벤처기업 법인세 감면 혜택을 둘러싼 세금 부과 취소 소송

주식회사 A는 창업벤처중소기업으로서 법인세 감면을 적용받았으나, 세무 당국은 주식회사 A가 이전에 존재하던 종전 법인의 사업을 실질적으로 승계한 것으로 보아 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다고 판단하여 약 26.6억 원의 법인세를 부과했습니다. 주식회사 A는 이 처분에 불복하여 소송을 제기했으나, 법원은 주식회사 A가 종전 법인의 사업을 승계한 것으로 판단하며 세무 당국의 법인세 부과 처분이 정당하다고 보아 원고의 청구를 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고(주식회사 A): 건강기능식품 유통 및 제조 판매업을 하는 회사로, 벤처기업으로 확인받아 법인세 감면 혜택을 주장했습니다.
• 피고(금천세무서장): 주식회사 A에 대해 법인세 감면을 배제하고 법인세를 부과한 세무 당국입니다.
• 종전 법인(주식회사 C): 부동산 매매업 등을 영위하다가 건강기능식품 유통업을 추가하고 폐업한 회사로, 원고가 이 회사의 사업을 승계했는지 여부가 쟁점이 되었습니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 2014년에 건강기능식품 유통 및 판매업을 목적으로 설립되어 2015년에 벤처기업으로 확인받은 후, 2016년부터 2019년까지의 사업연도 법인세에 대해 조세특례제한법에 따른 창업벤처중소기업 세액감면(50%)을 적용하여 신고 납부했습니다. 그러나 서울지방국세청은 주식회사 A가 종전 법인의 사업을 승계했다고 판단하여 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다고 보았고, 이에 따라 금천세무서장은 2021년 1월 16일 주식회사 A에게 2016사업연도 법인세 895,089,980원, 2017사업연도 법인세 782,111,950원, 2018사업연도 법인세 670,742,660원, 2019사업연도 법인세 316,285,790원을 포함하여 총 2,664,230,380원(가산세 포함)의 법인세 부과 처분을 내렸습니다. 주식회사 A는 이 처분이 위법하다며 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 주식회사 A가 '창업벤처중소기업'에 해당하는지 여부입니다. 구체적으로는 주식회사 A가 기존에 존재하던 종전 법인의 사업을 '승계'한 것으로 볼 수 있는지, 그리고 '창업'의 법적 정의가 조세특례제한법과 중소기업창업 지원법에 따라 어떻게 해석되어야 하는지, 그에 따라 법인세 감면 혜택을 받을 자격이 있는지가 문제 되었습니다.

법원의 판단

법원은 원고인 주식회사 A의 청구를 모두 기각했습니다. 이는 금천세무서장이 주식회사 A에 부과한 법인세 처분이 적법하다는 의미입니다. 법원은 주식회사 A가 종전 법인의 사업을 실질적으로 승계하여 새로운 '창업'으로 볼 수 없다고 판단했습니다.

결론

법원은 주식회사 A가 기존 종전 법인의 대표자, 주요 주주, 업종, 브랜드, 사무실, 직원, 주요 거래처 등을 그대로 이어받아 사업을 사실상 승계한 것으로 보았습니다. 따라서 주식회사 A는 '창업벤처중소기업'에 해당하지 않으므로 법인세 감면 혜택을 받을 수 없으며, 이에 따라 금천세무서장의 법인세 부과 처분은 정당하다고 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에는 주로 조세특례제한법 제6조와 중소기업창업 지원법 및 그 시행령이 적용되었습니다.

1. 조세특례제한법 제6조 제2항 (창업벤처중소기업에 대한 세액감면)​ 이 조항은 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업, 즉 '창업벤처중소기업'에 대해 소득 발생 과세연도부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생하는 소득에 대한 법인세의 50%를 감면하도록 규정하고 있습니다.

2. 조세특례제한법 제6조 제6항 (창업으로 보지 않는 경우)​ 이 조항은 합병, 분할, 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우를 창업으로 보지 않는다고 명시하고 있습니다. 다만, 자산가액의 합계가 특정 비율 미만인 경우는 예외로 둡니다.

3. 중소기업창업 지원법 제2조 제1호 및 시행령 제2조 제1항 (창업의 정의)​ 중소기업창업 지원법은 '창업'을 '중소기업을 새로 설립하는 것'으로 정의하고 있으며, 그 시행령은 '타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우'를 창업으로 보지 않는다고 규정합니다. 다만, 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원 등이 사업을 개시하는 특정 요건의 경우는 예외입니다.

4. 법원의 해석 및 법리 법원은 조세특례제한법상 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정은 중소기업창업 지원법 및 그 시행령에서 정한 '창업'의 적극적 요건을 충족하고 조세특례제한법에서 정한 소극적 요건에 배치되지 않아야 적용될 수 있다고 판단했습니다. 특히, '창업'으로 인정받기 위해서는 '새로운 사업을 최초로 개시하는 경우'로서 '원시적인 사업 창출의 효과'가 있어야 한다고 보았습니다. 따라서 타인으로부터 사업을 승계한 경우 그 원인(합병, 양수 등)을 불문하고 '창업'으로 보지 않는다는 법리가 적용되었습니다.

참고 사항

새로운 법인을 설립하더라도 기존 사업과 실질적으로 동일한 사업을 승계하는 경우, '창업'으로 인정받아 세금 감면과 같은 혜택을 받기 어려울 수 있습니다. 특히 대표자, 주요 주주, 사업 업종, 브랜드, 홈페이지, 고객센터, 사무실 소재지, 주요 직원 및 거래처, 주력 제품 등이 기존 사업과 유사하거나 그대로 이어지는 경우 사업 승계로 판단될 가능성이 높습니다. 기존 사업자가 세액 감면 요건을 충족하지 못하여 새로운 법인을 설립하는 경우, 단순히 형식적인 법인 분리를 넘어 실질적으로 '새로운 사업의 창출'이라는 효과를 입증할 수 있도록 기존 사업과의 명확한 단절 및 새로운 사업 개시의 증거를 확보하는 것이 중요합니다. 사업 승계 여부는 합병, 분할, 양수와 같은 법적 형식뿐만 아니라 사업의 실질적인 내용과 운영 방식 전반을 종합적으로 고려하여 판단됩니다. '사업의 일부 분리'를 통한 창업으로 인정받으려면 사업을 분리한다는 명확한 계약 체결 등 관련 법령에서 요구하는 요건을 반드시 충족해야 합니다. 도소매업은 조세특례제한법상 창업벤처중소기업의 감면 대상 업종에 포함되지 않을 수 있으므로, 사업 개시 당시의 주된 업종과 벤처기업 확인 시점의 업종을 명확히 구분하고 감면 대상 업종 여부를 사전에 확인해야 합니다.