정부 연구개발비 횡령 및 부당 사용 관련 처분 취소 사건

방사선 엔지니어링 회사가 정부 연구개발 과제를 수행하며 정부출연금을 용도 외로 사용한 혐의로 산업통상자원부장관으로부터 국가연구개발사업 참여제한, 정부출연금 환수, 제재부가금 부과 처분을 받았습니다. 원고들은 이 처분이 재량권을 일탈·남용하여 위법하다고 주장하며 취소를 구했습니다. 법원은 회사 대표와 연구원에 대한 참여제한 및 제재부가금 부과 처분은 적법하다고 보았으나, 회사를 대상으로 한 정부출연금 환수처분은 형사재판 과정에서 이루어진 공탁액을 고려하지 않아 재량권을 일탈·남용했다고 판단하여 일부 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 방사선 엔지니어링업 등을 하는 회사이자 정부 연구개발 과제 수행 기관
• 원고 B: A 주식회사의 대표자
• 원고 C: A 주식회사의 연구원으로 등록된 사람
• 피고 산업통상자원부장관: 국가연구개발사업 관련 행정 처분 권한을 가진 정부 기관

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 한국에너지기술평가원과 두 건의 산업기술혁신사업 기술개발 협약을 체결하고 정부출연금을 지원받아 연구과제를 수행했습니다. 그러나 원고 A 주식회사의 대표인 B와 연구원 C는 연구개발비를 연구용도 외의 용도로 사용하고 허위 증빙, 허위 연구원 등록 등을 통해 정부출연금을 유용한 사실이 드러나 업무상횡령죄 등으로 형사 유죄 판결(원고 B은 징역 1년 4월, 원고 C은 벌금 500만 원)을 받았습니다. 이에 피고 산업통상자원부장관은 2022년 12월 26일, 국가연구개발혁신법 및 구 산업기술혁신 촉진법에 따라 원고 A 주식회사에 10년의 국가연구개발사업 참여제한 및 273,284,460원의 정부출연금 환수처분을, 원고 B에게 10년의 참여제한 및 122,120,170원의 제재부가금 부과처분을, 원고 C에게 7년의 참여제한 및 24,416,130원의 제재부가금 부과처분을 내렸습니다. 원고들은 이러한 처분들이 재량권을 벗어난 위법한 처분이라며 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 명의만 빌려준 연구원(원고 C)에게 참여제한 및 제재부가금 처분이 가능한지. 둘째, 정부출연금 환수액 산정 시 민간 현물을 제외하고 정부출연금 비율을 계산한 것이 정당한지. 셋째, 피고가 특정한 용도 외 사용 금액(K 제작비, 송풍기 재료비, 특수하우징 제작비, 인건비)이 정확하게 산정되었는지. 넷째, 피고의 참여제한, 환수, 제재부가금 부과 처분이 재량권을 일탈하거나 남용한 위법이 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고 C에 대한 참여제한 및 제재부가금 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다. 또한 정부출연금 비율 산정 방식과 용도 외 사용 금액 산정 역시 대부분 적법하다고 보았습니다. 그러나 원고 A 주식회사에 대한 273,284,460원의 정부출연금 환수처분은 원고 B이 형사 공탁한 약 2억 원을 고려하지 않아 재량권 일탈·남용에 해당한다고 보아 취소했습니다. 반면 원고 A 주식회사의 나머지 청구와 원고 B, C의 청구는 모두 기각했습니다.

결론

법원은 정부 연구개발비 부정 사용에 대한 제재의 필요성을 강조하며, 연구원으로 등록하고 허위 인건비를 수령하는 등 의도적이고 계획적인 부정행위에 대해서는 참여제한 및 제재부가금 처분이 적법하다고 판단했습니다. 다만 환수처분은 부당이득 반환의 성격을 가지므로, 형사재판 과정에서 관련 금액이 상당 부분 공탁된 사정을 피고가 고려하지 않은 것은 재량권 일탈에 해당한다고 보아 해당 환수처분만을 취소했습니다. 즉, 제재처분은 유지하되 환수처분은 일부 감면된 결과입니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에는 주로 '국가연구개발혁신법'과 '구 산업기술혁신 촉진법'(2020년 12월 8일 개정 전)이 적용되었습니다. 이 법률들은 국가연구개발사업에 참여하는 기관이나 연구책임자, 연구원 등이 정부출연금을 연구개발비의 연구용도 외로 사용했을 경우의 제재를 규정합니다. 구체적으로, 구 산업기술혁신 촉진법 제11조의2 제1항 제5호는 출연금을 연구용도 외로 사용한 경우 5년 이내의 참여 제한 및 출연금 전부 또는 일부 환수를 규정하며, 제11조의3 제1항은 용도 외 사용액의 5배 이내에서 제재부가금을 부과할 수 있도록 합니다. 국가연구개발혁신법 제32조 제1항 제3호 및 제31조 제1항 제2호는 연구개발비 사용용도 및 기준 위반 시 10년 이내의 참여 제한, 정부연구개발비의 5배 범위 내 제재부가금 부과, 그리고 관련 연구개발비 환수를 규정합니다. 법원은 참여제한 및 제재부가금 부과 처분을 '부정행위에 대한 제재'의 성격으로 보고, 환수처분을 '부당이득 반환'의 성격으로 보아 재량권 행사 여부를 달리 판단했습니다. 특히, 제재처분이 관련 법령에 따른 처분 기준 범위 내에서 이루어졌고 부정행위의 의도성과 규모가 큰 점을 들어 재량권 일탈이 없다고 보았으나, 환수처분의 경우 이미 공탁된 금액을 고려하지 않은 것은 '재량권 행사 과정에서 고려하였어야 할 사항을 반영하지 아니한 잘못'으로 보아 재량권 일탈을 인정했습니다.

참고 사항

정부출연금을 받아 연구개발사업을 수행하는 기관이나 개인은 다음과 같은 점을 유의해야 합니다. 첫째, 연구개발비는 정해진 사용용도와 기준에 따라 엄격하게 집행되어야 하며, 허위 증빙이나 허위 연구원 등록을 통한 용도 외 사용은 중대한 부정행위로 간주됩니다. 둘째, 연구원 명의를 빌려주는 행위 또한 부정행위에 가담한 것으로 판단되어 참여제한, 제재부가금 등 행정처분과 별도로 형사처벌을 받을 수 있습니다. 셋째, 정부출연금 부정 사용으로 인한 참여제한 및 제재부가금 처분은 위반 행위의 내용, 정도, 기간 등을 종합적으로 고려하여 결정되며, 처분 기준 범위 내에서는 재량권 일탈·남용으로 인정되기 어렵습니다. 넷째, 환수처분은 부당이득 반환의 성격이 강하므로, 부정 사용 금액에 대해 자발적인 반환 노력(예: 공탁)이 있었다면 해당 사정이 환수 금액 결정에 참작될 여지가 있습니다. 따라서 부정 사용 사실이 드러났을 경우 적극적으로 피해 회복을 위한 노력을 하는 것이 중요합니다. 마지막으로, 민간 현물은 연구개발비 중 정부출연금 환수액 산정 시 현금과 다르게 취급될 수 있으므로, 각 구성 항목의 성격을 정확히 이해하고 관리해야 합니다.