
• 피고 성북세무서장: 원고의 종합소득세 경정청구를 거부한 세무 당국입니다.
• B 주식회사: 원고가 재직하며 주식매수선택권을 부여받고 주식을 양도한 회사입니다.
• D 주식회사: E 사모펀드가 설립한 회사로, 2017년에 B 주식 전부와 경영권을 인수했습니다.
• F 주식회사: G 사모펀드가 설립한 회사로, 2020년에 B 주식 전부와 경영권을 인수했습니다.

분쟁 상황

원고는 B 회사의 주요 임원으로서 주식매수선택권을 부여받아 행사했습니다. 주식매수선택권 행사와 동시에 B 회사의 전체 주식과 경영권이 사모펀드 관련 회사들(D, F)에 매각되는 거래가 이루어졌고, 원고는 이때 자신이 취득한 주식을 경영권 프리미엄이 포함된 가격으로 함께 양도했습니다. 원고는 처음에는 이 전체 양도대금을 기준으로 주식매수선택권 행사이익을 근로소득으로 신고했지만, 추후 경영권 프리미엄이 포함된 금액을 주식매수선택권 행사 당시의 '시가'로 보는 것은 부당하다고 판단했습니다. 이에 세무서에 세금의 재산정(경정청구)을 요청했으나 거부당하자, 이 거부처분을 취소해달라고 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 회사의 경영권과 함께 양도할 때, 양도 당시의 실제 거래가격(실지거래가액)에 포함된 '경영권 프리미엄'을 주식매수선택권 행사 시점의 '시가'로 보아 근로소득세를 계산하는 것이 적법한지 여부가 핵심 쟁점입니다. 만약 경영권 프리미엄이 시가에 포함될 수 없다면, 주식매수선택권 행사이익의 '시가'를 어떻게 산정해야 하는지에 대한 판단이 필요합니다.

법원의 판단

법원은 피고 성북세무서장이 원고에게 내린 종합소득세 경정청구 거부처분을 모두 취소했습니다. 이는 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 실지거래가액을 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 볼 수 없다는 판단에 따른 것입니다. 정확한 세액을 산출할 자료가 부족하다고 보아 경정청구 거부처분 전부를 취소하였습니다.

결론

법원은 회사의 주식을 경영권과 함께 양도하는 경우의 거래가격은 주식 자체의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다고 판단했습니다. 특히 원고의 경우, 동반매도참여권(tag-along)을 보유하거나 경영권 양도에 적극적으로 협조한 대가로 경영권 프리미엄에 상당하는 금액을 향유했을 가능성이 크다고 보았습니다. 이러한 경영권 프리미엄은 주식 자체의 가치와는 별개이므로 근로소득으로 과세되는 주식매수선택권 행사이익의 '시가'에 포함될 수 없다고 보았습니다. 따라서 경영권 프리미엄이 포함된 양도 가격을 기준으로 주식매수선택권 행사이익을 계산하여 세금을 부과한 처분은 위법하다고 결론 내렸습니다. 다만, 경영권 프리미엄의 정확한 금액을 특정하기 어렵고, 정당한 세액을 계산할 충분한 자료가 제출되지 않아 경정청구 거부처분 전부를 취소했습니다.

연관 법령 및 법리

• 주식매수선택권과 근로소득 과세 (소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호, 소득세법 제24조 제2항, 제4조 제1항 제1호 라목)​ 회사의 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익은 근로소득으로 분류됩니다. 이때의 이익은 '주식매수선택권 행사 당시의 시가'와 '실제 매수가액(행사가액)'의 차액을 의미하며, 금전 외의 것을 수입하는 경우 그 수입금액은 거래 당시의 가액(시가)으로 계산됩니다. 근로소득은 종합소득에 해당하여 6%에서 45%의 누진세율이 적용됩니다.
• 주식 양도소득 과세 (소득세법 제96조 제1항, 제97조 제1항, 제104조 제1항 제11호)​ 주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 양도하여 얻은 이익은 양도소득으로 분류됩니다. 양도차익은 '양도 당시의 실지거래가액'에서 '자산 취득에 든 실지거래가액'을 공제하여 계산됩니다. 이때 주식 양도대금에 경영권 프리미엄이 포함되어 실제 시가보다 높게 평가되었더라도, 그 대금 자체가 실지 양도가액으로 인정되어 양도소득세가 부과됩니다. (대법원 1989. 7. 11. 선고 88누12011 판결)
• 경영권 프리미엄의 성격과 시가 판단 (대법원 2015. 11. 26. 선고 2014두335 판결)​ 회사의 경영권과 함께 발행주식 전체를 양도하는 경우, 그 거래가격은 단순히 주식만을 양도할 때의 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없습니다. 경영권 프리미엄은 주식 자체의 가치와는 별개로, 경영권 이전에 적극적으로 협조한 대가 또는 동반매도참여권(tag-along)과 같은 권리의 대가로 보아야 합니다. 따라서 이러한 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 실제 거래가격은 주식매수선택권 행사이익을 계산할 때의 '시가'에 해당한다고 보기 어렵습니다.
• 시가 불분명 시 평가 방법 (소득세법 제24조 제2항, 제3항, 시행령 제51조 제5항 제5호, 시행규칙 제22조의2, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호)​ 주식의 시가를 산정하기 어려운 경우에는 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 준용하여 평가할 수 있습니다. 그러나 상속세 및 증여세법 제63조 제3항의 최대주주 할증률 규정을 역으로 적용하여 경영권 프리미엄 상당액을 할인하는 방법은 적절하지 않습니다.
• 경정청구 거부처분 취소의 범위 (대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결)​ 납세의무자가 정당한 세액을 산출할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하는 경우, 법원은 과세처분 전부를 취소할 수 있습니다. 법원이 직권으로 정당한 세액을 계산할 의무는 없으며, 이는 감액 경정청구 거부처분 취소 소송의 경우에도 동일하게 적용됩니다.

참고 사항

• 경영권 이전이 수반되는 주식 거래 시 주의: 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도할 때, 해당 거래가 회사의 경영권 이전을 동반하는 대규모 거래라면 양도대금에 '경영권 프리미엄'이 포함될 수 있습니다. 이러한 경영권 프리미엄은 주식매수선택권 행사이익(근로소득)을 계산할 때의 '시가'로 인정되기 어렵다는 점을 유의해야 합니다.
• 세금 산정의 정확성 확인: 주식매수선택권 행사이익은 행사 당시의 시가와 실제 매수가액(행사가액)의 차액으로 계산됩니다. 만약 경영권 프리미엄이 포함된 양도 가격을 시가로 보아 근로소득세가 과세되었다면, 이는 과다한 세금 부과일 수 있으므로 세금 경정청구를 고려해볼 수 있습니다.
• 증빙 자료 준비의 중요성: 경영권 프리미엄이 포함되지 않은 순수한 주식의 시가를 정확히 산정하는 것이 중요합니다. 세무서나 법원에 이를 입증할 객관적인 자료(독립적인 평가기관의 평가액 등)를 준비해야 합니다. 이러한 자료가 충분치 않을 경우, 법원은 납세자에게 유리하게 경정청구 거부처분 전체를 취소할 수도 있지만, 정확한 세액 산정이 가능한 자료를 제출하는 것이 유리합니다.
• 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법: 주식의 시가가 불분명하거나 산정하기 어려운 경우, 상속세 및 증여세법(상증세법)에서 정한 보충적 평가방법을 준용하여 시가를 산정할 수도 있습니다. 그러나 상증세법상 최대주주 할증률을 역으로 적용하여 경영권 프리미엄을 할인하는 방식은 인정되기 어렵습니다.