재개발 대체주택 취득 후 종전 주택 판매 기한 초과로 인한 양도세 부과 사건

원고는 서울 마포구의 한 주택(종전주택)을 소유하다가 재개발 사업으로 인해 다른 주택(대체주택)의 조합원입주권을 취득했습니다. 대체주택이 2020년 2월 사용승인된 후, 원고는 2년이 지난 2022년 3월에 종전주택을 양도했습니다. 이에 마포세무서장은 종전주택 양도 시기가 구 소득세법 시행령에서 정한 '대체주택 사용승인일로부터 2년 이내'라는 비과세 요건을 충족하지 못했다고 판단하여, 원고에게 가산세를 포함한 약 5억 1천만원의 양도소득세를 부과했습니다. 원고는 임차인의 비협조 등 특별한 사정으로 기한을 초과한 것이며 일시적 1세대 1주택 비과세 특례나 일시적 2주택 중과세 제외 요건을 적용받아야 한다고 주장했지만, 법원은 조세법규의 엄격한 해석 원칙에 따라 원고의 주장을 기각하고 세무서장의 처분이 정당하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 서울 마포구에 주택을 소유하고 재개발 대체주택 입주권을 취득한 후 종전주택을 양도한 사람
• 피고 마포세무서장: 원고에게 양도소득세를 부과한 세무 당국

분쟁 상황

원고는 2015년에 종전주택을 소유하고 있었으며, 2017년 3월 31일에 재개발사업에 따른 대체주택의 조합원입주권을 승계취득했습니다. 대체주택은 2020년 2월 21일 사용승인이 완료되었고, 원고는 2022년 3월 4일(대체주택 사용승인일로부터 2년 12일 경과) 종전주택을 12억 9천만원에 양도했습니다. 원고는 이 양도를 1세대 1주택 비과세 대상으로 보고 3,546,810원의 양도소득세를 신고 납부했으나, 피고 마포세무서장은 2년 이내 양도 요건 미충족을 이유로 중과세율과 장기보유특별공제 배제를 적용하여 516,978,100원의 양도소득세를 부과했습니다. 원고는 이 부과처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

재개발로 인한 대체주택 취득 후 종전주택 양도 시 적용되는 양도소득세 비과세 또는 중과세 제외 요건 중 '대체주택 완성 후 2년 이내 종전주택 양도' 기한을 12일 초과한 경우에도 예외적인 사유를 인정하여 특례를 적용할 수 있는지 여부와, 조합원입주권이 신축주택으로 전환된 경우 '일시적 2주택' 중과세 제외 규정을 적용할 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각했습니다. 이는 마포세무서장이 원고에게 부과한 양도소득세 처분이 적법하다는 판결입니다. 법원은 양도소득세 비과세 또는 감면 규정은 명백한 특혜 규정이므로 엄격하게 해석해야 하며, 법령에 명시된 2년의 양도 기간 요건에 예외 사유를 인정할 수 없다고 보았습니다. 또한, 조합원입주권이 신축주택으로 전환된 경우는 '다른 주택을 취득한 경우'로 볼 수 없어 일시적 2주택 중과세 제외 규정의 적용 대상이 아니라고 판단했습니다.

결론

재개발 또는 재건축과 관련된 주택 양도소득세 감면 요건은 매우 엄격하게 적용되며, 법에서 정한 기한이나 요건을 단기간이라도 위반할 경우 비과세 혜택을 받을 수 없고 상당한 금액의 세금을 부담하게 될 수 있음을 보여주는 사례입니다. 특히, 임차인의 비협조와 같은 개인적 사정은 법적 기한 연장의 사유로 인정받기 어렵습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 소득세법과 그 시행령에 명시된 양도소득세 비과세 및 중과세 규정의 해석과 적용에 관한 것입니다.

1. 1세대 1주택 비과세 특례의 예외(조합원입주권 보유 시):

• 소득세법 제89조 제2항: 일반적으로 1세대가 주택과 조합원입주권을 동시에 보유하다가 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않습니다. 그러나 재건축·재개발 사업기간 중 거주를 위한 주택 취득 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있을 때는 예외적으로 비과세 특례를 적용합니다.
• 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항: 이 규정은 위 소득세법 제89조 제2항의 예외 요건을 구체적으로 정하고 있습니다. 특히, '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득하여 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우'에 1세대 1주택 비과세 특례를 받으려면, '재개발·재건축 사업으로 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것' 등의 요건을 모두 갖춰야 합니다. 이 사건에서 원고는 대체주택 사용승인일(2020. 2. 21.)로부터 2년이 지난 2022. 3. 4.에 종전주택을 양도하여 이 2년 기한 요건을 충족하지 못했습니다.

2. 일시적 2주택 중과세 제외 규정의 미적용:

• 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호: 이 규정은 '1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 된 경우'에 3년 이내에 종전 주택을 양도하면 중과세 대상에서 제외된다고 규정하고 있습니다. 하지만 법원은 재개발·재건축조합의 조합원이 기존 주택을 제공하고 신축주택을 취득하는 것은 기존 주택과 별개의 주택을 취득한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 경우처럼 조합원입주권이 대체주택으로 전환된 것은 '다른 주택을 취득한 경우'에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

3. 조세법률주의와 엄격해석의 원칙:

• 법원은 조세법률주의의 원칙에 따라 과세요건뿐 아니라 비과세 및 조세감면 요건도 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석해서는 안 된다고 강조했습니다. 특히 1세대 1주택 비과세와 같은 특혜 규정은 조세 공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석해야 하므로, 법령에 명시되지 않은 예외 사유(예: 임차인의 비협조)를 인정하기 어렵다고 보았습니다.

참고 사항

1. 재개발이나 재건축으로 인해 주택이 두 채가 되는 경우 양도소득세 비과세 또는 중과세 제외 혜택을 받기 위한 요건은 매우 구체적이며 엄격하게 적용됩니다.
2. 특히, '대체주택 완성일로부터 2년 이내에 종전주택을 양도해야 한다'는 기한은 철저히 지켜야 합니다. 단 며칠이라도 초과하면 비과세 혜택을 잃고 중과세될 수 있습니다.
3. 임차인의 비협조 등 개인적인 사유는 이러한 세법상 기한을 연장하거나 예외를 인정받는 정당한 사유가 되기 어렵습니다.
4. 조합원입주권이 재개발 사업을 통해 신축 주택으로 바뀐 경우에는 '다른 주택을 새로 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우'로 보지 않으므로, 이와 관련된 중과세 제외 규정(일시적 2주택 중과세 제외)은 적용되지 않습니다.
5. 세금 관련 규정은 복잡하고 자주 변경될 수 있으므로, 주택을 매도하기 전에 관련 법규와 조건을 면밀히 확인해야 합니다.